Table showing results for October 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7T02	25577	2024-10-13	2021-11-29	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14359	1752	4	25	5	0	0	logfile
✘	7QD8	13910	2024-10-13	2021-11-26	3.6	3.90	3.66	3.8	0.004	0.74	0.0	0.05	14.49	0.00	2.273	5.28	0.00	2.3	97.7	0.0	-1.83	0.74	0.69	1.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14086	1730	2	0	0	0	0	logfile
✘	7W2J	32262	2024-10-14	2021-11-24	3.6	2.90	—	3.6	0.030	1.49	0.0	0.56	15.66	0.01	2.011	18.00	0.00	11.0	88.7	0.4	-2.64	0.65	0.79	1.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16522	2104	10	0	10	0	0	logfile
✘	7W0M	32244	2024-10-11	2021-11-18	3.71	2.51	3.74	2.2	0.004	0.76	0.0	0.05	14.11	0.00	2.230	11.46	0.00	5.6	94.4	0.0	-1.90	0.73	0.74	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8929	1134	6	0	1	0	0	logfile
✘	7STX	25438	2024-10-11	2021-11-15	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8611	1049	5	0	30	0	0	logfile
✘	7VX5	32169	2024-10-10	2021-11-12	3.8	4.03	—	4.1	0.003	0.65	0.0	0.04	9.06	0.00	2.246	7.43	0.14	1.0	99.0	0.0	-2.69	0.56	0.68	2.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6487	791	4	0	6	0	0	logfile
✘	7SSP	25412	2024-10-13	2021-11-11	3.5	3.32	3.41	3.7	0.004	0.63	0.0	0.04	14.58	0.00	2.232	4.57	0.00	6.8	93.2	0.0	-3.24	0.71	0.80	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10930	1376	8	0	0	0	0	logfile
✘	7SPB	24769	2024-10-12	2021-11-02	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.19	—	—	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.85	—	—	—	2.08	57408	7488	78	0	0	0	0	logfile
✘	7SPi	24771	2024-10-12	2021-11-02	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.43	—	—	1.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.78	—	—	—	1.98	57408	7488	78	0	0	0	0	logfile
✘	7VUG	32127	2024-10-11	2021-11-02	3.2	2.20	—	2.0	0.004	0.61	0.0	0.04	13.56	0.00	2.099	11.94	0.00	6.3	93.7	0.0	-0.75	0.73	0.72	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8924	1127	6	0	1	0	0	logfile
✘	7SNG	25225	2024-10-13	2021-10-28	2.8	3.04	—	3.0	0.004	0.63	2.0	0.04	14.54	0.01	2.201	10.64	0.25	3.3	96.5	0.2	-0.68	0.74	0.85	4.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15204	1868	8	0	0	104	0	logfile
✘	7SMS	25207	2024-10-14	2021-10-26	3.18	3.33	—	3.3	0.006	0.78	0.0	0.05	17.59	0.00	2.187	5.21	0.00	2.8	97.2	0.0	1.21	0.78	0.85	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17051	2015	15	0	32	0	0	logfile
✘	7VQ4	32085	2024-10-10	2021-10-19	3.2	3.54	—	3.6	0.007	0.74	0.0	0.04	16.10	0.00	2.155	9.59	2.30	6.6	93.4	0.0	-1.96	0.61	0.79	1.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6306	800	2	0	0	0	0	logfile
✘	7PWF	13680	2024-10-12	2021-10-06	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60466	3965	45	1355	303	0	0	logfile
✘	7SFS	25101	2024-10-15	2021-10-04	2.76	3.40	—	3.2	0.007	0.80	0.0	0.05	13.87	0.01	2.029	10.20	0.03	11.0	87.9	1.1	-1.55	0.56	0.86	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	73221	9272	24	0	0	0	0	logfile
✘	7SCJ	25036	2024-10-11	2021-09-28	3.4	2.31	2.97	2.0	0.004	0.60	0.0	0.05	14.79	0.01	2.200	9.22	0.00	5.7	94.3	0.0	-0.25	0.75	0.72	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9336	1131	6	2	7	0	0	logfile
✘	7PT6	13619	2024-10-15	2021-09-26	3.2	3.12	—	3.1	0.006	1.06	30.0	0.06	15.10	0.01	1.718	12.07	0.34	3.2	96.8	0.0	-0.49	0.71	0.82	2.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	74358	9282	34	0	52	0	0	logfile
✘	7PRo	13609	2024-10-11	2021-09-22	3.0	3.28	3.20	3.2	0.012	1.09	0.0	0.06	13.80	0.01	2.192	7.00	0.00	4.8	95.2	0.0	-1.65	0.61	0.84	3.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9032	1160	2	0	0	0	0	logfile
✘	7S9V	24938	2024-10-13	2021-09-21	3.3	3.25	—	3.4	0.007	0.86	0.0	0.05	13.96	0.01	2.257	2.04	0.00	5.1	94.9	0.0	-1.75	0.83	0.82	2.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14286	1825	3	0	1	0	0	logfile
✘	7PR1	13607	2024-10-11	2021-09-20	2.81	3.22	2.90	3.1	0.007	0.95	0.0	0.05	14.35	0.00	2.053	7.90	0.00	2.1	97.9	0.0	-0.18	0.63	0.83	3.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9222	1174	4	0	4	0	0	logfile

• ← previous
• Page 23 of 40
• next →