Table showing results for November 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7XFM	33176	2024-11-17	2022-04-01	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12914	946	11	266	0	0	0	logfile
✘	7ZFW	14704	2024-11-17	2022-04-01	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13188	0	1	615	0	0	0	logfile
✘	7XFJ	33174	2024-11-17	2022-04-01	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12805	943	11	262	0	0	0	logfile
✘	7XFH	33172	2024-11-17	2022-04-01	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12969	957	11	264	0	0	0	logfile
✘	7XEW	33161	2024-11-19	2022-03-31	2.59	3.02	2.88	3.0	0.003	0.70	0.0	0.04	13.28	0.01	2.210	10.97	1.10	5.5	94.0	0.5	0.26	0.75	0.85	2.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19988	2456	4	0	0	0	0	logfile
✘	7Ui0	26521	2024-11-19	2022-03-28	3.4	3.51	3.43	3.6	0.008	0.81	0.0	0.05	13.94	0.01	2.025	14.18	0.00	5.3	94.7	0.0	-1.38	0.81	0.82	2.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19203	2415	9	0	0	0	0	logfile
✘	7XC6	33113	2024-11-18	2022-03-23	2.79	2.93	2.77	3.0	0.006	0.72	0.0	0.05	17.67	0.00	2.003	7.10	7.75	7.1	92.9	0.0	-2.40	0.63	0.67	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16176	2026	5	0	0	0	0	logfile
✘	7UAQ	26430	2024-11-14	2022-03-13	3.1	3.91	2.90	3.7	0.006	1.19	2.0	0.07	13.13	0.01	2.101	25.20	0.22	11.5	88.5	0.0	-2.56	0.57	0.74	2.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4362	533	8	0	10	0	0	logfile
✘	7U9P	26404	2024-11-14	2022-03-11	3.5	3.18	3.38	3.4	0.013	1.18	0.0	0.07	10.40	0.01	2.304	2.58	0.15	11.6	88.2	0.3	-4.34	0.69	0.84	4.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6126	773	6	0	4	0	0	logfile
✘	7X83	33054	2024-11-14	2022-03-11	3.4	3.15	2.86	3.5	0.009	0.82	0.0	0.06	13.35	0.00	2.027	17.05	0.00	15.8	84.2	0.0	-5.71	0.38	0.84	4.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3258	405	3	0	0	0	0	logfile
✘	7U9G	26397	2024-11-17	2022-03-10	3.39	4.19	3.28	3.9	0.007	0.77	0.0	0.05	11.02	0.01	2.293	5.19	0.00	3.1	96.9	0.0	0.29	0.88	0.86	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14553	1860	12	0	9	0	0	logfile
✘	7X6o	33024	2024-11-20	2022-03-07	3.5	2.65	—	3.8	0.002	0.49	0.0	0.04	8.09	0.00	2.283	3.17	1.82	2.0	98.0	0.0	-3.07	0.60	0.53	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.15	—	—	—	1.16	21609	2787	12	0	0	0	0	logfile
✘	7Z4Z	14511	2024-11-14	2022-03-06	4.0	3.29	3.87	3.9	0.003	0.75	1.0	0.05	14.17	0.01	2.305	11.39	0.00	2.1	97.3	0.6	-4.82	0.61	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4817	673	4	0	0	0	0	logfile
✘	7Z4L	14501	2024-11-17	2022-03-04	2.54	3.13	2.76	3.0	0.005	0.53	0.0	0.04	17.44	0.00	1.780	8.74	2.83	2.3	97.7	0.0	0.38	0.80	0.88	4.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13823	1337	6	136	3	6	0	logfile
✘	7U5T	26358	2024-11-18	2022-03-02	3.43	3.65	3.40	3.5	0.008	1.09	0.0	0.07	13.05	0.01	2.280	7.60	0.10	6.4	93.6	0.0	-5.95	0.59	0.62	1.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9093	1190	2	0	0	0	0	logfile
✘	7Z37	14472	2024-11-17	2022-03-01	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.30	—	—	2.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.14	—	—	—	2.22	14256	1740	6	0	2	0	0	logfile
✘	7X1Y	32952	2024-11-20	2022-02-25	3.3	3.50	3.29	3.4	0.006	0.85	2.0	0.05	16.19	0.01	1.293	4.15	0.52	8.5	91.3	0.2	-1.68	0.83	0.88	4.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22032	2748	12	0	24	0	0	logfile
✘	7U16	26279	2024-11-14	2022-02-19	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3456	405	6	0	12	0	0	logfile
✘	7WYB	32890	2024-11-15	2022-02-15	2.97	2.33	—	2.1	0.005	0.80	0.0	0.05	12.35	0.00	2.176	5.06	0.00	7.0	93.0	0.0	-1.33	0.66	0.61	1.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8757	1115	5	0	0	0	0	logfile
✘	7WVE	32851	2024-11-17	2022-02-10	3.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12498	1318	4	46	46	0	0	logfile

• ← previous
• Page 21 of 38
• next →