Table showing results for November 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8EYX	28723	2024-11-19	2022-10-29	4.5	4.99	4.61	4.1	0.006	0.76	1.0	0.05	12.87	0.00	1.857	33.88	1.18	9.7	89.7	0.6	-1.73	0.86	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14298	1773	6	0	0	0	0	logfile
✘	8EXX	28663	2024-11-16	2022-10-26	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11862	1354	5	57	4	0	0	logfile
✘	8H8J	34549	2024-11-15	2022-10-23	3.2	2.26	3.27	2.1	0.003	0.66	0.0	0.04	10.44	0.00	1.939	9.85	2.59	2.3	97.6	0.1	-0.78	0.71	0.72	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8842	1139	6	0	5	0	0	logfile
✘	8H8F	34545	2024-11-14	2022-10-22	3.48	4.08	3.87	4.0	0.003	0.69	0.0	0.05	17.03	0.01	2.140	13.54	1.02	3.3	96.7	0.0	-0.20	0.47	0.67	0.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6168	753	3	0	0	0	0	logfile
✘	8H86	34530	2024-11-14	2022-10-21	2.56	2.71	2.58	2.7	0.014	1.56	0.0	0.08	18.47	0.03	2.296	6.79	0.45	4.0	96.0	0.0	-0.67	0.46	0.73	5.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7080	765	6	0	48	63	0	logfile
✘	8H7Z	34526	2024-11-14	2022-10-21	3.07	3.23	3.02	3.2	0.003	0.63	0.0	0.04	12.59	0.00	2.210	6.35	0.00	3.4	96.6	0.0	-0.04	0.60	0.72	2.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4885	631	3	0	0	0	0	logfile
✘	8H87	34531	2024-11-14	2022-10-21	2.53	2.73	2.50	2.7	0.011	1.55	0.0	0.08	18.83	0.02	2.300	4.49	0.91	2.3	97.7	0.0	-1.32	0.58	0.79	4.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7083	777	6	0	48	147	0	logfile
✘	8H7G	34520	2024-11-19	2022-10-20	3.7	3.18	3.58	3.3	0.002	0.57	0.0	0.04	12.37	0.00	2.182	5.83	0.00	5.3	94.6	0.0	-1.27	0.60	0.60	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52609	6574	14	0	19	0	0	logfile
✘	8H69	34497	2024-11-19	2022-10-16	3.7	3.79	3.34	3.7	0.009	1.12	0.0	0.06	12.85	0.01	1.917	7.93	1.52	7.5	92.4	0.2	-4.98	0.77	0.74	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18028	2153	5	37	0	0	0	logfile
✘	8BC3	15961	2024-11-18	2022-10-14	2.1	2.00	2.14	2.2	0.014	1.93	0.0	0.10	18.17	0.02	2.310	1.34	11.95	3.3	96.7	0.0	-4.28	0.71	0.84	5.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16880	2170	30	0	10	500	0	logfile
✘	8H4L	34480	2024-11-15	2022-10-10	3.07	2.31	3.09	3.0	0.007	0.90	0.0	0.05	12.79	0.01	2.069	4.07	0.23	4.4	95.6	0.0	-0.34	0.77	0.81	3.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8171	1059	6	0	1	0	0	logfile
✘	8EQV	28547	2024-11-17	2022-10-09	3.64	4.53	3.76	4.0	0.003	0.78	0.0	0.04	16.23	0.00	2.188	12.26	0.13	8.3	91.5	0.2	-1.97	0.88	0.83	1.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13974	1765	5	0	0	0	0	logfile
✘	8EMR	28262	2024-11-15	2022-09-28	2.92	3.25	2.98	3.2	0.003	0.62	0.0	0.05	14.91	0.00	2.263	5.06	0.12	4.4	95.6	0.0	-0.58	0.74	0.79	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7685	952	4	0	6	0	0	logfile
✘	8EM2	28232	2024-11-15	2022-09-26	3.02	3.25	3.03	3.2	0.004	0.82	0.0	0.05	17.86	0.01	2.233	6.51	0.48	4.2	95.8	0.0	-1.92	0.64	0.66	1.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8022	1002	4	0	2	0	0	logfile
✘	8GYo	34374	2024-11-19	2022-09-23	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.95	—	—	1.28	4.0	0.004	1.15	1.0	0.08	19.71	0.00	2.309	8.20	2.78	5.1	94.9	0.0	1.39	—	0.60	0.74	0.89	19253	2337	14	0	13	0	0	logfile
✘	8EKR	28211	2024-11-19	2022-09-21	3.0	2.81	3.16	3.0	0.004	0.80	0.0	0.04	14.01	0.01	2.292	5.46	0.38	3.6	96.4	0.0	-1.13	0.51	0.83	3.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19712	2452	8	0	4	0	0	logfile
✘	8EKL	28206	2024-11-19	2022-09-21	3.06	3.28	3.26	3.3	0.003	0.47	0.0	0.04	18.45	0.00	2.117	5.10	0.18	3.4	96.6	0.0	-0.87	0.72	0.90	4.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19334	2485	14	0	14	0	0	logfile
✘	8EKM	28207	2024-11-19	2022-09-21	3.56	3.84	3.63	3.8	0.002	0.59	0.0	0.04	17.68	0.00	2.199	8.94	0.37	9.6	90.4	0.0	-2.09	0.68	0.84	1.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19772	2590	14	0	14	0	0	logfile
✘	8B3o	15831	2024-11-20	2022-09-16	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.91	—	—	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3.24	—	—	—	1.40	20475	2720	45	0	0	0	0	logfile
✘	8B3P	15832	2024-11-18	2022-09-16	2.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.91	—	—	1.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5.88	—	—	—	0.02	17620	2370	55	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 15 of 38
• next →