cryo-EM Re-Refine

Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8ADi	15363	2025-08-24	2022-07-08	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23152	1505	6	0	0	0	11364	logfile
✘	8DM7	27529	2025-08-26	2022-07-08	2.49	3.10	2.65	2.7	0.005	0.85	0.0	0.06	13.32	0.01	2.296	3.28	0.58	1.6	98.4	0.0	0.44	0.79	0.78	2.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35165	4330	28	0	61	0	0	logfile
✘	7YFQ	33797	2025-08-22	2022-07-08	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6719	733	4	41	2	0	0	logfile
✘	8AD1	15357	2025-08-25	2022-07-07	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28169	3403	10	71	3	0	0	logfile
✘	7YES	33776	2025-08-23	2022-07-06	3.4	3.49	—	3.4	0.002	0.53	0.0	0.04	14.11	0.00	2.209	4.52	0.18	6.8	92.6	0.6	0.91	0.80	0.86	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14679	1863	6	0	1	0	0	logfile
✘	8ABZ	15328	2025-08-25	2022-07-05	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25739	3166	9	47	3	0	0	logfile
✘	7YE2	33762	2025-08-25	2022-07-05	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28925	3588	11	136	4	0	12	logfile
✘	7YE1	33761	2025-08-25	2022-07-05	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29964	3657	11	114	4	0	12	logfile
✘	8DKM	27490	2025-08-22	2022-07-05	3.39	3.59	3.10	3.6	0.003	0.67	0.0	0.04	13.47	0.00	2.241	7.22	0.83	6.4	93.6	0.0	-0.94	0.62	0.84	2.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4383	553	4	0	1	0	0	logfile
✘	8AC0	15329	2025-08-25	2022-07-05	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27948	3188	9	143	3	0	0	logfile
✘	8AC2	15331	2025-08-25	2022-07-05	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25611	3184	8	36	3	0	0	logfile
✘	8DH6	27430	2025-08-23	2022-06-25	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12901	1560	16	0	17	0	0	logfile
✘	7Y8T	33685	2025-08-24	2022-06-24	2.9	3.12	2.99	3.1	0.004	0.64	1.0	0.04	16.97	0.00	2.218	4.73	1.21	6.0	93.8	0.2	-0.46	0.74	0.85	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16754	1978	4	37	4	0	0	logfile
✘	8DDX	27345	2025-08-26	2022-06-19	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35500	4295	14	0	81	0	0	logfile
✘	8DBE	27281	2025-08-23	2022-06-14	2.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14982	1896	18	0	30	42	0	logfile
✘	8DBK	27287	2025-08-23	2022-06-14	2.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14612	1868	18	0	30	12	0	logfile
✘	8DBC	27279	2025-08-23	2022-06-14	3.2	3.28	3.24	3.2	0.007	0.77	0.0	0.06	15.09	0.00	2.119	5.93	2.74	3.3	96.7	0.0	0.45	0.65	0.76	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14232	1854	12	0	12	0	0	logfile
✘	8DBN	27291	2025-08-23	2022-06-14	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14244	1824	12	0	24	0	0	logfile
✘	8DBi	27285	2025-08-23	2022-06-14	2.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14496	1854	18	0	30	12	0	logfile
✘	8DBJ	27286	2025-08-25	2022-06-14	2.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28992	3708	36	0	60	24	0	logfile