Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	9GSH	51548	2025-08-23	2024-09-15	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9117	1149	4	0	10	0	0	logfile
✘	9GSD	51544	2025-08-23	2024-09-15	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9182	1161	5	0	9	2	0	logfile
✘	9GSF	51546	2025-08-23	2024-09-15	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9195	1156	4	0	9	0	0	logfile
✘	9JK4	61543	2025-08-22	2024-09-15	2.82	3.16	2.96	3.1	0.003	0.57	0.0	0.04	17.97	0.00	2.252	6.64	2.13	3.3	96.7	0.0	0.87	0.55	0.79	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8358	1048	4	0	5	0	0	logfile
✘	9GSE	51545	2025-08-23	2024-09-15	3.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9155	1156	4	0	7	0	0	logfile
✘	9JHK	61485	2025-08-22	2024-09-10	3.42	4.72	3.49	4.0	0.014	1.15	0.0	0.07	16.10	0.01	1.829	9.78	0.00	6.2	93.8	0.0	-3.78	0.83	0.68	1.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6898	745	4	42	1	0	0	logfile
✘	9JHM	61487	2025-08-22	2024-09-10	3.2	4.30	3.32	3.9	0.006	1.04	0.0	0.06	15.78	0.01	1.811	11.30	0.15	5.4	94.5	0.1	-3.83	0.82	0.73	1.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6755	745	4	35	1	0	0	logfile
✘	9DKM	46962	2025-08-24	2024-09-09	3.4	3.53	3.35	3.6	0.003	0.56	0.0	0.04	14.19	0.00	2.065	4.93	0.00	2.5	97.5	0.0	0.42	0.76	0.85	2.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21339	2748	4	0	5	0	0	logfile
✘	9JH1	61469	2025-08-22	2024-09-08	3.07	3.80	3.07	3.6	0.008	1.14	0.0	0.04	18.63	0.03	2.104	17.80	1.81	6.8	93.2	0.0	-0.19	0.60	0.78	1.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4255	525	4	0	6	0	0	logfile
✘	9DHR	46874	2025-08-24	2024-09-04	3.54	3.79	3.73	3.7	0.014	0.84	0.0	0.05	12.24	0.01	2.101	3.08	0.72	4.6	95.0	0.3	-1.61	0.69	0.79	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18298	2350	12	0	0	0	0	logfile
✘	9JD4	61380	2025-08-22	2024-08-30	3.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4457	551	2	0	12	0	0	logfile
✘	9DDM	46776	2025-08-23	2024-08-28	2.94	3.76	3.16	3.6	0.011	1.62	0.0	0.08	13.35	0.01	2.478	2.37	0.40	0.7	99.3	0.0	0.12	0.68	0.86	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9582	1221	9	0	0	0	0	logfile
✘	9JBP	61322	2025-08-22	2024-08-27	3.18	2.96	1.87	4.1	0.003	0.70	0.0	0.05	16.94	0.00	2.424	10.13	0.00	2.6	97.4	0.0	-0.69	0.39	0.69	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2022	246	12	0	48	0	0	logfile
✘	9JA5	61290	2025-08-22	2024-08-24	2.7	3.43	2.70	3.3	0.014	1.15	0.0	0.06	14.30	0.01	2.117	13.77	0.00	12.9	87.1	0.0	-2.73	0.62	0.83	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8469	1002	12	0	0	123	0	logfile
✘	9J8C	61227	2025-08-22	2024-08-21	2.9	3.01	2.81	3.1	0.003	0.67	0.0	0.05	15.96	0.00	2.275	6.11	0.00	2.6	97.4	0.0	1.43	0.60	0.86	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4418	543	3	0	6	14	0	logfile
✘	9J8V	61241	2025-08-23	2024-08-21	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13498	1677	3	2	0	0	0	logfile
✘	9J77	61196	2025-08-25	2024-08-18	3.56	3.84	3.60	3.7	0.003	0.57	0.0	0.04	15.14	0.00	2.055	6.74	0.00	5.1	94.9	0.0	-1.33	0.78	0.80	1.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26209	3248	14	0	26	0	0	logfile
✘	9J6Z	61190	2025-08-24	2024-08-17	3.02	3.16	2.99	3.1	0.003	0.54	0.0	0.04	13.78	0.00	2.111	12.18	0.00	3.0	97.0	0.0	-0.48	0.78	0.85	4.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16127	2017	7	0	0	0	0	logfile
✘	9J6J	61174	2025-08-23	2024-08-16	2.86	3.08	2.81	2.9	0.010	0.97	1.0	0.06	16.85	0.01	2.145	15.45	0.00	10.3	89.7	0.0	-2.90	0.79	0.87	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8834	1127	1	0	0	0	0	logfile
✘	9D55	46574	2025-08-24	2024-08-13	3.15	3.47	3.30	3.5	0.003	0.67	0.0	0.04	17.61	0.00	2.203	9.80	3.66	5.8	94.2	0.0	0.07	0.72	0.83	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20016	2400	16	0	34	0	0	logfile

• ← previous
• Page 5 of 57
• next →