Table showing results for November 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7oiX	12935	2024-11-14	2021-05-12	3.6	3.76	—	3.7	0.007	1.08	0.0	0.06	17.88	0.01	2.133	8.89	0.97	3.5	96.5	0.0	-1.19	0.58	0.74	1.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.18	—	—	—	2.11	5869	716	5	0	17	0	0	logfile
✘	7Mo9	23921	2024-11-16	2021-05-01	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9755	1247	4	0	6	0	0	logfile
✘	7Mo7	23919	2024-11-19	2021-05-01	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18135	2329	5	0	6	0	0	logfile
✘	7MoA	23922	2024-11-17	2021-05-01	4.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12511	1580	5	0	12	0	0	logfile
✘	7Mo8	23920	2024-11-16	2021-05-01	4.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9877	1250	3	0	6	0	0	logfile
✘	7MLZ	23914	2024-11-14	2021-04-29	3.71	4.27	3.83	3.9	0.004	0.82	0.0	0.05	14.73	0.01	2.150	18.13	0.00	17.4	82.5	0.2	-4.08	0.80	0.62	1.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4864	624	4	0	5	0	0	logfile
✘	7MKM	23899	2024-11-14	2021-04-24	3.16	2.47	—	2.2	0.003	0.79	0.0	0.05	13.04	0.01	2.177	7.69	0.00	2.8	97.2	0.0	-1.30	0.52	0.58	1.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3192	406	4	0	1	0	0	logfile
✘	7MiL	23855	2024-11-20	2021-04-17	3.86	3.21	—	3.2	0.007	1.17	0.0	0.05	13.07	0.01	2.304	2.86	0.68	4.4	95.4	0.2	-5.90	0.75	0.77	2.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21753	2624	8	0	9	0	0	logfile
✘	7Mi3	23838	2024-11-16	2021-04-16	3.5	3.72	3.45	3.6	0.012	1.47	0.0	0.08	13.20	0.01	1.978	5.17	1.94	6.8	92.8	0.3	-1.80	0.85	0.86	3.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9682	1192	2	0	4	0	0	logfile
✘	7MHS	23835	2024-11-20	2021-04-15	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21148	2652	11	0	48	0	0	logfile
✘	7MEP	23801	2024-11-20	2021-04-07	3.5	3.58	3.45	3.5	0.024	1.74	0.0	0.14	11.26	0.01	2.293	0.94	0.00	1.5	98.5	0.0	0.77	0.71	0.85	3.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21636	2596	35	0	90	0	0	logfile
✘	7MD4	23766	2024-11-17	2021-04-03	4.5	5.44	4.85	4.5	0.020	1.36	0.0	0.06	10.20	0.01	1.500	19.53	0.06	9.4	90.1	0.5	-3.06	0.84	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13913	1720	12	0	0	0	0	logfile
✘	7EK1	31165	2024-11-19	2021-04-03	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.75	—	—	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53500	6720	20	0	0	0	0	logfile
✘	7NV0	12601	2024-11-16	2021-03-15	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9928	1180	7	53	1	0	0	logfile
✘	7M1P	23617	2024-11-17	2021-03-14	3.6	3.93	—	3.9	0.003	0.61	0.0	0.04	15.82	0.00	2.226	8.07	0.00	9.4	90.4	0.2	-0.96	0.68	0.74	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13511	1938	5	0	13	1	0	logfile
✘	7LYT	23601	2024-11-18	2021-03-08	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14354	712	6	92	6	0	6722	logfile
✘	7LYC	23592	2024-11-19	2021-03-06	2.94	3.08	2.92	3.1	0.006	0.65	0.0	0.04	25.82	0.00	1.314	6.99	0.10	2.2	97.8	0.0	-0.02	0.73	0.82	3.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15475	1188	12	293	0	0	0	logfile
✘	7LX2	23564	2024-11-19	2021-03-03	3.12	3.60	—	3.5	0.021	1.72	3.0	0.10	13.14	0.01	2.211	1.58	0.15	1.2	98.8	0.0	0.73	0.79	0.83	3.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20196	2322	54	0	144	0	0	logfile
✘	7NNU	12484	2024-11-14	2021-02-25	2.7	2.67	2.73	2.8	0.007	0.79	0.0	0.05	14.02	0.01	2.251	4.56	0.00	2.1	97.9	0.0	-0.65	0.68	0.87	3.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7724	982	8	0	0	35	0	logfile
✘	7NKQ	12446	2024-11-16	2021-02-18	2.98	3.25	—	3.1	0.004	0.49	0.0	0.04	13.52	0.00	2.018	7.16	0.00	2.7	97.3	0.0	1.39	0.81	0.81	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10621	714	8	0	0	0	5312	logfile

• ← previous
• Page 27 of 38
• next →