cryo-EM Re-Refine

Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# H	Logfile
✘	6R93	4767	2024-09-29	2019-04-02	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23009	775	10	290	0	10171	logfile
✘	6R94	4768	2024-09-29	2019-04-02	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22443	803	10	290	0	10071	logfile
✘	6oER	20035	2024-09-28	2019-03-27	3.29	3.60	—	3.4	0.007	0.78	0.0	0.05	20.06	0.01	1.709	13.72	0.30	9.5	90.3	0.2	-4.65	0.85	0.84	3.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19482	1952	11	206	6	0	logfile
✘	6JMR	9850	2024-09-25	2019-03-13	4.1	4.26	4.05	4.1	0.007	1.06	0.0	0.06	14.10	0.01	2.239	7.77	0.56	7.1	92.8	0.1	-4.05	0.83	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9809	1223	12	0	69	0	logfile
✘	6o7K	0643	2024-09-25	2019-03-08	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.76	—	—	—	4.1	0.008	0.77	0.0	0.04	22.50	0.01	2.095	19.34	0.00	8.1	91.4	0.5	-1.78	—	0.90	0.84	—	57748	2934	25	1622	0	0	logfile
✘	6o1N	0593	2024-09-28	2019-02-21	2.9	3.21	—	3.8	0.011	1.37	12.0	0.07	11.02	0.01	1.856	9.13	1.51	6.4	93.1	0.5	-6.01	0.60	0.73	2.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19608	2448	4	0	0	0	logfile
✘	6NY3	8980	2024-09-25	2019-02-10	3.7	4.08	—	4.0	0.009	1.13	0.0	0.06	22.55	0.01	2.251	4.71	0.33	16.9	82.5	0.6	-5.86	0.76	0.84	1.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10214	794	6	164	121	0	logfile
✘	6NUR	0520	2024-09-24	2019-02-01	3.1	3.25	3.17	3.3	0.016	1.55	0.0	0.09	10.59	0.01	2.270	2.28	0.52	1.4	98.6	0.0	-0.12	0.64	0.81	4.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8647	1087	5	0	2	0	logfile
✘	6QCM	4508	2024-09-24	2018-12-28	4.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-6.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52697	6998	60	0	0	0	logfile
✘	6NDY	0443	2024-09-26	2018-12-14	3.6	3.70	—	3.6	0.005	0.89	0.0	0.05	14.71	0.01	2.037	4.67	0.00	5.9	94.1	0.0	-3.78	0.66	0.54	0.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12531	1596	12	0	20	0	logfile
✘	6ND4	0441	2024-09-27	2018-12-13	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63993	9225	37	551	1306	0	logfile
✘	6N9V	0380	2024-09-29	2018-12-04	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21526	2651	15	33	14	0	logfile
✘	6N9X	0382	2024-09-28	2018-12-04	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19658	2419	14	31	12	0	logfile
✘	6N9W	0381	2024-09-28	2018-12-04	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19576	2410	15	30	12	0	logfile
✘	6N9U	0379	2024-09-25	2018-12-04	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8822	1063	7	18	4	0	logfile
✘	6N7W	0365	2024-09-24	2018-11-28	4.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7837	808	5	70	2	0	logfile
✘	6iRS	9721	2024-09-24	2018-11-14	3.3	3.44	—	3.4	0.011	1.36	0.0	0.07	14.19	0.01	2.150	13.11	3.66	8.8	90.3	0.9	-5.69	0.62	0.77	2.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7337	926	7	0	10	0	logfile
✘	6HZ9	0315	2024-09-28	2018-10-22	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67654	4120	26	6	12	33440	logfile
✘	6HZ8	0314	2024-09-28	2018-10-22	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67654	4120	26	6	12	33440	logfile
✘	6HZ7	0313	2024-09-28	2018-10-22	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67654	4120	26	6	12	33440	logfile