Table showing results for November 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7CAL	30334	2024-11-17	2020-06-09	3.2	3.36	—	3.3	0.007	1.09	0.0	0.06	14.99	0.01	2.265	2.29	0.00	14.0	85.7	0.2	-6.34	0.71	0.82	3.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14064	1776	8	0	4	0	0	logfile
✘	7CAE	30328	2024-11-17	2020-06-08	3.44	3.81	—	3.7	0.005	0.88	2.0	0.05	14.47	0.00	1.985	13.72	0.43	10.1	89.7	0.2	-5.42	0.73	0.83	2.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13365	1763	5	0	0	0	0	logfile
✘	7C8K	30306	2024-11-15	2020-06-02	3.2	3.18	—	3.1	0.002	0.51	0.0	0.05	13.49	0.00	2.001	4.88	0.00	3.2	96.8	0.0	-1.52	0.82	0.78	2.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4853	596	3	0	6	0	0	logfile
✘	7C8D	30305	2024-11-16	2020-05-29	3.0	2.79	—	2.8	0.003	0.53	0.0	0.04	17.37	0.00	1.998	9.03	6.05	3.6	96.4	0.0	-2.80	0.71	0.76	3.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6359	792	3	0	1	0	0	logfile
✘	6X59	22046	2024-11-17	2020-05-25	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.07	—	—	3.08	3.1	0.005	0.89	2.0	0.04	27.43	0.01	2.049	8.76	2.90	5.2	94.8	0.0	0.74	—	0.86	0.89	2.88	14963	1123	12	290	1	0	0	logfile
✘	6Z3Z	11067	2024-11-14	2020-05-22	3.19	3.90	—	3.6	0.003	0.62	0.0	0.04	13.78	0.00	2.198	8.96	0.31	6.4	93.6	0.0	-0.26	0.62	0.69	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6115	769	2	0	0	0	0	logfile
✘	6Z1F	11028	2024-11-18	2020-05-13	2.86	3.01	—	3.1	0.008	1.33	0.0	0.08	15.60	0.00	1.507	2.78	1.00	3.7	96.2	0.1	-1.92	0.81	0.84	3.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	49815	6255	36	0	25	0	0	logfile
✘	7C2K	30275	2024-11-16	2020-05-07	2.93	3.24	3.00	3.1	0.007	0.67	0.0	0.04	15.54	0.00	2.256	7.20	0.00	4.5	95.5	0.0	-2.91	0.78	0.89	4.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10692	1256	8	31	3	0	0	logfile
✘	6WQ0	21867	2024-11-20	2020-04-28	2.8	2.89	—	2.9	0.007	0.71	0.0	0.04	15.92	0.01	2.210	4.29	0.00	1.6	98.4	0.0	-0.40	0.60	0.90	4.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57467	6026	48	602	0	0	0	logfile
✘	6YTV	10924	2024-11-19	2020-04-24	4.39	3.96	4.35	3.9	0.004	0.78	0.0	0.04	14.56	0.00	2.032	16.16	0.00	6.0	93.5	0.4	-2.08	0.58	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19560	2520	10	0	0	0	0	logfile
✘	6WKW	21811	2024-11-16	2020-04-17	3.6	3.75	—	3.6	0.017	1.19	0.0	0.06	15.79	0.00	2.066	12.81	0.52	12.6	87.3	0.2	-5.89	0.87	0.91	3.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10037	1319	8	0	4	0	0	logfile
✘	7BW4	30226	2024-11-15	2020-04-13	3.7	3.92	—	3.8	0.004	0.66	1.0	0.05	15.16	0.00	2.078	16.25	1.68	4.3	95.5	0.2	-2.50	0.77	0.77	1.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8605	1078	5	0	2	0	0	logfile
✘	6WJ6	21690	2024-11-20	2020-04-12	2.58	2.50	—	2.7	0.025	2.55	0.0	0.09	18.88	0.01	2.082	12.79	0.00	2.1	97.8	0.1	-3.58	0.69	0.84	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18884	1901	32	0	70	198	0	logfile
✘	6YLF	10837	2024-11-19	2020-04-07	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.02	—	—	—	—	18362	3700	2	0	0	0	0	logfile
✘	7BoX	30135	2024-11-19	2020-03-20	3.8	3.29	—	3.8	0.012	1.46	5.0	0.07	12.93	0.01	2.236	9.53	0.05	8.1	91.5	0.5	-4.94	0.78	0.81	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18618	2334	12	0	0	0	0	logfile
✘	6YBW	10775	2024-11-19	2020-03-18	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52840	3374	30	1248	61	0	0	logfile
✘	6M5R	30090	2024-11-16	2020-03-11	3.5	3.68	—	3.6	0.005	0.77	2.0	0.05	15.65	0.00	2.015	11.54	5.29	9.2	90.7	0.1	-3.65	0.61	0.80	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11055	1440	4	0	2	0	0	logfile
✘	6M4N	30079	2024-11-19	2020-03-07	3.8	4.04	—	3.8	0.009	1.17	0.0	0.06	11.94	0.01	2.164	7.82	0.73	10.9	88.9	0.2	-4.50	0.70	0.81	1.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17836	2254	10	0	2	0	0	logfile
✘	6VXZ	21453	2024-11-17	2020-02-25	3.42	3.56	3.37	3.6	0.011	1.07	0.0	0.06	23.66	0.01	1.959	12.61	2.40	8.1	91.9	0.0	-3.97	0.71	0.81	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13324	1556	8	0	28	0	0	logfile
✘	6M1D	30041	2024-11-20	2020-02-25	4.5	6.53	—	4.6	0.005	1.20	0.0	0.06	18.16	0.01	2.043	20.67	9.51	9.3	89.8	0.9	-5.09	0.69	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21776	2706	4	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 31 of 38
• next →