Table showing results for August 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6ACC	9588	2024-08-09	2018-07-26	3.6	3.90	—	3.8	0.005	0.95	1.0	0.06	9.62	0.01	2.139	6.04	0.43	12.0	87.4	0.6	-4.74	0.69	0.73	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24906	3195	3	0	0	0	0	logfile
✘	6H3N	0136	2024-08-10	2018-07-19	3.25	3.45	—	3.4	0.015	1.52	0.0	0.07	10.78	0.01	2.457	1.67	0.00	4.7	94.6	0.7	-0.43	0.77	0.79	4.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29319	1881	3	0	0	0	14388	logfile
✘	6E0P	8949	2024-08-06	2018-07-06	2.6	2.80	2.51	2.7	0.007	0.85	0.0	0.05	25.47	0.01	2.253	2.30	0.00	4.8	95.2	0.0	-2.18	0.79	0.86	4.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15567	1220	12	290	0	0	0	logfile
✘	5ZX5	6975	2024-08-09	2018-05-18	3.28	3.43	—	3.4	0.016	1.41	0.0	0.08	12.22	0.01	2.270	11.04	2.12	4.0	95.8	0.2	-4.97	0.69	0.81	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25440	3256	8	0	12	0	0	logfile
✘	6DBU	7850	2024-08-06	2018-05-03	3.9	4.03	—	3.9	0.007	1.20	8.0	0.05	22.11	0.01	1.769	23.39	0.13	8.8	90.9	0.2	-4.17	0.80	0.81	1.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17010	1788	10	136	6	0	0	logfile
✘	6CUE	7621	2024-08-11	2018-03-26	4.0	4.33	—	4.1	0.008	1.03	0.0	0.07	14.56	0.01	2.121	6.17	0.21	7.4	92.6	0.0	-3.55	0.82	0.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31692	3849	66	0	114	0	0	logfile
✘	6CoY	7544	2024-08-03	2018-03-13	3.36	3.52	3.38	3.6	0.020	1.43	0.0	0.09	10.54	0.01	2.242	1.72	0.00	2.8	96.7	0.4	-0.30	0.70	0.86	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7156	930	4	0	4	0	0	logfile
✘	6CNA	7529	2024-08-08	2018-03-07	4.6	5.89	—	5.8	0.007	0.93	0.0	0.05	13.75	0.01	2.021	26.55	0.00	9.7	90.1	0.3	-4.80	0.57	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21426	3160	14	0	22	0	0	logfile
✘	6CM3	7516	2024-08-09	2018-03-02	3.54	3.68	—	3.6	0.010	1.08	0.0	0.07	12.58	0.01	2.044	4.95	0.11	9.1	90.9	0.0	-4.10	0.77	0.82	2.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25455	3177	39	0	90	0	0	logfile
✘	5ZBG	6911	2024-08-08	2018-02-11	4.36	4.83	—	4.5	0.005	0.70	0.0	0.04	13.89	0.00	2.258	7.73	4.79	7.0	92.7	0.3	-2.22	0.69	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21260	2680	4	0	0	0	0	logfile
✘	6FHS	4264	2024-08-09	2018-01-15	3.754	3.89	—	3.8	0.005	0.85	0.0	0.05	9.83	0.01	2.249	4.22	0.00	6.5	93.5	0.0	-4.29	0.79	0.84	2.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27383	3510	17	0	7	0	0	logfile
✘	6C4H	7340	2024-08-06	2018-01-12	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15326	184	8	648	34	0	0	logfile
✘	5YYS	6859	2024-08-08	2017-12-11	4.2	4.57	—	4.1	0.016	2.27	0.0	0.10	15.30	0.01	2.201	22.76	2.34	27.3	70.1	2.6	-5.98	0.85	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24044	3244	4	0	0	0	0	logfile
✘	6Bo5	7119	2024-08-06	2017-11-18	3.6	3.71	—	3.6	0.005	1.08	0.0	0.05	12.89	0.01	2.277	11.47	1.84	9.1	90.5	0.4	-5.44	0.66	0.72	1.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17236	2228	4	0	0	0	0	logfile
✘	6B2Z	7036	2024-08-10	2017-09-20	3.6	3.99	—	4.0	0.008	1.14	0.0	0.06	10.48	0.01	2.290	2.70	0.69	4.0	95.7	0.2	-3.66	0.57	0.79	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21436	2686	38	0	310	0	0	logfile
✘	5WPV	8883	2024-08-05	2017-08-07	3.59	3.68	—	3.7	0.007	0.91	0.0	0.05	11.02	0.01	2.329	2.66	0.18	3.7	96.3	0.0	-4.61	0.62	0.81	2.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14889	1816	9	0	9	0	0	logfile
✘	5W9L	8787	2024-08-11	2017-06-23	4.8	4.95	4.82	4.8	0.014	1.71	0.0	0.08	10.52	0.01	1.520	4.48	0.06	4.5	94.7	0.9	0.78	0.75	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31118	4020	10	0	0	0	0	logfile
✘	5X5B	6705	2024-08-08	2017-02-15	3.7	3.87	—	3.8	0.006	1.13	0.0	0.06	10.42	0.01	2.241	8.73	0.66	12.0	88.0	0.0	-4.94	0.79	0.78	1.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24541	3139	3	0	0	0	0	logfile
✘	5X1G	6701	2024-08-02	2017-01-25	4.5	7.89	—	37.0	0.008	1.42	0.0	0.05	10.05	0.01	2.345	27.78	0.00	6.9	93.1	0.0	-2.75	0.00	0.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	155	31	1	0	0	0	0	logfile
✘	5UCY	8539	2024-08-09	2016-12-22	4.6	4.99	—	4.6	0.011	1.21	3.0	0.06	13.21	0.01	0.244	89.25	0.68	11.3	88.3	0.5	-4.47	0.50	0.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25005	2610	12	3	6	0	4467	logfile

• ← previous
• Page 38 of 39
• next →