cryo-EM Re-Refine

Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8DQZ	27666	2025-08-26	2022-07-20	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	42766	2599	15	41	8	0	21314	logfile
✘	8DR3	27669	2025-08-27	2022-07-20	2.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	45966	2758	21	64	8	12	22837	logfile
✘	8DR5	27671	2025-08-27	2022-07-20	2.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	45387	2749	17	50	8	0	22607	logfile
✘	8DR1	27668	2025-08-26	2022-07-20	2.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	43642	2608	21	64	8	12	21643	logfile
✘	8DQW	27662	2025-08-27	2022-07-20	2.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	46577	2802	25	36	8	429	22948	logfile
✘	8DR7	27673	2025-08-26	2022-07-20	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	43072	2600	16	50	8	0	21417	logfile
✘	8DQX	27663	2025-08-26	2022-07-20	2.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	43185	2598	26	27	8	866	21155	logfile
✘	8AG3	15414	2025-08-22	2022-07-19	3.47	2.17	3.24	2.0	0.002	0.60	0.0	0.04	17.16	0.01	2.143	8.90	0.00	6.6	93.4	0.0	-1.45	0.61	0.73	3.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2632	322	2	0	0	0	0	logfile
✘	7YiH	33859	2025-08-24	2022-07-16	3.5	3.85	3.58	3.8	0.004	0.78	0.0	0.05	14.23	0.01	2.066	16.69	0.00	13.9	85.0	1.1	-2.65	0.61	0.68	1.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21321	2640	8	0	5	4	0	logfile
✘	7YHP	33835	2025-08-22	2022-07-14	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3815	374	4	38	1	0	0	logfile
✘	7YHK	33831	2025-08-23	2022-07-13	3.14	3.38	3.17	3.4	0.007	1.03	0.0	0.06	14.13	0.01	2.283	5.30	0.76	5.0	94.8	0.2	-3.95	0.54	0.74	4.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14502	1812	15	0	18	0	0	logfile
✘	8DNX	27583	2025-08-22	2022-07-12	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4342	549	8	0	1	0	71	logfile
✘	8DNY	27584	2025-08-22	2022-07-12	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4428	558	8	0	1	0	97	logfile
✘	7YGA	33813	2025-08-22	2022-07-11	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8692	0	4	407	8	0	0	logfile
✘	7YG9	33812	2025-08-22	2022-07-11	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8630	0	4	404	8	0	0	logfile
✘	8DNF	27565	2025-08-23	2022-07-11	3.38	3.71	3.39	3.9	0.004	0.69	0.0	0.04	15.96	0.01	2.266	4.74	0.79	2.8	97.2	0.0	-0.81	0.56	0.81	1.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11812	1496	8	0	12	0	0	logfile
✘	7YG6	33809	2025-08-22	2022-07-11	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6025	727	3	9	2	0	0	logfile
✘	7YGC	33815	2025-08-22	2022-07-11	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8690	0	4	407	6	0	0	logfile
✘	7YGB	33814	2025-08-22	2022-07-11	2.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8738	0	5	407	54	0	0	logfile
✘	8DN3	27553	2025-08-23	2022-07-10	3.55	3.91	3.65	3.9	0.006	0.57	0.0	0.05	11.89	0.01	2.181	12.00	1.97	3.9	96.0	0.1	0.56	0.61	0.81	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14315	1699	10	0	61	0	0	logfile