Table showing results for October 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8V27	42900	2024-10-12	2023-11-21	3.34	3.61	3.34	3.4	0.004	0.59	0.0	0.04	27.25	0.00	2.196	7.76	0.42	2.4	97.6	0.0	2.63	0.89	0.88	1.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12689	849	11	290	0	0	0	logfile
✘	8V1R	42888	2024-10-12	2023-11-21	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11864	1355	5	56	6	3	0	logfile
✘	8X64	38079	2024-10-09	2023-11-20	3.4	4.16	3.79	4.1	0.006	0.79	1.0	0.05	14.11	0.01	2.290	13.75	0.42	7.5	92.5	0.0	-0.76	0.45	0.61	2.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2189	263	2	0	1	0	0	logfile
✘	8R64	18946	2024-10-12	2023-11-20	3.2	3.36	3.32	3.3	0.002	0.49	0.0	0.05	11.85	0.00	1.940	4.62	0.29	1.4	98.6	0.0	2.70	0.83	0.85	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13429	1765	13	0	12	0	0	logfile
✘	8UZB	42838	2024-10-11	2023-11-14	2.63	2.93	2.72	2.9	0.003	0.53	0.0	0.04	20.26	0.00	2.147	5.73	0.00	3.7	96.3	0.0	0.49	0.67	0.78	2.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10882	910	4	162	0	0	0	logfile
✘	8X2L	38016	2024-10-10	2023-11-09	2.99	2.32	2.96	3.0	0.006	0.80	0.0	0.05	13.83	0.01	2.102	3.36	0.14	2.6	97.4	0.0	-0.31	0.74	0.76	2.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7099	885	6	0	9	1	0	logfile
✘	8R34	18860	2024-10-10	2023-11-08	2.62	2.82	2.62	2.9	0.004	0.65	0.0	0.04	19.66	0.00	2.167	7.50	2.41	2.3	97.7	0.0	0.34	0.62	0.83	2.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7762	970	6	0	14	62	0	logfile
✘	8UW3	42637	2024-10-12	2023-11-06	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12005	1265	4	73	1	0	0	logfile
✘	8WY4	37915	2024-10-13	2023-10-30	2.81	2.99	2.90	3.0	0.006	1.06	0.0	0.06	15.32	0.01	2.368	2.51	0.00	4.3	95.7	0.0	-3.49	0.69	0.76	2.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14864	1804	8	0	4	0	0	logfile
✘	8QYS	18761	2024-10-11	2023-10-26	3.89	4.28	3.89	4.1	0.003	0.57	2.0	0.04	14.29	0.00	2.222	9.04	0.00	10.1	89.9	0.0	-1.10	0.85	0.85	1.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57862	7588	34	0	0	0	0	logfile
✘	8URU	42501	2024-10-11	2023-10-26	3.7	3.90	3.70	3.9	0.005	0.98	1.0	0.05	21.44	0.01	2.058	21.18	3.21	10.9	88.1	0.9	-2.97	0.70	0.74	1.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8895	1001	6	43	1	0	0	logfile
✘	8UPT	42455	2024-10-09	2023-10-23	2.8	3.38	2.84	2.9	0.016	2.20	0.0	0.16	30.45	0.01	1.072	99.56	0.00	0.0	0.0	0.0	—	0.23	0.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1518	0	1	71	0	0	0	logfile
✘	8UPF	42446	2024-10-14	2023-10-22	3.2	3.76	3.25	3.6	0.007	0.65	0.0	0.04	26.92	0.00	1.329	10.34	0.47	4.3	95.7	0.0	-2.24	0.79	0.83	2.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14012	1006	13	293	2	0	0	logfile
✘	8UNo	42411	2024-10-10	2023-10-19	3.3	3.74	3.50	3.7	0.005	0.67	0.0	0.04	13.45	0.00	2.236	5.25	0.17	2.1	97.9	0.0	1.15	0.59	0.82	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6489	894	6	0	2	0	0	logfile
✘	8UNS	42415	2024-10-10	2023-10-19	3.4	3.73	3.46	3.7	0.004	0.77	0.0	0.05	14.48	0.00	2.332	3.61	0.00	2.1	97.9	0.0	1.05	0.65	0.86	4.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6683	916	6	0	2	1	0	logfile
✘	8WT9	37830	2024-10-13	2023-10-18	2.7	3.37	2.80	3.1	0.008	1.36	0.0	0.08	20.16	0.00	1.607	0.58	0.98	0.8	99.2	0.0	-1.58	0.89	0.89	4.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14982	1258	13	239	2	2	0	logfile
✘	8UMF	42378	2024-10-13	2023-10-17	2.9	3.41	2.94	3.2	0.005	0.80	0.0	0.05	19.05	0.01	2.087	4.93	0.00	3.1	96.9	0.0	-1.20	0.84	0.85	3.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14804	1376	7	173	7	0	0	logfile
✘	8QU9	18658	2024-10-14	2023-10-15	2.88	2.61	2.88	2.8	0.003	0.56	0.0	0.03	17.55	0.00	0.000	10.00	0.00	0.0	100.0	0.0	-2.00	0.74	0.87	3.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72756	8836	141	0	94	47	0	logfile
✘	8WRD	37774	2024-10-10	2023-10-13	3.05	3.46	3.00	3.4	0.004	0.55	0.0	0.04	15.71	0.00	2.177	4.66	0.14	3.0	97.0	0.0	0.84	0.69	0.84	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6326	830	3	0	0	0	0	logfile
✘	8WPF	37715	2024-10-14	2023-10-10	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16896	1908	11	73	1	0	0	logfile

• ← previous
• Page 5 of 40
• next →