Table showing results for November 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7ADB	11722	2024-11-19	2020-09-14	4.4	7.85	—	4.4	0.003	0.65	0.0	0.04	15.82	0.00	2.026	14.90	4.90	5.3	94.7	0.0	-3.41	0.89	0.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	51330	6331	26	75	18	15	0	logfile
✘	7AD1	11719	2024-11-20	2020-09-14	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.10	—	—	3.51	2.9	0.003	0.59	0.0	0.04	14.64	0.00	2.498	5.12	1.34	3.4	96.6	0.0	0.04	—	0.81	0.87	3.13	21376	2830	16	0	30	0	0	logfile
✘	7K3B	22655	2024-11-19	2020-09-10	3.4	3.49	—	3.4	0.008	0.78	0.0	0.05	15.09	0.00	2.155	8.62	0.00	4.8	95.2	0.0	-0.19	0.82	0.85	3.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19038	2394	24	0	51	0	0	logfile
✘	7D06	30525	2024-11-19	2020-09-09	3.1	3.23	—	3.2	0.012	1.54	0.0	0.06	19.88	0.02	2.021	10.56	4.91	10.4	88.6	1.0	-5.86	0.75	0.85	3.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18328	2374	15	0	12	0	0	logfile
✘	7CZB	30508	2024-11-14	2020-09-07	3.8	4.14	—	4.1	0.005	1.12	0.0	0.06	15.72	0.01	2.360	4.78	0.47	12.5	87.5	0.0	-4.95	0.56	0.80	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6304	776	4	0	0	0	0	logfile
✘	7K0o	22605	2024-11-19	2020-09-04	3.1	3.53	—	3.5	0.006	0.75	0.0	0.05	13.03	0.00	2.161	5.84	0.21	2.6	97.4	0.0	0.95	0.70	0.82	3.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18558	2342	14	0	14	0	0	logfile
✘	7JR9	22444	2024-11-16	2020-08-11	2.95	3.21	—	3.1	0.008	0.82	0.0	0.05	8.26	0.01	2.235	4.11	0.00	3.1	96.9	0.0	-2.53	0.84	0.89	5.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10021	1300	7	0	14	0	0	logfile
✘	7CQ7	30438	2024-11-17	2020-08-08	3.55	3.95	—	4.0	0.008	1.07	0.0	0.06	10.35	0.01	1.915	5.84	0.07	9.3	90.7	0.0	-4.47	0.39	0.42	0.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13810	1766	8	0	9	0	0	logfile
✘	7CP9	30421	2024-11-15	2020-08-06	3.0	3.22	—	3.2	0.007	1.24	0.0	0.04	17.40	0.00	2.183	8.57	7.05	6.5	93.5	0.0	-2.50	0.57	0.74	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8530	1021	16	0	11	0	0	logfile
✘	7JK3	22360	2024-11-20	2020-07-27	3.4	4.04	3.41	3.5	0.005	0.87	0.0	0.05	17.81	0.01	1.709	3.67	0.18	3.1	96.9	0.0	-3.87	0.89	0.87	2.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21661	2528	13	66	8	0	0	logfile
✘	7JK4	22361	2024-11-20	2020-07-27	3.4	3.91	3.47	3.6	0.006	0.95	0.0	0.05	17.94	0.01	2.102	4.61	0.32	4.1	95.9	0.0	-2.88	0.87	0.88	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21717	2531	13	68	8	0	0	logfile
✘	7CKZ	30395	2024-11-17	2020-07-20	3.1	3.23	—	3.2	0.003	0.52	0.0	0.04	14.33	0.00	1.570	22.51	0.93	3.1	96.9	0.0	-3.38	0.59	0.71	2.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8133	1037	6	0	3	0	0	logfile
✘	7CKY	30394	2024-11-17	2020-07-20	3.2	3.28	—	3.3	0.003	0.48	0.0	0.04	14.49	0.00	2.154	17.29	1.51	4.3	95.7	0.0	-2.84	0.46	0.50	0.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8128	1038	6	0	2	0	0	logfile
✘	7JG6	22312	2024-11-19	2020-07-18	3.7	2.39	3.79	2.2	0.008	1.40	0.0	0.00	6.55	0.01	2.433	0.00	0.00	2.9	97.0	0.1	-0.59	0.62	0.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19320	4819	20	0	11	0	0	logfile
✘	6ZS5	11388	2024-11-13	2020-07-15	3.5	4.02	3.66	3.8	0.008	1.09	1.0	0.07	21.40	0.01	2.202	4.52	0.00	4.7	95.3	0.0	-2.98	0.67	0.80	2.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2036	257	4	0	7	0	0	logfile
✘	6XS6	22301	2024-11-19	2020-07-15	3.7	2.21	—	2.2	0.004	0.83	0.0	0.05	14.26	0.01	2.240	4.49	0.00	6.1	93.9	0.0	-1.99	0.57	0.59	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18294	2357	3	0	0	0	0	logfile
✘	7CH0	30367	2024-11-18	2020-07-03	3.7	3.78	—	3.8	0.008	1.11	0.0	0.06	16.22	0.01	1.910	4.94	6.24	10.7	89.0	0.2	-6.21	0.64	0.83	2.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15856	2092	14	0	2	0	0	logfile
✘	6XN4	22267	2024-11-19	2020-07-02	3.35	3.89	—	3.3	0.009	1.24	0.0	0.07	17.20	0.01	2.166	10.06	0.00	10.0	89.8	0.1	-3.52	0.87	0.78	1.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19273	2234	10	65	0	0	0	logfile
✘	6ZJi	11234	2024-11-16	2020-06-29	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.12	—	—	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.71	—	—	—	2.05	10791	1397	4	0	2	0	0	logfile
✘	6XKJ	22219	2024-11-16	2020-06-26	3.54	3.39	—	3.4	0.009	0.83	0.0	0.05	14.92	0.00	2.246	12.86	0.00	2.4	97.6	0.0	0.54	0.62	0.85	1.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11056	1360	16	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 30 of 38
• next →