Table showing results for November 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7JK3	22360	2024-11-20	2020-07-27	3.4	4.04	3.41	3.5	0.005	0.87	0.0	0.05	17.81	0.01	1.709	3.67	0.18	3.1	96.9	0.0	-3.87	0.89	0.87	2.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21661	2528	13	66	8	0	0	logfile
✘	7CKY	30394	2024-11-17	2020-07-20	3.2	3.28	—	3.3	0.003	0.48	0.0	0.04	14.49	0.00	2.154	17.29	1.51	4.3	95.7	0.0	-2.84	0.46	0.50	0.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8128	1038	6	0	2	0	0	logfile
✘	7CKZ	30395	2024-11-17	2020-07-20	3.1	3.23	—	3.2	0.003	0.52	0.0	0.04	14.33	0.00	1.570	22.51	0.93	3.1	96.9	0.0	-3.38	0.59	0.71	2.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8133	1037	6	0	3	0	0	logfile
✘	7JG6	22312	2024-11-19	2020-07-18	3.7	2.39	3.79	2.2	0.008	1.40	0.0	0.00	6.55	0.01	2.433	0.00	0.00	2.9	97.0	0.1	-0.59	0.62	0.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19320	4819	20	0	11	0	0	logfile
✘	6ZS5	11388	2024-11-13	2020-07-15	3.5	4.02	3.66	3.8	0.008	1.09	1.0	0.07	21.40	0.01	2.202	4.52	0.00	4.7	95.3	0.0	-2.98	0.67	0.80	2.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2036	257	4	0	7	0	0	logfile
✘	6XS6	22301	2024-11-19	2020-07-15	3.7	2.21	—	2.2	0.004	0.83	0.0	0.05	14.26	0.01	2.240	4.49	0.00	6.1	93.9	0.0	-1.99	0.57	0.59	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18294	2357	3	0	0	0	0	logfile
✘	7CH0	30367	2024-11-18	2020-07-03	3.7	3.78	—	3.8	0.008	1.11	0.0	0.06	16.22	0.01	1.910	4.94	6.24	10.7	89.0	0.2	-6.21	0.64	0.83	2.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15856	2092	14	0	2	0	0	logfile
✘	6XN4	22267	2024-11-19	2020-07-02	3.35	3.89	—	3.3	0.009	1.24	0.0	0.07	17.20	0.01	2.166	10.06	0.00	10.0	89.8	0.1	-3.52	0.87	0.78	1.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19273	2234	10	65	0	0	0	logfile
✘	6ZJi	11234	2024-11-16	2020-06-29	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.12	—	—	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.71	—	—	—	2.05	10791	1397	4	0	2	0	0	logfile
✘	6XKJ	22219	2024-11-16	2020-06-26	3.54	3.39	—	3.4	0.009	0.83	0.0	0.05	14.92	0.00	2.246	12.86	0.00	2.4	97.6	0.0	0.54	0.62	0.85	1.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11056	1360	16	0	0	0	0	logfile
✘	7CAL	30334	2024-11-17	2020-06-09	3.2	3.36	—	3.3	0.007	1.09	0.0	0.06	14.99	0.01	2.265	2.29	0.00	14.0	85.7	0.2	-6.34	0.71	0.82	3.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14064	1776	8	0	4	0	0	logfile
✘	7CAE	30328	2024-11-17	2020-06-08	3.44	3.81	—	3.7	0.005	0.88	2.0	0.05	14.47	0.00	1.985	13.72	0.43	10.1	89.7	0.2	-5.42	0.73	0.83	2.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13365	1763	5	0	0	0	0	logfile
✘	7C8K	30306	2024-11-15	2020-06-02	3.2	3.18	—	3.1	0.002	0.51	0.0	0.05	13.49	0.00	2.001	4.88	0.00	3.2	96.8	0.0	-1.52	0.82	0.78	2.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4853	596	3	0	6	0	0	logfile
✘	7C8D	30305	2024-11-16	2020-05-29	3.0	2.79	—	2.8	0.003	0.53	0.0	0.04	17.37	0.00	1.998	9.03	6.05	3.6	96.4	0.0	-2.80	0.71	0.76	3.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6359	792	3	0	1	0	0	logfile
✘	6X59	22046	2024-11-17	2020-05-25	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.07	—	—	3.08	3.1	0.005	0.89	2.0	0.04	27.43	0.01	2.049	8.76	2.90	5.2	94.8	0.0	0.74	—	0.86	0.89	2.88	14963	1123	12	290	1	0	0	logfile
✘	6Z3Z	11067	2024-11-14	2020-05-22	3.19	3.90	—	3.6	0.003	0.62	0.0	0.04	13.78	0.00	2.198	8.96	0.31	6.4	93.6	0.0	-0.26	0.62	0.69	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6115	769	2	0	0	0	0	logfile
✘	6Z1F	11028	2024-11-18	2020-05-13	2.86	3.01	—	3.1	0.008	1.33	0.0	0.08	15.60	0.00	1.507	2.78	1.00	3.7	96.2	0.1	-1.92	0.81	0.84	3.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	49815	6255	36	0	25	0	0	logfile
✘	7C2K	30275	2024-11-16	2020-05-07	2.93	3.24	3.00	3.1	0.007	0.67	0.0	0.04	15.54	0.00	2.256	7.20	0.00	4.5	95.5	0.0	-2.91	0.78	0.89	4.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10692	1256	8	31	3	0	0	logfile
✘	6WQ0	21867	2024-11-20	2020-04-28	2.8	2.89	—	2.9	0.007	0.71	0.0	0.04	15.92	0.01	2.210	4.29	0.00	1.6	98.4	0.0	-0.40	0.60	0.90	4.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57467	6026	48	602	0	0	0	logfile
✘	6YTV	10924	2024-11-19	2020-04-24	4.39	3.96	4.35	3.9	0.004	0.78	0.0	0.04	14.56	0.00	2.032	16.16	0.00	6.0	93.5	0.4	-2.08	0.58	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19560	2520	10	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 30 of 38
• next →