Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8GVF	34292	2025-08-22	2022-09-15	3.09	3.29	3.07	3.3	0.005	0.64	0.0	0.04	14.00	0.01	2.306	4.41	0.11	3.9	95.8	0.3	0.79	0.66	0.83	2.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8072	1022	2	0	0	0	0	logfile
✘	8EiJ	28158	2025-08-22	2022-09-15	3.34	3.70	3.35	3.7	0.003	0.77	1.0	0.04	15.17	0.00	2.172	9.38	0.38	5.6	94.4	0.0	-1.92	0.64	0.68	1.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7813	1015	5	0	8	0	0	logfile
✘	8Eii	28157	2025-08-23	2022-09-15	3.12	3.48	3.13	3.4	0.004	0.75	0.0	0.04	15.07	0.01	2.205	9.34	0.10	5.8	94.2	0.0	-2.07	0.70	0.75	2.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10451	1364	7	0	11	0	0	logfile
✘	8EH8	28143	2025-08-25	2022-09-13	3.4	3.50	3.39	3.5	0.005	0.59	0.0	0.04	15.43	0.00	2.066	7.62	3.77	5.8	94.2	0.0	-1.56	0.72	0.84	2.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26246	3190	11	64	4	0	0	logfile
✘	8EFP	28087	2025-08-22	2022-09-08	3.8	4.73	3.88	4.0	0.006	1.46	7.0	0.09	18.61	0.01	1.908	33.55	3.07	13.3	86.7	0.0	-4.26	0.82	0.62	-0.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4705	594	2	0	0	0	0	logfile
✘	8EFD	28080	2025-08-22	2022-09-08	3.8	4.67	3.83	3.9	0.002	0.49	0.0	0.04	14.10	0.00	2.048	8.53	0.13	3.8	96.2	0.0	0.81	0.88	0.79	0.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7107	886	2	0	0	0	0	logfile
✘	8AZT	15771	2025-08-22	2022-09-06	3.7	3.48	2.89	4.2	0.011	1.93	0.0	0.11	15.54	0.01	0.000	19.56	4.35	10.3	89.7	0.0	-6.12	0.40	0.59	5.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5424	744	24	0	0	0	0	logfile
✘	8AZU	15772	2025-08-24	2022-09-06	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-5.07	—	—	4.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23856	3108	42	0	0	0	0	logfile
✘	8EDG	28034	2025-08-24	2022-09-04	4.64	4.06	4.62	4.0	0.003	0.61	0.0	0.04	21.43	0.00	2.143	12.44	0.05	4.8	95.2	0.0	-0.34	0.69	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23358	2348	18	216	6	0	0	logfile
✘	8AYH	15713	2025-08-24	2022-09-02	3.35	3.45	3.40	3.4	0.007	0.91	0.0	0.06	14.46	0.01	2.114	4.97	0.65	6.5	93.4	0.1	-4.12	0.83	0.85	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19109	2414	5	0	2	0	0	logfile
✘	8EBX	28001	2025-08-25	2022-08-31	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27533	3219	17	80	9	0	0	logfile
✘	8EAX	27989	2025-08-24	2022-08-29	3.73	2.60	3.73	2.0	0.004	0.83	0.0	0.05	14.96	0.00	2.213	11.91	0.30	9.8	89.8	0.4	-3.99	0.73	0.74	1.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18458	2332	8	0	0	0	0	logfile
✘	8AVC	15678	2025-08-25	2022-08-26	4.6	5.35	5.54	4.6	0.004	0.80	1.0	0.05	12.05	0.01	1.931	18.28	0.00	4.3	95.4	0.3	-0.17	0.81	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17505	2199	9	0	3	0	0	logfile
✘	8E6S	27924	2025-08-26	2022-08-23	4.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	42336	5320	8	0	16	0	0	logfile
✘	8ATM	15653	2025-08-25	2022-08-23	3.3	3.52	—	3.2	0.004	0.57	0.0	0.04	14.03	0.00	2.198	6.38	0.06	3.5	96.5	0.0	1.83	0.80	0.86	1.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30885	3998	2	0	0	0	0	logfile
✘	8E70	27932	2025-08-24	2022-08-23	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21097	2502	13	61	18	0	63	logfile
✘	8E6W	27928	2025-08-24	2022-08-23	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21145	2502	13	58	18	0	53	logfile
✘	7YVi	34128	2025-08-25	2022-08-19	3.7	4.10	3.74	4.0	0.026	1.70	2.0	0.10	13.43	0.01	2.028	19.44	1.33	5.3	94.1	0.6	-2.56	0.74	0.82	2.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28961	3777	12	0	37	0	0	logfile
✘	8AS6	15607	2025-08-23	2022-08-18	3.4	2.91	3.40	3.2	0.004	0.70	0.0	0.04	15.52	0.01	2.232	4.28	0.00	8.1	91.9	0.0	-1.67	0.68	0.83	2.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12784	1566	2	14	0	0	0	logfile
✘	7YSU	34082	2025-08-23	2022-08-13	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12430	1521	7	0	12	0	0	logfile

• ← previous
• Page 30 of 57
• next →