Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7YSW	34084	2025-08-23	2022-08-13	3.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12407	1517	7	0	12	0	0	logfile
✘	7YSH	34075	2025-08-23	2022-08-12	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12480	1525	7	0	11	0	0	logfile
✘	7YRY	34066	2025-08-25	2022-08-11	3.0	2.80	2.85	2.9	0.002	0.54	0.0	0.04	17.93	0.00	2.041	5.87	3.35	2.5	97.5	0.0	0.38	0.86	0.88	2.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25056	3282	13	0	9	0	0	logfile
✘	8APX	15578	2025-08-26	2022-08-10	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41616	5280	48	0	24	0	0	logfile
✘	7YRR	34065	2025-08-25	2022-08-10	4.3	4.40	4.25	4.2	0.013	2.13	5.0	0.11	22.39	0.01	1.874	15.92	26.25	21.4	73.0	5.6	-5.95	0.67	0.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24937	1697	4	0	0	0	11408	logfile
✘	7YQX	34038	2025-08-25	2022-08-08	3.72	4.05	3.91	3.9	0.004	0.72	0.0	0.05	15.31	0.00	2.151	12.00	0.06	8.8	91.1	0.1	-2.10	0.81	0.80	1.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30168	3753	22	0	71	0	0	logfile
✘	8AoW	15554	2025-08-26	2022-08-08	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	43632	5412	36	0	60	324	0	logfile
✘	7YR2	34043	2025-08-25	2022-08-08	3.3	3.60	3.49	3.6	0.005	0.71	0.0	0.05	14.56	0.00	2.101	11.16	0.03	7.0	92.8	0.2	-1.35	0.65	0.74	1.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31492	3888	18	0	69	71	0	logfile
✘	7YQ3	34018	2025-08-23	2022-08-05	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14412	1707	5	28	0	0	0	logfile
✘	7YQ5	34020	2025-08-23	2022-08-05	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14067	1673	5	24	0	0	0	logfile
✘	7YQ4	34019	2025-08-23	2022-08-05	3.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10618	1243	5	24	0	0	0	logfile
✘	7YQ6	34021	2025-08-23	2022-08-05	4.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13990	1592	4	48	0	0	0	logfile
✘	8AN3	15531	2025-08-23	2022-08-04	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.24	—	—	1.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.17	—	—	—	1.52	8721	1040	20	0	68	0	0	logfile
✘	8AN2	15530	2025-08-23	2022-08-04	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.32	—	—	3.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.48	—	—	—	3.22	8657	1040	18	0	63	0	0	logfile
✘	7YNB	33957	2025-08-23	2022-07-30	3.46	3.65	3.47	3.6	0.005	0.72	0.0	0.05	18.41	0.01	2.127	7.15	1.26	11.0	88.8	0.2	-4.52	0.83	0.87	2.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13847	1536	3	66	0	0	0	logfile
✘	8DV1	27730	2025-08-22	2022-07-27	3.4	3.67	3.39	3.5	0.018	1.73	2.0	0.10	10.89	0.01	2.277	1.25	0.43	2.5	97.5	0.0	-0.24	0.79	0.80	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6543	796	4	0	7	0	0	logfile
✘	8DT8	27692	2025-08-24	2022-07-25	3.34	3.09	3.26	3.1	0.006	1.04	0.0	0.06	10.60	0.01	2.083	1.13	0.20	2.8	97.2	0.0	0.67	0.71	0.82	2.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22796	2900	8	0	13	0	0	logfile
✘	8DTi	27699	2025-08-23	2022-07-25	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9455	1258	4	0	2	0	0	logfile
✘	8DQZ	27666	2025-08-26	2022-07-20	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	42766	2599	15	41	8	0	21314	logfile
✘	8DR4	27670	2025-08-26	2022-07-20	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	43483	2600	17	63	8	0	21561	logfile

• ← previous
• Page 31 of 57
• next →