Table showing results for August 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	9J5M	61146	2025-08-23	2024-08-12	3.94	4.90	3.94	4.0	0.003	0.78	0.0	0.05	16.64	0.01	2.179	11.91	0.52	8.8	90.9	0.3	-1.23	0.88	0.76	1.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12892	1728	8	0	0	0	0	logfile
✘	9D2i	46497	2025-08-23	2024-08-08	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9053	1010	6	50	2	0	0	logfile
✘	9GD2	51244	2025-08-25	2024-08-04	4.2	6.40	—	3.9	0.006	0.86	0.0	0.06	25.64	0.01	2.148	7.94	0.94	1.7	98.3	0.0	-0.58	0.92	0.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26638	2104	22	474	3	0	0	logfile
✘	9CZ0	46055	2025-08-24	2024-08-03	1.86	2.12	1.89	2.1	0.009	0.70	0.0	0.05	14.06	0.01	1.919	2.06	0.00	1.2	98.8	0.0	1.34	0.77	0.88	6.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17040	2040	36	0	24	336	0	logfile
✘	9J14	61067	2025-08-22	2024-08-03	3.49	3.71	3.52	3.8	0.004	0.81	0.0	0.04	16.00	0.00	1.674	9.93	0.26	10.9	89.1	0.0	-0.73	0.62	0.82	1.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7218	970	4	0	2	0	0	logfile
✘	9CXB	45984	2025-08-23	2024-07-31	3.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14479	1749	16	0	22	0	0	logfile
✘	9iYX	61003	2025-08-22	2024-07-31	3.6	3.14	2.42	3.2	0.005	0.79	1.0	0.04	12.81	0.01	2.132	11.26	0.40	2.7	97.3	0.0	1.26	0.44	0.67	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2626	351	4	0	2	0	0	logfile
✘	9CU2	45926	2025-08-27	2024-07-25	2.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	46276	5347	42	0	28	3848	0	logfile
✘	9CTN	45912	2025-08-27	2024-07-25	3.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	43227	2747	4	0	4	0	21525	logfile
✘	9CTQ	45915	2025-08-23	2024-07-25	2.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15630	1880	10	0	10	0	0	logfile
✘	9CTS	45917	2025-08-24	2024-07-25	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15623	1880	10	0	9	0	0	logfile
✘	9CU1	45925	2025-08-26	2024-07-25	2.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	43507	5347	42	0	28	1076	0	logfile
✘	9CTR	45916	2025-08-24	2024-07-25	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15623	1880	10	0	9	0	0	logfile
✘	9iTK	60869	2025-08-26	2024-07-20	2.89	3.45	3.02	3.3	0.004	0.60	0.0	0.04	13.75	0.00	1.938	12.19	0.24	4.5	95.5	0.0	0.44	0.73	0.75	1.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38516	5237	29	0	6	0	0	logfile
✘	9iTV	60880	2025-08-23	2024-07-20	3.97	4.53	3.85	4.1	0.004	0.74	0.0	0.04	15.89	0.00	2.277	12.07	0.10	3.7	96.3	0.0	2.12	0.61	0.72	-0.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10419	1424	16	0	0	0	0	logfile
✘	9iTZ	60884	2025-08-22	2024-07-20	4.28	6.32	4.43	6.5	0.006	0.83	0.0	0.06	10.76	0.00	2.204	14.67	0.21	5.4	94.5	0.1	0.17	0.59	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8039	1320	16	0	0	0	0	logfile
✘	9CQ7	45810	2025-08-22	2024-07-19	3.21	3.47	3.19	3.5	0.003	0.62	0.0	0.05	14.05	0.00	2.131	12.25	0.00	5.8	94.2	0.0	-0.70	0.68	0.74	2.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5222	660	7	0	4	0	0	logfile
✘	9G70	51107	2025-08-23	2024-07-19	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13920	1665	10	0	45	0	0	logfile
✘	9CQC	45813	2025-08-26	2024-07-19	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39149	4492	19	147	1	0	0	logfile
✘	9G74	51109	2025-08-23	2024-07-19	2.75	3.16	2.77	3.1	0.003	0.52	0.0	0.04	11.79	0.00	1.747	7.53	0.53	2.3	97.7	0.0	1.14	0.64	0.74	3.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14683	1741	6	38	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 6 of 57
• next →