Table showing results for November 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6PWF	20507	2024-11-17	2019-07-22	4.07	4.13	—	4.1	0.009	1.01	0.0	0.06	26.98	0.01	2.066	6.15	0.11	9.8	90.2	0.0	-6.10	0.64	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15197	1208	11	292	0	0	0	logfile
✘	6PW6	20500	2024-11-18	2019-07-22	4.5	4.56	4.36	4.5	0.022	1.83	0.0	0.11	13.61	0.01	2.200	1.61	0.56	2.7	97.2	0.2	0.50	0.74	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15942	1842	45	0	108	0	0	logfile
✘	6PUT	20481	2024-11-16	2019-07-18	2.9	3.22	2.96	3.2	0.007	0.82	0.0	0.05	19.07	0.01	0.000	5.13	0.20	2.5	97.5	0.0	-3.43	0.73	0.90	4.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10976	1170	28	68	8	308	0	logfile
✘	6S8G	10121	2024-11-16	2019-07-10	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7530	957	7	0	3	0	0	logfile
✘	6PQo	20449	2024-11-20	2019-07-09	2.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.93	—	—	3.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20312	2448	12	0	36	0	0	logfile
✘	6PoD	20412	2024-11-19	2019-07-03	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53637	3427	20	0	25	0	26898	logfile
✘	6Po1	20406	2024-11-19	2019-07-03	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53244	3407	20	0	18	0	26717	logfile
✘	6PM4	20386	2024-11-17	2019-07-01	4.0	5.19	—	4.0	0.007	0.96	0.0	0.05	13.64	0.01	2.022	7.62	0.00	9.9	90.1	0.0	-4.33	0.76	0.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14055	1735	15	0	15	0	0	logfile
✘	6S1M	10080	2024-11-19	2019-06-19	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19726	2399	11	50	3	0	0	logfile
✘	6S1N	10081	2024-11-19	2019-06-19	4.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19726	2399	11	50	3	0	0	logfile
✘	6PBE	20291	2024-11-19	2019-06-13	3.78	4.21	—	4.1	0.006	1.02	0.0	0.05	16.96	0.01	2.248	3.99	1.18	8.2	91.8	0.0	-5.02	0.61	0.77	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19452	2416	8	0	8	0	0	logfile
✘	6PB1	20285	2024-11-15	2019-06-12	2.8	3.39	—	3.4	0.003	0.79	0.0	0.06	9.37	0.01	2.288	4.32	0.00	1.9	98.1	0.0	-2.93	0.56	0.75	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8785	1069	7	0	9	0	0	logfile
✘	6PA7	20281	2024-11-20	2019-06-11	2.94	3.31	—	3.1	0.005	0.80	0.0	0.05	23.62	0.01	2.304	3.72	0.00	3.1	96.9	0.0	-2.99	0.80	0.77	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21019	1770	19	332	3	0	0	logfile
✘	6RUi	10006	2024-11-19	2019-05-28	2.7	2.78	—	2.8	0.010	1.10	1.0	0.06	13.03	0.01	2.098	6.55	0.81	7.3	92.6	0.0	-4.42	0.66	0.73	3.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	51525	6179	21	94	1	0	0	logfile
✘	6RTC	4997	2024-11-19	2019-05-23	3.96	4.05	3.97	4.0	0.007	0.91	0.0	0.05	14.96	0.01	2.295	1.19	0.00	3.9	96.1	0.0	-3.83	0.68	0.80	1.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19374	1242	2	0	0	0	9804	logfile
✘	6RRD	4987	2024-11-19	2019-05-17	3.1	3.17	—	3.1	0.008	1.09	0.0	0.06	12.82	0.01	2.072	6.12	0.40	8.1	91.8	0.0	-4.92	0.72	0.74	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	51631	6179	21	99	1	0	0	logfile
✘	6RQJ	4983	2024-11-18	2019-05-15	3.5	4.14	3.49	3.7	0.006	0.74	0.0	0.11	14.35	0.00	2.041	11.05	0.06	6.9	92.9	0.2	-4.28	0.84	0.75	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14971	1899	6	0	2	0	0	logfile
✘	6RQH	4982	2024-11-19	2019-05-15	3.7	3.79	—	3.8	0.008	1.07	0.0	0.06	13.22	0.01	2.036	8.11	0.58	10.5	89.3	0.1	-5.22	0.67	0.68	1.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	50851	6151	20	78	0	0	0	logfile
✘	6oVH	20212	2024-11-16	2019-05-07	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10895	1272	36	0	68	171	0	logfile
✘	6RKV	4912	2024-11-18	2019-04-30	4.6	4.86	—	4.5	0.002	0.53	0.0	0.04	13.18	0.00	2.207	7.23	0.00	5.3	94.7	0.0	-1.73	0.87	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15460	1784	8	64	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 33 of 38
• next →