Table showing results for November 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8XUU	38684	2024-11-14	2024-01-14	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3598	431	3	0	9	0	0	logfile
✘	8RoZ	19408	2024-11-14	2024-01-12	2.7	2.95	2.73	3.0	0.005	0.56	0.0	0.04	17.46	0.00	1.656	5.09	1.06	1.9	98.1	0.0	1.04	0.64	0.85	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6079	751	3	0	0	0	0	logfile
✘	8VLU	43344	2024-11-15	2024-01-12	3.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8596	1096	4	0	9	0	0	logfile
✘	8RoT	19404	2024-11-17	2024-01-12	3.11	3.33	3.13	3.3	0.003	0.59	0.0	0.04	17.09	0.00	2.188	5.32	0.22	2.5	97.5	0.0	1.06	0.76	0.87	2.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13838	1794	2	0	0	0	0	logfile
✘	8VKE	43315	2024-11-14	2024-01-09	3.1	3.35	3.10	3.3	0.003	0.59	0.0	0.04	14.19	0.00	2.103	5.82	0.14	2.6	97.4	0.0	-0.05	0.77	0.85	4.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6652	854	8	0	2	0	0	logfile
✘	8XQ9	38570	2024-11-16	2024-01-04	3.77	2.79	3.79	2.7	0.003	0.71	0.0	0.04	14.17	0.01	2.293	4.12	4.48	2.1	97.9	0.0	-1.10	0.68	0.71	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10672	1366	2	0	0	0	0	logfile
✘	8XoP	38537	2024-11-19	2024-01-02	2.8	3.94	2.89	3.5	0.005	0.69	0.0	0.04	12.47	0.01	2.120	10.63	0.00	2.0	97.9	0.0	1.41	0.85	0.87	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19740	2562	28	0	14	0	0	logfile
✘	8RKV	19284	2024-11-18	2023-12-30	3.11	3.27	3.12	3.2	0.006	0.95	0.0	0.06	22.22	0.01	2.013	5.40	1.94	6.0	94.0	0.0	-1.75	0.59	0.67	2.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16466	1600	12	176	2	0	0	logfile
✘	8VGK	43203	2024-11-20	2023-12-27	2.4	3.44	2.61	3.1	0.005	1.04	0.0	0.06	13.84	0.01	2.099	3.12	0.65	7.0	92.3	0.6	-1.00	0.84	0.81	4.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20567	2672	20	0	0	135	0	logfile
✘	8VGT	43224	2024-11-14	2023-12-27	2.9	3.22	2.90	3.2	0.011	1.30	1.0	0.07	10.51	0.01	2.374	2.03	0.70	3.9	95.6	0.5	-0.41	0.68	0.77	5.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4714	629	4	0	5	0	0	logfile
✘	8VGJ	43202	2024-11-20	2023-12-27	2.5	3.57	2.62	3.1	0.011	1.20	0.0	0.08	13.49	0.01	2.128	3.54	1.57	6.2	93.5	0.3	-1.25	0.86	0.82	3.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20579	2672	21	0	0	99	0	logfile
✘	8XL3	38436	2024-11-20	2023-12-25	3.02	3.27	3.23	3.3	0.010	1.02	0.0	0.06	11.38	0.01	2.212	7.86	1.54	2.8	96.6	0.6	-0.58	0.62	0.72	1.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	54204	7050	18	0	6	0	0	logfile
✘	8RK5	19260	2024-11-17	2023-12-23	4.54	3.79	4.58	3.8	0.003	0.67	0.0	0.04	12.15	0.01	0.400	21.86	0.00	4.5	95.5	0.0	-1.01	0.67	0.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14424	1866	6	0	0	0	0	logfile
✘	8VFZ	43195	2024-11-17	2023-12-22	4.1	4.63	4.39	4.2	0.005	0.68	0.0	0.04	25.93	0.01	2.063	1.78	1.20	2.0	97.7	0.3	3.06	0.82	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14906	984	12	342	0	0	0	logfile
✘	8VFV	43190	2024-11-20	2023-12-22	3.3	3.51	3.33	3.5	0.007	1.20	1.0	0.06	13.91	0.01	1.702	2.86	0.27	2.3	97.7	0.0	1.14	0.69	0.84	3.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.33	—	—	—	3.28	21240	2607	29	0	72	0	0	logfile
✘	8RHG	19175	2024-11-17	2023-12-15	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13897	1650	10	0	26	0	0	logfile
✘	8RH9	19173	2024-11-17	2023-12-15	3.21	3.47	3.25	3.5	0.003	0.64	0.0	0.04	9.29	0.00	2.083	4.71	0.06	2.7	97.3	0.0	1.60	0.65	0.84	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14247	1665	15	0	51	17	0	logfile
✘	8RH8	19172	2024-11-17	2023-12-15	2.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14067	1645	15	0	42	135	0	logfile
✘	8RH2	19166	2024-11-19	2023-12-14	3.12	3.16	3.04	3.2	0.005	0.58	0.0	0.05	14.37	0.01	2.205	7.05	0.05	1.9	98.1	0.0	0.07	0.78	0.86	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19152	2421	9	0	0	0	0	logfile
✘	8REV	19109	2024-11-15	2023-12-12	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7797	898	7	26	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 38
• next →