Table showing results for November 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7XNH	33315	2024-11-19	2022-04-28	3.1	2.98	2.73	2.9	0.006	1.12	0.0	0.05	13.57	0.01	2.144	6.68	0.61	0.6	99.4	0.0	-0.23	0.72	0.87	4.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19224	2172	24	0	132	0	0	logfile
✘	7XMV	33306	2024-11-18	2022-04-27	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15228	1842	18	0	30	810	0	logfile
✘	7XMU	33305	2024-11-18	2022-04-26	2.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15294	1842	18	0	36	822	0	logfile
✘	7USC	26732	2024-11-20	2022-04-25	3.0	3.26	2.98	3.1	0.007	0.62	0.0	0.04	14.12	0.00	2.130	6.55	0.00	3.0	97.0	0.0	1.36	0.90	0.87	2.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21709	2673	5	0	0	0	0	logfile
✘	7USM	26739	2024-11-16	2022-04-25	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.89	—	—	2.45	1.6	0.004	0.75	0.0	0.05	16.20	0.00	2.209	7.93	1.98	4.0	96.0	0.0	-0.64	—	0.74	0.72	2.40	11893	1521	5	0	15	0	0	logfile
✘	7XLT	33286	2024-11-14	2022-04-22	4.4	4.55	4.45	4.3	0.004	0.89	0.0	0.05	18.80	0.01	2.288	8.02	0.79	6.8	93.2	0.0	-2.19	0.68	0.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4985	431	4	80	0	0	0	logfile
✘	7URC	26708	2024-11-14	2022-04-21	3.14	3.74	3.25	3.6	0.018	1.00	0.0	0.88	25.59	0.00	2.248	10.09	0.00	3.5	96.5	0.0	-3.02	0.58	0.86	3.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5561	658	4	0	12	0	0	logfile
✘	7XL8	33274	2024-11-19	2022-04-21	3.0	3.22	3.00	3.2	0.010	1.31	12.0	0.07	19.59	0.01	2.249	9.41	1.35	1.3	98.7	0.0	-1.48	0.57	0.79	2.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16920	1956	24	0	84	0	0	logfile
✘	7ZMA	14793	2024-11-19	2022-04-19	2.9	3.20	3.03	3.2	0.003	0.89	11.0	0.17	12.20	0.00	2.013	4.62	0.00	5.5	94.5	0.0	-0.24	0.64	0.73	3.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18816	1214	2	0	0	0	9332	logfile
✘	7XK0	33239	2024-11-15	2022-04-19	3.59	3.85	3.58	3.7	0.011	0.96	0.0	0.06	19.03	0.01	2.206	10.11	5.36	10.4	89.6	0.0	-5.27	0.81	0.86	2.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9208	983	2	70	1	0	0	logfile
✘	7XJ0	33214	2024-11-19	2022-04-14	2.53	2.75	2.61	2.8	0.020	1.36	17.0	0.08	18.35	0.01	2.206	19.02	6.56	7.0	93.0	0.0	-3.52	0.59	0.76	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18791	2428	8	0	24	0	0	logfile
✘	7ZKi	14763	2024-11-15	2022-04-13	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7120	688	5	77	2	0	0	logfile
✘	7Xi9	33200	2024-11-14	2022-04-12	2.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7620	870	8	24	4	232	0	logfile
✘	7XiB	33201	2024-11-14	2022-04-12	2.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7178	815	8	24	2	196	0	logfile
✘	7UNK	26625	2024-11-17	2022-04-11	3.45	3.69	3.50	3.6	0.003	0.66	0.0	0.04	15.44	0.01	2.169	7.74	0.75	3.0	97.0	0.0	1.09	0.72	0.83	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10992	1401	4	0	0	0	0	logfile
✘	7ZJD	14745	2024-11-19	2022-04-10	2.94	3.35	2.98	3.2	0.003	0.56	0.0	0.04	14.12	0.00	2.311	5.44	0.00	6.6	93.1	0.3	0.00	0.66	0.84	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19360	2388	4	0	0	0	0	logfile
✘	7UNA	26618	2024-11-19	2022-04-09	4.0	3.57	3.79	3.8	0.013	1.02	0.0	0.04	18.09	0.01	1.980	13.79	0.00	7.1	92.9	0.0	-0.95	0.55	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18414	1132	12	0	4	0	9203	logfile
✘	7XGY	33189	2024-11-14	2022-04-07	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4555	574	8	0	4	0	0	logfile
✘	7XG0	33181	2024-11-19	2022-04-02	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19893	2280	12	118	1	0	0	logfile
✘	7XG2	33183	2024-11-19	2022-04-02	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19904	2282	12	118	1	0	0	logfile

• ← previous
• Page 20 of 38
• next →