Table showing results for August 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8So3	40646	2024-08-06	2023-04-28	3.61	3.84	3.58	3.8	0.005	0.85	1.0	0.05	13.96	0.01	1.803	10.38	0.68	6.5	93.4	0.2	-1.49	0.73	0.72	2.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16718	1205	8	0	4	0	7947	logfile
✘	8SNL	40628	2024-08-03	2023-04-27	2.78	3.35	2.84	3.3	0.004	0.73	0.0	0.05	13.03	0.01	2.183	10.77	0.00	5.7	94.3	0.0	-0.70	0.61	0.78	3.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9098	1147	3	0	2	0	0	logfile
✘	8SMR	40601	2024-08-09	2023-04-26	2.7	2.39	2.78	2.4	0.008	0.84	2.0	0.06	18.18	0.00	1.975	9.47	0.92	2.7	97.3	0.0	0.77	0.76	0.85	3.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24154	3000	24	0	24	0	0	logfile
✘	8J6i	36005	2024-08-03	2023-04-26	2.92	2.81	2.83	3.0	0.006	0.63	0.0	0.04	16.60	0.01	2.167	8.17	0.00	3.7	96.2	0.1	1.37	0.53	0.71	2.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8801	1131	6	0	1	0	0	logfile
✘	8oTQ	17182	2024-08-06	2023-04-21	3.22	3.95	3.36	3.7	0.006	0.90	0.0	0.05	19.19	0.00	2.157	15.02	2.99	5.8	94.1	0.1	1.04	0.68	0.83	1.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16716	2102	4	0	4	0	0	logfile
✘	8SL0	40570	2024-08-02	2023-04-20	3.3	4.17	3.09	3.8	0.003	0.62	0.0	0.05	16.00	0.00	2.201	7.96	0.00	8.4	91.2	0.4	-1.67	0.42	0.83	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1737	228	1	0	0	0	0	logfile
✘	8SK7	40557	2024-08-09	2023-04-18	2.93	3.62	2.93	3.4	0.004	0.53	0.0	0.05	11.94	0.00	2.303	1.32	0.45	1.3	98.7	0.0	1.18	0.78	0.74	4.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25404	1653	18	0	27	0	12267	logfile
✘	8oRS	17131	2024-08-04	2023-04-17	4.3	3.48	3.31	3.3	0.003	0.55	0.0	0.05	13.61	0.00	2.121	7.43	0.00	4.5	95.5	0.0	0.02	0.49	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10124	1298	4	0	2	0	0	logfile
✘	8oRQ	17130	2024-08-09	2023-04-17	3.2	3.99	3.14	3.5	0.005	0.55	0.0	0.04	16.41	0.00	2.050	8.58	0.18	3.5	96.5	0.0	0.79	0.79	0.76	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26195	3266	15	0	6	0	0	logfile
✘	8J26	35945	2024-08-02	2023-04-14	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5406	427	6	90	1	0	0	logfile
✘	8J2G	35949	2024-08-02	2023-04-14	3.4	3.72	3.48	3.7	0.010	1.14	0.0	0.06	10.18	0.01	2.380	3.24	0.00	10.7	89.3	0.0	-6.39	0.59	0.79	3.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5058	650	2	0	0	0	0	logfile
✘	8J1Q	35930	2024-08-02	2023-04-13	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5447	427	6	90	1	0	0	logfile
✘	8SGS	40466	2024-08-05	2023-04-13	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11720	1524	8	0	8	0	0	logfile
✘	8SEU	40429	2024-08-07	2023-04-10	3.0	3.25	3.00	3.2	0.005	0.72	8.0	0.05	12.63	0.00	1.873	7.45	1.96	2.3	97.4	0.3	1.51	0.59	0.85	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20576	2512	8	0	4	0	0	logfile
✘	8SE9	40407	2024-08-04	2023-04-08	3.2	3.47	3.24	3.5	0.005	0.58	0.0	0.04	11.99	0.00	1.330	6.60	2.00	3.4	96.4	0.2	0.48	0.74	0.84	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10195	1297	5	0	1	0	0	logfile
✘	8iZF	35863	2024-08-03	2023-04-07	3.85	4.31	3.92	4.2	0.006	1.10	0.0	0.06	16.15	0.01	1.945	21.89	2.73	9.5	89.8	0.7	-1.59	0.63	0.78	0.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7594	894	6	0	2	0	0	logfile
✘	8iZ9	35836	2024-08-04	2023-04-06	2.95	3.38	3.07	3.3	0.002	0.56	0.0	0.04	14.57	0.01	2.273	7.52	0.00	2.4	97.6	0.0	-0.94	0.52	0.61	0.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9779	1224	2	0	1	0	0	logfile
✘	8S91	40234	2024-08-10	2023-03-27	4.3	4.49	4.31	4.4	0.003	0.71	0.0	0.04	15.79	0.00	1.964	7.71	0.00	9.4	90.1	0.4	-1.63	0.76	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29019	3669	12	0	12	0	0	logfile
✘	8iUZ	35734	2024-08-06	2023-03-25	3.0	3.34	3.11	3.3	0.010	1.34	0.0	0.07	12.69	0.01	1.257	8.63	0.99	12.2	87.8	0.0	-4.45	0.60	0.49	0.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16692	2127	12	0	9	0	0	logfile
✘	8oJD	16912	2024-08-03	2023-03-24	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8674	976	5	45	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 8 of 39
• next →