Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8BR2	16197	2024-09-27	2022-11-22	2.9	2.85	2.83	2.9	0.008	0.56	0.0	0.04	18.03	0.02	2.117	11.68	0.80	3.0	97.0	0.0	-2.85	0.62	0.85	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15574	1866	21	40	18	120	0	logfile
✘	8HiJ	34818	2024-09-24	2022-11-20	3.54	2.56	3.51	3.0	0.005	0.76	1.0	0.05	9.66	0.01	2.315	3.83	0.00	5.2	94.8	0.0	-3.81	0.69	0.69	2.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8245	1055	5	0	1	0	0	logfile
✘	8F7C	28902	2024-09-27	2022-11-18	3.92	4.16	3.93	4.2	0.002	0.52	0.0	0.04	13.95	0.00	1.675	4.95	0.00	3.2	96.8	0.0	0.02	0.64	0.82	2.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15925	2009	7	0	0	0	0	logfile
✘	8F4R	28857	2024-09-29	2022-11-11	3.06	3.36	3.18	3.3	0.004	0.56	0.0	0.04	11.50	0.00	2.212	7.54	3.22	1.2	98.7	0.0	1.85	0.75	0.81	2.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23675	3097	4	0	1	0	0	logfile
✘	8BM0	16116	2024-09-26	2022-11-10	3.4	3.46	3.31	3.1	0.003	0.64	0.0	0.04	16.35	0.00	2.002	9.99	0.11	1.6	98.4	0.0	0.68	0.85	0.84	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	59394	8008	35	0	42	0	0	logfile
✘	8HFi	34721	2024-09-23	2022-11-10	2.5	2.71	2.52	2.7	0.003	0.63	0.0	0.04	15.56	0.00	2.008	3.64	1.08	2.2	97.8	0.0	1.51	0.75	0.88	3.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4443	548	2	0	2	39	0	logfile
✘	8BKZ	16099	2024-09-28	2022-11-09	2.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67875	8680	70	0	42	3505	0	logfile
✘	8HC5	34652	2024-09-26	2022-11-01	3.43	3.51	3.37	3.6	0.002	0.53	0.0	0.04	15.56	0.00	2.249	5.34	0.00	4.0	96.0	0.0	-0.79	0.60	0.59	1.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11400	1493	6	0	1	0	0	logfile
✘	8EXX	28663	2024-09-26	2022-10-26	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11862	1354	5	57	4	0	0	logfile
✘	8H8J	34549	2024-09-24	2022-10-23	3.2	2.26	3.27	2.1	0.003	0.66	0.0	0.04	10.44	0.00	1.939	9.85	2.59	2.3	97.6	0.1	-0.78	0.71	0.72	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8842	1139	6	0	5	0	0	logfile
✘	8H7Z	34526	2024-09-23	2022-10-21	3.07	3.23	3.02	3.2	0.003	0.63	0.0	0.04	12.59	0.00	2.210	6.35	0.00	3.4	96.6	0.0	-0.04	0.60	0.72	2.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4885	631	3	0	0	0	0	logfile
✘	8H86	34530	2024-09-24	2022-10-21	2.56	2.71	2.58	2.7	0.014	1.56	0.0	0.08	18.47	0.03	2.296	6.79	0.45	4.0	96.0	0.0	-0.67	0.46	0.73	5.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7080	765	6	0	48	63	0	logfile
✘	8H87	34531	2024-09-24	2022-10-21	2.53	2.73	2.50	2.7	0.011	1.55	0.0	0.08	18.83	0.02	2.300	4.49	0.91	2.3	97.7	0.0	-1.32	0.58	0.79	4.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7083	777	6	0	48	147	0	logfile
✘	8BC3	15961	2024-09-27	2022-10-14	2.1	2.00	2.14	2.2	0.014	1.93	0.0	0.10	18.17	0.02	2.310	1.34	11.95	3.3	96.7	0.0	-4.28	0.71	0.84	5.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16880	2170	30	0	10	500	0	logfile
✘	8H4L	34480	2024-09-24	2022-10-10	3.07	2.31	3.09	3.0	0.007	0.90	0.0	0.05	12.79	0.01	2.069	4.07	0.23	4.4	95.6	0.0	-0.34	0.77	0.81	3.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8171	1059	6	0	1	0	0	logfile
✘	8EP0	28494	2024-09-30	2022-10-04	4.9	6.49	5.04	5.3	0.004	0.79	0.0	0.05	12.19	0.01	2.237	11.79	0.00	3.6	96.4	0.0	0.06	0.70	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24408	3372	8	0	0	0	0	logfile
✘	8H14	34424	2024-09-30	2022-09-30	3.39	3.39	3.33	3.4	0.005	0.95	6.0	0.06	13.87	0.01	2.177	2.50	1.35	3.6	96.4	0.0	-0.84	0.78	0.84	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24750	3087	6	0	45	0	0	logfile
✘	8EMR	28262	2024-09-24	2022-09-28	2.92	3.25	2.98	3.2	0.003	0.62	0.0	0.05	14.91	0.00	2.263	5.06	0.12	4.4	95.6	0.0	-0.58	0.74	0.79	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7685	952	4	0	6	0	0	logfile
✘	8EM2	28232	2024-09-24	2022-09-26	3.02	3.25	3.03	3.2	0.004	0.82	0.0	0.05	17.86	0.01	2.233	6.51	0.48	4.2	95.8	0.0	-1.92	0.64	0.66	1.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8022	1002	4	0	2	0	0	logfile
✘	8B3Q	15833	2024-09-30	2022-09-16	2.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.09	—	—	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6.42	—	—	—	-0.26	25095	3395	75	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 12 of 33
• next →