cryo-EM Re-Refine

Table showing results for November 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	Logfile
✘	9ENP	19837	2024-11-16	2024-03-13	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11552	1338	7	48	4	7	logfile
✘	8YMP	39402	2024-11-15	2024-03-09	2.6	3.14	2.77	3.2	0.008	1.42	12.0	0.09	25.41	0.01	2.057	14.00	37.57	10.6	87.2	2.2	-3.93	0.45	0.50	1.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9570	1184	4	0	2	0	logfile
✘	9AXF	43966	2024-11-20	2024-03-06	3.5	2.15	—	2.9	0.005	0.78	0.0	0.06	13.15	0.00	2.162	5.78	0.00	2.4	97.6	0.0	0.13	0.80	0.80	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21342	2607	15	0	40	0	logfile
✘	9ATP	43832	2024-11-17	2024-02-27	3.5	4.08	3.59	3.8	0.005	0.73	0.0	0.05	15.18	0.01	2.043	15.12	0.21	6.2	93.5	0.3	-1.38	0.75	0.76	2.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13004	1636	6	0	0	0	logfile
✘	9ASo	43821	2024-11-15	2024-02-26	2.9	3.56	2.94	3.1	0.003	0.60	0.0	0.05	17.62	0.00	2.281	3.38	1.04	1.6	98.4	0.0	1.28	0.80	0.66	2.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9426	966	6	71	4	2	logfile
✘	8W2Q	43755	2024-11-20	2024-02-21	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20757	2307	7	82	1	0	logfile
✘	8W2P	43754	2024-11-20	2024-02-20	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20780	2306	9	82	2	5	logfile
✘	8W15	43715	2024-11-20	2024-02-15	2.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.92	—	—	2.90	3.3	0.003	0.62	0.0	0.04	16.60	0.00	2.293	6.92	1.53	2.8	97.2	0.0	2.00	—	0.86	0.87	2.12	21207	2710	2	0	0	0	logfile
✘	8Y8J	39048	2024-11-14	2024-02-06	3.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5069	608	10	0	18	0	logfile
✘	8Y8B	39040	2024-11-14	2024-02-06	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7303	902	14	0	26	0	logfile
✘	8Y7Y	39026	2024-11-14	2024-02-05	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6860	861	13	0	27	0	logfile
✘	8VX6	43609	2024-11-17	2024-02-03	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14984	1085	11	312	0	0	logfile
✘	8VX4	43607	2024-11-14	2024-02-03	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3650	311	3	60	0	0	logfile
✘	8VWS	43595	2024-11-18	2024-02-02	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11907	743	10	294	0	0	logfile
✘	8VWU	43600	2024-11-18	2024-02-02	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12021	757	10	294	0	0	logfile
✘	8VWT	43596	2024-11-18	2024-02-02	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14451	1061	11	294	0	0	logfile
✘	8VWV	43601	2024-11-19	2024-02-02	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14474	1066	11	294	0	0	logfile
✘	8RW5	19543	2024-11-14	2024-02-02	2.94	3.11	2.94	3.1	0.003	0.54	0.0	0.04	15.69	0.00	2.179	5.79	0.29	2.5	97.5	0.0	0.66	0.67	0.85	3.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6753	872	1	0	0	0	logfile
✘	8VTB	43522	2024-11-17	2024-01-26	2.5	3.12	2.49	2.9	0.007	0.92	0.0	0.05	17.21	0.01	2.221	6.86	0.59	1.8	98.2	0.0	1.65	0.74	0.85	3.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13392	1600	8	0	28	0	logfile
✘	8Y2E	38852	2024-11-14	2024-01-25	3.03	3.33	3.15	3.3	0.005	0.61	0.0	0.04	17.53	0.00	2.283	3.56	0.00	4.4	95.6	0.0	1.57	0.65	0.86	3.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4214	528	2	0	3	0	logfile