Table showing results for November 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7KZo	23084	2024-11-20	2020-12-10	3.3	2.88	—	3.3	0.005	0.86	1.0	0.05	15.08	0.01	0.399	14.01	0.29	4.0	96.0	0.0	-1.81	0.77	0.76	2.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	54110	6873	34	8	14	0	0	logfile
✘	7KY9	23072	2024-11-16	2020-12-07	4.05	4.67	—	4.5	0.004	1.14	0.0	0.05	14.17	0.00	2.206	15.79	0.00	8.3	91.7	0.0	-1.25	0.67	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10354	1275	7	0	14	0	0	logfile
✘	7KU5	23034	2024-11-13	2020-11-24	3.76	3.63	—	3.9	0.006	1.29	0.0	0.07	14.85	0.01	2.420	3.63	0.00	12.8	87.2	0.0	-5.41	0.23	0.65	-0.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	750	88	2	0	4	0	0	logfile
✘	7KR5	23002	2024-11-16	2020-11-18	3.3	3.93	—	3.9	0.004	0.57	0.0	0.04	12.42	0.00	2.197	12.00	0.77	5.0	95.0	0.0	-0.04	0.59	0.75	2.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10534	1438	13	0	1	0	0	logfile
✘	7DH5	30678	2024-11-14	2020-11-12	3.16	3.27	3.08	3.3	0.008	0.80	0.0	0.05	14.10	0.00	2.005	10.57	0.00	5.6	94.4	0.0	-3.78	0.66	0.81	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7850	1027	6	0	1	0	0	logfile
✘	7KJW	22900	2024-11-15	2020-10-26	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8561	949	5	44	2	0	0	logfile
✘	7KJX	22901	2024-11-15	2020-10-26	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8589	948	5	44	2	0	0	logfile
✘	7KJV	22899	2024-11-15	2020-10-26	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8361	941	5	44	2	0	0	logfile
✘	7ARM	11887	2024-11-16	2020-10-25	3.6	3.73	—	3.7	0.003	0.70	0.0	0.05	13.16	0.01	2.328	2.77	0.17	4.8	95.2	0.0	-5.79	0.68	0.72	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10971	1438	7	0	2	0	0	logfile
✘	7KEJ	22839	2024-11-17	2020-10-11	3.8	3.55	—	3.6	0.021	1.73	0.0	0.11	11.82	0.01	1.201	0.59	0.00	0.4	99.6	0.0	1.20	0.82	0.84	4.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13806	1740	18	0	24	0	0	logfile
✘	7KDV	22830	2024-11-19	2020-10-09	4.59	8.08	5.28	6.0	0.005	0.85	0.0	0.05	13.45	0.01	2.109	12.96	0.98	5.4	94.2	0.4	-1.39	0.88	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	51696	6312	42	0	72	0	0	logfile
✘	7KDP	22828	2024-11-18	2020-10-09	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15844	1914	6	0	34	0	0	logfile
✘	7KC0	22803	2024-11-19	2020-10-04	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19553	2334	10	47	4	0	0	logfile
✘	7KBB	22788	2024-11-15	2020-10-01	4.02	2.37	4.07	2.0	0.006	1.16	0.0	0.06	14.88	0.01	2.073	14.81	1.58	5.4	94.1	0.5	-1.59	0.57	0.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6422	812	7	0	0	0	0	logfile
✘	7Aio	11800	2024-11-17	2020-09-28	3.31	4.02	3.39	3.9	0.006	0.79	0.0	0.11	13.63	0.01	2.205	9.35	0.83	2.9	97.0	0.1	-1.55	0.68	0.75	1.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13915	1819	6	0	8	0	0	logfile
✘	7AiP	11801	2024-11-17	2020-09-28	3.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13535	1734	10	0	14	4	0	logfile
✘	7AFK	11768	2024-11-19	2020-09-19	4.9	5.45	4.72	3.0	0.007	0.89	1.0	0.05	23.87	0.00	1.519	42.37	0.00	8.4	91.6	0.0	-2.88	0.87	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18521	1108	11	456	13	0	0	logfile
✘	7AF3	11751	2024-11-19	2020-09-19	2.82	3.14	2.89	3.0	0.009	0.87	3.0	0.05	21.22	0.00	1.884	7.81	0.87	2.6	97.4	0.0	-0.44	0.82	0.88	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18580	1111	11	456	52	0	0	logfile
✘	7AFA	11758	2024-11-19	2020-09-19	2.95	3.82	2.97	2.9	0.007	0.81	6.0	0.05	21.50	0.00	1.456	11.42	0.00	2.9	97.1	0.0	-1.10	0.86	0.88	1.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18482	1101	11	456	26	0	0	logfile
✘	7AFD	11761	2024-11-19	2020-09-19	3.44	4.47	3.35	2.4	0.009	0.90	3.0	0.05	22.74	0.00	1.850	29.99	0.00	6.2	93.8	0.0	-2.70	0.89	0.85	0.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18531	1108	12	456	23	0	0	logfile

• ← previous
• Page 29 of 38
• next →