Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8DBN	27291	2025-08-23	2022-06-14	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14244	1824	12	0	24	0	0	logfile
✘	7Y3F	33593	2025-08-26	2022-06-10	2.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39463	3158	37	0	1155	26	0	logfile
✘	7Y3E	33592	2025-08-23	2022-06-10	2.8	2.97	2.80	3.1	0.004	0.71	0.0	0.04	14.07	0.00	2.197	12.01	0.00	6.0	94.0	0.0	0.52	0.64	0.80	2.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14572	1856	4	0	4	0	0	logfile
✘	8A3B	15110	2025-08-23	2022-06-07	3.1	2.31	2.86	2.9	0.003	0.55	0.0	0.03	14.17	0.00	2.091	4.59	0.00	0.9	99.1	0.0	2.21	0.73	0.72	2.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14448	1792	7	0	0	0	0	logfile
✘	8D4T	27196	2025-08-25	2022-06-02	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27994	1738	17	0	12	0	13730	logfile
✘	8D1G	27129	2025-08-24	2022-05-27	2.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16201	1735	15	0	61	620	0	logfile
✘	7ZZ1	15031	2025-08-22	2022-05-25	2.27	2.59	2.21	2.1	0.007	0.89	0.0	0.05	18.25	0.01	2.159	3.90	2.68	2.6	97.4	0.0	-1.05	0.91	0.90	4.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4958	618	5	0	4	55	0	logfile
✘	8CYi	27078	2025-08-23	2022-05-23	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14621	932	3	0	2	0	7191	logfile
✘	8CWo	27028	2025-08-26	2022-05-19	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34342	1508	16	1044	66	1	0	logfile
✘	8CW9	27024	2025-08-25	2022-05-18	3.46	2.48	—	2.2	0.002	0.67	0.0	0.05	13.45	0.01	2.196	3.46	1.25	5.7	94.1	0.1	-1.23	0.74	0.73	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20229	2658	18	0	3	0	0	logfile
✘	8CTE	26988	2025-08-26	2022-05-14	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38844	4984	21	0	16	0	0	logfile
✘	8CSW	26973	2025-08-22	2022-05-13	2.5	2.22	2.46	2.3	0.007	0.86	0.0	0.06	14.46	0.01	2.219	5.03	2.33	1.2	98.8	0.0	0.83	0.64	0.88	6.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5332	657	2	0	0	165	0	logfile
✘	7XQW	33402	2025-08-23	2022-05-09	2.83	3.02	2.85	3.1	0.008	1.14	0.0	0.05	15.30	0.01	1.827	14.96	0.00	5.0	95.0	0.0	-0.75	0.69	0.77	3.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10391	1331	4	0	10	0	0	logfile
✘	7ZRZ	14923	2025-08-22	2022-05-05	3.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.27	—	—	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.01	—	—	—	1.91	6580	617	5	77	0	0	0	logfile
✘	7Xo7	33339	2025-08-26	2022-05-01	3.38	2.45	3.49	2.1	0.003	0.46	0.0	0.04	8.03	0.00	2.025	7.24	0.08	2.0	98.0	0.0	-3.21	0.62	0.55	1.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34209	4267	10	0	43	0	0	logfile
✘	7ZPR	14862	2025-08-24	2022-04-28	3.56	3.13	3.58	3.6	0.005	0.80	4.0	0.05	14.45	0.00	1.919	9.61	0.89	2.3	97.5	0.2	1.50	0.59	0.77	2.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21350	2766	24	0	20	0	0	logfile
✘	7XMV	33306	2025-08-23	2022-04-27	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15228	1842	18	0	30	810	0	logfile
✘	7XMU	33305	2025-08-23	2022-04-26	2.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15294	1842	18	0	36	822	0	logfile
✘	7ZKi	14763	2025-08-22	2022-04-13	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7120	688	5	77	2	0	0	logfile
✘	7XiB	33201	2025-08-22	2022-04-12	2.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7178	815	8	24	2	196	0	logfile

• ← previous
• Page 34 of 57
• next →