Table showing results for October 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8AZK	15767	2024-10-09	2022-09-06	3.1	3.41	3.18	3.4	0.006	0.59	0.0	0.04	14.86	0.00	1.998	6.10	1.46	9.2	90.8	0.0	-3.78	0.76	0.83	2.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	46965	6222	28	0	0	0	0	logfile
✘	8EAo	27792	2024-10-14	2022-08-29	3.2	4.04	3.15	20.0	0.003	0.60	0.0	0.05	14.09	0.00	2.197	10.56	0.10	3.6	96.4	0.0	1.03	0.18	0.04	-0.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	71628	8964	24	0	0	0	0	logfile
✘	8GPN	34195	2024-10-13	2022-08-26	3.2	3.80	3.24	3.4	0.007	0.62	0.0	0.04	26.21	0.00	2.193	8.82	0.11	2.6	97.4	0.0	1.29	0.84	0.80	3.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15047	1211	11	292	0	0	0	logfile
✘	8E92	27953	2024-10-14	2022-08-26	3.96	4.42	3.97	4.3	0.012	1.20	6.0	0.05	20.03	0.01	2.130	12.83	1.03	9.8	90.1	0.1	-2.71	0.72	0.77	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18011	2580	17	0	31	0	0	logfile
✘	7YVU	34138	2024-10-11	2022-08-19	3.2	2.47	3.22	2.2	0.004	0.64	0.0	0.05	14.81	0.01	2.103	6.82	0.29	5.5	94.0	0.5	-0.60	0.76	0.80	3.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6456	791	4	0	4	0	0	logfile
✘	8E2L	27842	2024-10-14	2022-08-15	3.51	4.31	3.74	4.0	0.004	0.73	1.0	0.05	15.29	0.00	2.028	6.24	0.42	7.8	92.1	0.1	-0.93	0.78	0.72	1.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17092	2366	12	12	10	0	0	logfile
✘	7YSW	34084	2024-10-12	2022-08-13	3.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12407	1517	7	0	12	0	0	logfile
✘	7YSU	34082	2024-10-12	2022-08-13	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12430	1521	7	0	12	0	0	logfile
✘	7YSH	34075	2024-10-12	2022-08-12	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12480	1525	7	0	11	0	0	logfile
✘	8DZP	27804	2024-10-10	2022-08-08	2.71	2.09	2.70	1.9	0.004	0.68	0.0	0.05	13.62	0.01	2.216	5.26	0.11	3.6	96.4	0.0	-0.46	0.78	0.78	3.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8657	1120	6	0	1	0	0	logfile
✘	8DZG	27797	2024-10-15	2022-08-07	3.1	3.44	3.21	3.5	0.008	0.73	0.0	0.04	16.80	0.00	2.076	2.92	0.29	4.8	95.0	0.2	-0.15	0.67	0.79	3.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19758	2520	12	0	18	0	0	logfile
✘	8DZE	27795	2024-10-15	2022-08-07	2.99	3.47	3.03	3.4	0.008	0.83	0.0	0.05	16.65	0.01	2.289	4.10	0.64	7.0	92.7	0.2	-0.16	0.70	0.79	2.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19308	2478	12	0	12	0	0	logfile
✘	7YQ6	34021	2024-10-13	2022-08-05	4.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13990	1592	4	48	0	0	0	logfile
✘	8DYY	27786	2024-10-14	2022-08-05	3.62	3.95	3.54	3.9	0.011	0.96	1.0	0.04	14.40	0.00	2.085	10.02	0.33	5.9	94.1	0.0	-0.11	0.77	0.86	2.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16499	2133	19	0	0	0	0	logfile
✘	7YQ3	34018	2024-10-13	2022-08-05	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14412	1707	5	28	0	0	0	logfile
✘	7YQ5	34020	2024-10-13	2022-08-05	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14067	1673	5	24	0	0	0	logfile
✘	7YQ4	34019	2024-10-12	2022-08-05	3.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10618	1243	5	24	0	0	0	logfile
✘	8AN3	15531	2024-10-11	2022-08-04	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.24	—	—	1.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.16	—	—	—	1.63	8721	1040	20	0	68	0	0	logfile
✘	8AN2	15530	2024-10-11	2022-08-04	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.32	—	—	3.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.62	—	—	—	3.09	8657	1040	18	0	63	0	0	logfile
✘	7YoT	33986	2024-10-12	2022-08-02	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.64	—	—	3.78	3.1	0.003	0.57	0.0	0.04	15.32	0.00	2.489	5.93	2.12	2.6	97.4	0.0	0.60	—	0.68	0.85	2.54	12182	1551	5	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 16 of 40
• next →