Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6HZ6	0312	2024-09-28	2018-10-22	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67654	4120	26	6	12	0	33440	logfile
✘	6HZ7	0313	2024-09-28	2018-10-22	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67654	4120	26	6	12	0	33440	logfile
✘	6MN7	9166	2024-09-29	2018-10-01	4.8	5.01	—	5.0	0.016	2.23	12.0	0.12	17.86	0.02	1.395	35.74	0.57	8.6	89.4	2.0	-2.34	0.50	0.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21447	2418	66	0	192	0	0	logfile
✘	6iFZ	9659	2024-09-28	2018-09-21	3.58	3.57	—	3.5	0.008	1.15	2.0	0.07	17.37	0.01	1.258	12.63	0.96	10.7	88.8	0.5	-5.16	0.72	0.80	2.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19185	2254	11	62	1	0	0	logfile
✘	6ACC	9588	2024-09-30	2018-07-26	3.6	3.90	—	3.8	0.005	0.95	1.0	0.06	9.62	0.01	2.139	6.04	0.43	12.0	87.4	0.6	-4.74	0.69	0.73	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24906	3195	3	0	0	0	0	logfile
✘	6E11	8952	2024-09-26	2018-07-08	4.23	4.35	—	4.2	0.007	1.11	6.0	0.06	10.08	0.01	1.079	10.29	0.49	7.9	91.8	0.3	-4.77	0.79	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57401	6820	34	0	373	0	0	logfile
✘	6E0P	8949	2024-09-27	2018-07-06	2.6	2.80	2.51	2.7	0.007	0.85	0.0	0.05	25.47	0.01	2.253	2.30	0.00	4.8	95.2	0.0	-2.18	0.79	0.86	4.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15567	1220	12	290	0	0	0	logfile
✘	6DBU	7850	2024-09-27	2018-05-03	3.9	4.03	—	3.9	0.007	1.20	8.0	0.05	22.11	0.01	1.769	23.39	0.13	8.8	90.9	0.2	-4.17	0.80	0.81	1.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17010	1788	10	136	6	0	0	logfile
✘	6G90	4364	2024-09-27	2018-04-10	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65050	6796	48	474	223	0	0	logfile
✘	6CoY	7544	2024-09-24	2018-03-13	3.36	3.52	3.38	3.6	0.020	1.43	0.0	0.09	10.54	0.01	2.242	1.72	0.00	2.8	96.7	0.4	-0.30	0.70	0.86	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7156	930	4	0	4	0	0	logfile
✘	6CNo	7539	2024-09-27	2018-03-08	4.7	4.91	—	4.8	0.006	1.03	0.0	0.05	9.24	0.01	1.936	5.57	0.26	3.5	96.5	0.0	-2.70	0.64	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15428	2024	12	0	12	0	0	logfile
✘	6CNA	7529	2024-09-29	2018-03-07	4.6	5.89	—	5.8	0.007	0.93	0.0	0.05	13.75	0.01	2.021	26.55	0.00	9.7	90.1	0.3	-4.80	0.57	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21426	3160	14	0	22	0	0	logfile
✘	5ZCS	6913	2024-09-24	2018-02-20	4.9	5.50	—	6.9	0.003	0.77	0.0	0.05	9.66	0.01	2.281	3.31	0.05	5.6	94.3	0.1	-5.28	0.85	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	49176	6644	10	0	278	0	0	logfile
✘	6C4H	7340	2024-09-27	2018-01-12	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15326	184	8	648	34	0	0	logfile
✘	6B40	7046	2024-09-27	2017-09-25	4.3	4.48	—	4.4	0.007	1.13	0.0	0.06	16.85	0.01	2.269	8.08	0.00	18.8	81.0	0.2	-5.22	0.76	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16202	1800	14	100	42	0	0	logfile
✘	6AZ1	7024	2024-09-30	2017-09-09	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	80594	4810	66	2001	30	262	0	logfile
✘	5oYB	3860	2024-09-26	2017-09-08	3.75	3.87	3.90	3.8	0.007	1.18	8.0	0.10	12.85	0.01	1.771	8.87	3.12	7.6	92.4	0.0	-3.98	0.65	0.84	2.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11770	1436	4	0	4	0	0	logfile
✘	5WPV	8883	2024-09-27	2017-08-07	3.59	3.68	—	3.7	0.007	0.91	0.0	0.05	11.02	0.01	2.329	2.66	0.18	3.7	96.3	0.0	-4.61	0.62	0.81	2.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14889	1816	9	0	9	0	0	logfile
✘	5V4S	8633	2024-09-25	2017-03-10	4.2	7.95	—	4.2	0.012	1.56	20.0	0.14	8.80	0.01	2.352	3.29	0.00	6.6	93.1	0.3	-1.95	0.55	0.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10756	1548	4	0	0	0	0	logfile
✘	5X58	6703	2024-09-30	2017-02-15	3.2	3.40	—	3.4	0.007	1.17	0.0	0.07	14.96	0.01	2.011	5.28	0.44	9.2	90.8	0.0	-4.64	0.68	0.79	2.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25265	3159	6	0	42	0	0	logfile

• ← previous
• Page 32 of 33
• next →