Table showing results for November 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7NAX	12251	2024-11-19	2021-01-25	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	51345	2342	22	1526	182	0	0	logfile
✘	7LH2	23334	2024-11-16	2021-01-21	3.43	4.01	—	3.9	0.003	0.56	0.0	0.04	13.02	0.00	2.030	7.06	0.18	2.7	97.3	0.0	0.96	0.66	0.82	1.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10528	1360	4	0	4	0	0	logfile
✘	7DXi	30910	2024-11-14	2021-01-19	3.53	3.60	—	3.6	0.006	1.30	0.0	0.06	15.06	0.01	1.468	4.71	0.30	13.9	85.5	0.6	-5.04	0.73	0.81	3.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6130	742	4	0	2	0	0	logfile
✘	7BH9	12187	2024-11-14	2021-01-11	2.9	3.58	2.91	3.4	0.007	0.77	0.0	0.05	13.18	0.00	2.021	5.17	0.33	4.9	95.1	0.0	-3.10	0.85	0.88	3.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5876	730	3	0	4	0	0	logfile
✘	7LBG	23254	2024-11-17	2021-01-07	2.6	2.98	—	2.9	0.003	0.58	0.0	0.04	12.95	0.01	2.085	3.18	0.00	3.5	96.5	0.0	0.44	0.79	0.85	4.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14586	1788	13	0	26	0	0	logfile
✘	7LB8	23251	2024-11-16	2021-01-07	3.4	3.48	—	3.5	0.002	0.62	1.0	0.04	14.95	0.00	2.093	9.76	2.66	4.7	95.0	0.3	-1.98	0.58	0.72	1.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10439	1405	4	0	0	0	0	logfile
✘	7DTV	30855	2024-11-16	2021-01-06	3.5	3.53	—	3.5	0.008	0.94	0.0	0.07	14.96	0.01	2.189	5.29	0.00	9.8	90.1	0.1	-4.67	0.75	0.83	2.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11276	1560	10	0	22	0	0	logfile
✘	7L8Y	23240	2024-11-18	2021-01-01	4.2	4.30	4.00	4.2	0.021	1.67	1.0	0.14	11.27	0.02	2.188	2.09	0.00	2.4	97.6	0.0	1.02	0.71	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15903	1739	27	0	292	0	0	logfile
✘	7L1U	23118	2024-11-15	2020-12-15	3.2	3.71	—	3.7	0.011	1.00	0.0	0.06	13.51	0.01	2.202	3.03	0.78	3.6	96.4	0.0	-3.21	0.67	0.85	3.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8723	1148	7	0	1	0	0	logfile
✘	7DNY	30790	2024-11-15	2020-12-11	3.4	4.13	—	4.0	0.009	1.25	1.0	0.07	15.29	0.01	2.203	9.38	1.04	5.4	94.6	0.0	-1.83	0.56	0.74	1.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9221	1146	4	0	6	0	0	logfile
✘	7KZo	23084	2024-11-20	2020-12-10	3.3	2.88	—	3.3	0.005	0.86	1.0	0.05	15.08	0.01	0.399	14.01	0.29	4.0	96.0	0.0	-1.81	0.77	0.76	2.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	54110	6873	34	8	14	0	0	logfile
✘	7KZZ	23093	2024-11-20	2020-12-10	3.42	3.96	3.42	3.9	0.015	2.40	30.0	0.13	16.85	0.03	1.701	2.40	3.85	12.1	84.7	3.2	-4.38	0.72	0.77	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20864	1364	8	0	8	0	10404	logfile
✘	7KY9	23072	2024-11-16	2020-12-07	4.05	4.67	—	4.5	0.004	1.14	0.0	0.05	14.17	0.00	2.206	15.79	0.00	8.3	91.7	0.0	-1.25	0.67	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10354	1275	7	0	14	0	0	logfile
✘	7KU5	23034	2024-11-13	2020-11-24	3.76	3.63	—	3.9	0.006	1.29	0.0	0.07	14.85	0.01	2.420	3.63	0.00	12.8	87.2	0.0	-5.41	0.23	0.65	-0.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	750	88	2	0	4	0	0	logfile
✘	7KR5	23002	2024-11-16	2020-11-18	3.3	3.93	—	3.9	0.004	0.57	0.0	0.04	12.42	0.00	2.197	12.00	0.77	5.0	95.0	0.0	-0.04	0.59	0.75	2.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10534	1438	13	0	1	0	0	logfile
✘	7DH5	30678	2024-11-14	2020-11-12	3.16	3.27	3.08	3.3	0.008	0.80	0.0	0.05	14.10	0.00	2.005	10.57	0.00	5.6	94.4	0.0	-3.78	0.66	0.81	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7850	1027	6	0	1	0	0	logfile
✘	7KJV	22899	2024-11-15	2020-10-26	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8361	941	5	44	2	0	0	logfile
✘	7KJX	22901	2024-11-15	2020-10-26	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8589	948	5	44	2	0	0	logfile
✘	7KJW	22900	2024-11-15	2020-10-26	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8561	949	5	44	2	0	0	logfile
✘	7ARM	11887	2024-11-16	2020-10-25	3.6	3.73	—	3.7	0.003	0.70	0.0	0.05	13.16	0.01	2.328	2.77	0.17	4.8	95.2	0.0	-5.79	0.68	0.72	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10971	1438	7	0	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 28 of 38
• next →