Table showing results for August 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8oJD	16912	2024-08-03	2023-03-24	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8674	976	5	45	2	0	0	logfile
✘	8GJM	40094	2024-08-10	2023-03-16	2.8	3.59	2.88	3.2	0.012	1.67	0.0	0.11	14.98	0.02	1.836	10.60	0.95	6.8	93.1	0.1	-2.16	0.83	0.76	2.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28728	3501	40	0	97	0	0	logfile
✘	8GJL	40093	2024-08-08	2023-03-16	3.44	3.94	3.54	3.8	0.004	0.69	0.0	0.04	14.15	0.00	2.075	8.42	0.65	2.2	97.8	0.0	1.44	0.80	0.84	1.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23916	3096	4	0	1	0	0	logfile
✘	8GJE	40088	2024-08-07	2023-03-15	3.4	3.94	3.46	3.8	0.007	1.06	0.0	0.07	14.03	0.01	1.626	1.63	0.29	2.4	97.6	0.0	1.00	0.79	0.83	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20613	2379	48	0	129	0	0	logfile
✘	8GHR	40047	2024-08-05	2023-03-10	3.2	3.33	3.23	3.3	0.003	0.58	0.0	0.04	13.78	0.00	1.923	5.03	0.00	3.9	96.1	0.0	-0.17	0.81	0.87	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13864	1716	12	0	20	6	0	logfile
✘	8GFZ	29989	2024-08-03	2023-03-08	3.0	3.28	3.08	3.3	0.003	0.50	0.0	0.04	13.53	0.00	2.201	2.21	0.00	1.7	98.3	0.0	0.72	0.65	0.88	4.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6744	891	6	0	2	5	0	logfile
✘	8GGX	40024	2024-08-02	2023-03-08	3.6	3.73	3.69	3.8	0.004	0.54	0.0	0.04	14.26	0.00	2.336	4.42	0.00	2.5	97.5	0.0	2.20	0.48	0.78	0.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2107	281	2	0	1	0	0	logfile
✘	8GE9	29961	2024-08-03	2023-03-06	3.5	3.79	3.53	3.8	0.003	0.56	0.0	0.04	13.04	0.00	2.215	7.69	0.00	1.7	98.3	0.0	1.38	0.70	0.82	2.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6519	900	5	0	1	1	0	logfile
✘	8GEA	29962	2024-08-03	2023-03-06	3.5	3.84	3.59	3.8	0.003	0.48	0.0	0.04	12.73	0.00	2.269	6.68	0.00	2.1	97.9	0.0	1.14	0.69	0.81	2.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6551	902	5	0	1	0	0	logfile
✘	8CQC	16795	2024-08-03	2023-03-05	2.82	2.92	2.78	3.0	0.006	0.72	0.0	0.04	10.91	0.00	2.406	6.26	0.34	2.0	98.0	0.0	0.69	0.60	0.80	2.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8735	1085	15	0	5	30	0	logfile
✘	8iHM	35449	2024-08-05	2023-02-23	3.58	4.09	3.79	3.9	0.007	0.75	0.0	0.04	29.27	0.00	2.297	10.88	0.00	3.9	96.1	0.0	-3.94	0.84	0.83	2.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13153	885	12	317	0	0	0	logfile
✘	8G9S	29877	2024-08-09	2023-02-22	3.4	4.40	—	4.1	0.008	0.85	0.0	0.05	16.33	0.00	2.037	24.56	0.04	8.5	91.4	0.0	-1.55	0.88	0.82	2.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25758	3102	15	42	0	0	0	logfile
✘	8CLJ	16714	2024-08-11	2023-02-16	3.2	3.42	—	3.3	0.004	0.75	0.0	0.05	16.68	0.01	1.951	2.74	0.00	2.2	97.8	0.0	-0.77	0.81	0.86	4.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31910	3620	12	140	4	0	0	logfile
✘	8G71	29793	2024-08-09	2023-02-16	2.1	2.20	2.14	2.2	0.003	0.64	0.0	0.05	15.87	0.00	2.055	8.42	2.27	2.9	97.1	0.1	-0.70	0.64	0.78	4.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25761	3217	17	0	45	0	0	logfile
✘	8CLL	16717	2024-08-09	2023-02-16	3.4	3.64	3.50	3.5	0.003	0.66	0.0	0.05	12.97	0.01	1.984	2.24	0.00	2.1	97.9	0.0	-0.75	0.81	0.84	3.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25226	3152	8	0	4	0	0	logfile
✘	8iEN	35387	2024-08-03	2023-02-15	3.25	3.66	3.30	7.2	0.004	1.21	0.0	0.04	14.04	0.00	2.168	8.43	0.24	5.0	94.9	0.1	-2.18	0.18	0.00	-0.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7678	991	2	0	4	0	0	logfile
✘	8G4o	29728	2024-08-06	2023-02-10	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17353	2094	20	0	39	0	0	logfile
✘	8iB2	35329	2024-08-06	2023-02-09	3.8	3.87	3.55	3.8	0.003	0.69	0.0	0.05	13.90	0.01	2.232	3.61	0.00	2.2	97.8	0.0	-0.01	0.59	0.86	1.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15229	1931	11	0	5	0	0	logfile
✘	8Ci2	16666	2024-08-08	2023-02-08	4.4	4.61	4.35	4.3	0.005	0.62	0.0	0.05	16.54	0.00	2.014	6.56	0.00	14.9	85.1	0.0	-3.01	0.80	0.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21547	1393	18	0	20	0	10298	logfile
✘	8i93	35256	2024-08-08	2023-02-06	3.1	3.37	3.07	3.3	0.014	0.97	0.0	0.06	16.71	0.01	1.913	12.79	3.93	10.6	89.4	0.1	-3.81	0.75	0.81	2.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22342	2710	24	0	40	0	0	logfile

• ← previous
• Page 9 of 39
• next →