Table showing results for October 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	9B64	44245	2024-10-14	2024-03-23	3.56	2.72	3.47	3.4	0.003	0.64	0.0	0.04	16.81	0.01	2.201	9.65	0.15	2.6	97.4	0.0	1.70	0.61	0.81	1.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18493	2378	8	0	0	0	0	logfile
✘	9EQ5	19897	2024-10-13	2024-03-20	2.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15796	2052	8	0	0	0	0	logfile
✘	9ENQ	19838	2024-10-10	2024-03-13	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5743	707	6	4	4	7	0	logfile
✘	9ENP	19837	2024-10-12	2024-03-13	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11552	1338	7	48	4	7	0	logfile
✘	8YMP	39402	2024-10-11	2024-03-09	2.6	3.14	2.77	3.2	0.008	1.42	12.0	0.09	25.41	0.01	2.057	14.00	37.57	10.6	87.2	2.2	-3.93	0.45	0.50	1.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9570	1184	4	0	2	0	0	logfile
✘	9ATP	43832	2024-10-13	2024-02-27	3.5	4.08	3.59	3.8	0.005	0.73	0.0	0.05	15.18	0.01	2.043	15.12	0.21	6.2	93.5	0.3	-1.38	0.75	0.76	2.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13004	1636	6	0	0	0	0	logfile
✘	9ASo	43821	2024-10-11	2024-02-26	2.9	3.56	2.94	3.1	0.003	0.60	0.0	0.05	17.62	0.00	2.281	3.38	1.04	1.6	98.4	0.0	1.28	0.80	0.66	2.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9426	966	6	71	4	2	0	logfile
✘	8W0i	43710	2024-10-11	2024-02-13	3.5	4.45	3.68	3.8	0.003	0.49	0.0	0.04	9.62	0.00	1.742	4.48	0.03	4.4	95.6	0.0	1.01	0.77	0.80	0.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56870	3557	12	0	15	0	28489	logfile
✘	8Y8B	39040	2024-10-10	2024-02-06	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7303	902	14	0	26	0	0	logfile
✘	8Y8J	39048	2024-10-09	2024-02-06	3.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5069	608	10	0	18	0	0	logfile
✘	8Y7Y	39026	2024-10-10	2024-02-05	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6860	861	13	0	27	0	0	logfile
✘	8RU2	19503	2024-10-13	2024-01-29	3.49	3.82	3.54	3.7	0.002	0.55	0.0	0.04	18.07	0.00	1.974	9.72	0.37	3.5	96.4	0.2	-0.23	0.71	0.73	1.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14773	1849	8	0	6	0	0	logfile
✘	8VTB	43522	2024-10-12	2024-01-26	2.5	3.12	2.49	2.9	0.007	0.92	0.0	0.05	17.21	0.01	2.221	6.86	0.59	1.8	98.2	0.0	1.65	0.74	0.85	3.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13392	1600	8	0	28	0	0	logfile
✘	8Y2E	38852	2024-10-09	2024-01-25	3.03	3.33	3.15	3.3	0.005	0.61	0.0	0.04	17.53	0.00	2.283	3.56	0.00	4.4	95.6	0.0	1.57	0.65	0.86	3.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4214	528	2	0	3	0	0	logfile
✘	8RTB	19485	2024-10-13	2024-01-25	3.83	4.65	3.83	4.1	0.006	0.79	0.0	0.05	14.19	0.01	2.126	12.18	0.00	6.7	93.3	0.0	-1.38	0.63	0.65	1.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14132	1804	9	0	0	0	0	logfile
✘	8XUU	38684	2024-10-09	2024-01-14	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3598	431	3	0	9	0	0	logfile
✘	8VLU	43344	2024-10-10	2024-01-12	3.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8596	1096	4	0	9	0	0	logfile
✘	8XSJ	38620	2024-10-13	2024-01-09	2.61	2.30	2.66	2.1	0.003	0.63	0.0	0.04	13.66	0.01	2.001	6.19	0.10	4.4	95.4	0.2	-0.03	0.75	0.74	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9740	1215	7	0	9	0	0	logfile
✘	8VKE	43315	2024-10-10	2024-01-09	3.1	3.35	3.10	3.3	0.003	0.59	0.0	0.04	14.19	0.00	2.103	5.82	0.14	2.6	97.4	0.0	-0.05	0.77	0.85	4.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6652	854	8	0	2	0	0	logfile
✘	8XQ9	38570	2024-10-11	2024-01-04	3.77	2.79	3.79	2.7	0.003	0.71	0.0	0.04	14.17	0.01	2.293	4.12	4.48	2.1	97.9	0.0	-1.10	0.68	0.71	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10672	1366	2	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 40
• next →