Table showing results for November 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6RJU	4906	2024-11-13	2019-04-29	3.2	4.49	2.14	10.0	0.007	0.94	0.0	0.05	15.36	0.00	2.423	4.52	0.00	11.6	88.4	0.0	-7.10	0.22	-0.01	-0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1992	131	1	0	0	0	997	logfile
✘	6JXA	9892	2024-11-17	2019-04-23	4.3	4.65	—	4.2	0.017	1.81	3.0	0.10	9.08	0.01	1.926	29.72	2.04	12.2	79.3	8.5	-2.72	0.49	0.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14100	2244	1	0	0	0	0	logfile
✘	6oo3	20143	2024-11-19	2019-04-22	2.9	3.02	2.79	3.0	0.014	1.22	0.0	0.06	10.95	0.01	2.495	2.15	0.00	3.1	96.9	0.0	-2.84	0.68	0.85	4.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18236	2404	8	0	4	0	0	logfile
✘	6oMB	20124	2024-11-20	2019-04-18	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21815	2775	11	0	48	0	0	logfile
✘	6RD8	4809	2024-11-18	2019-04-12	3.08	3.22	3.08	3.2	0.008	0.90	0.0	0.05	14.78	0.01	1.790	6.40	0.45	2.3	97.5	0.1	-2.59	0.58	0.86	3.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17312	2309	26	0	1	18	0	logfile
✘	6RDZ	4836	2024-11-19	2019-04-12	3.5	3.36	—	3.4	0.009	0.96	1.0	0.06	15.00	0.01	1.846	6.04	0.43	5.4	94.4	0.2	-4.22	0.69	0.82	2.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53720	7099	37	0	11	0	0	logfile
✘	6REC	4849	2024-11-19	2019-04-12	3.3	3.39	3.31	3.3	0.011	1.02	0.0	0.06	14.48	0.01	2.140	5.40	0.37	4.8	95.1	0.1	-3.95	0.66	0.81	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53756	7104	37	0	11	0	0	logfile
✘	6RB9	4789	2024-11-17	2019-04-09	3.2	3.30	3.19	3.2	0.010	0.82	0.0	0.05	13.72	0.00	2.049	17.66	1.42	15.9	84.1	0.0	-5.55	0.79	0.84	3.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13391	1736	7	0	0	0	0	logfile
✘	6R94	4768	2024-11-20	2019-04-02	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22443	803	10	290	0	0	10071	logfile
✘	6R7G	4740	2024-11-20	2019-03-28	2.2	2.28	—	2.3	0.006	0.85	0.0	0.05	14.94	0.01	1.880	1.89	3.05	4.3	95.7	0.0	-2.46	0.58	0.88	6.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22012	2717	27	69	0	92	0	logfile
✘	6oEF	20020	2024-11-19	2019-03-27	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3.8	0.006	1.19	0.0	0.05	5.93	0.00	2.354	3.29	0.00	0.0	0.0	0.0	—	—	0.49	0.80	—	51240	0	14	0	10248	0	0	logfile
✘	6oER	20035	2024-11-19	2019-03-27	3.29	3.60	—	3.4	0.007	0.78	0.0	0.05	20.06	0.01	1.709	13.72	0.30	9.5	90.3	0.2	-4.65	0.85	0.84	3.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19482	1952	11	206	6	0	0	logfile
✘	6JMR	9850	2024-11-15	2019-03-13	4.1	4.26	4.05	4.1	0.007	1.06	0.0	0.06	14.10	0.01	2.239	7.77	0.56	7.1	92.8	0.1	-4.05	0.83	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9809	1223	12	0	69	0	0	logfile
✘	6o7T	0644	2024-11-19	2019-03-08	3.2	3.32	—	3.3	0.009	1.25	0.0	0.07	11.38	0.01	2.236	5.28	0.73	3.9	96.0	0.1	-4.18	0.65	0.81	3.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19730	2824	15	0	0	0	0	logfile
✘	6o1N	0593	2024-11-19	2019-02-21	2.9	3.21	—	3.8	0.011	1.37	12.0	0.07	11.02	0.01	1.856	9.13	1.51	6.4	93.1	0.5	-6.01	0.60	0.73	2.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19608	2448	4	0	0	0	0	logfile
✘	6QP6	4611	2024-11-17	2019-02-13	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.74	—	—	2.31	3.3	0.005	0.64	0.0	0.04	16.89	0.01	2.235	7.47	2.40	2.9	97.1	0.0	0.75	—	0.62	0.82	2.11	12330	1482	4	0	8	0	0	logfile
✘	6NY3	8980	2024-11-16	2019-02-10	3.7	4.08	—	4.0	0.009	1.13	0.0	0.06	22.55	0.01	2.251	4.71	0.33	16.9	82.5	0.6	-5.86	0.76	0.84	1.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10214	794	6	164	121	0	0	logfile
✘	6NUR	0520	2024-11-15	2019-02-01	3.1	3.25	3.17	3.3	0.016	1.55	0.0	0.09	10.59	0.01	2.270	2.28	0.52	1.4	98.6	0.0	-0.12	0.64	0.81	4.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8647	1087	5	0	2	0	0	logfile
✘	6J99	9783	2024-11-19	2019-01-22	4.1	4.24	—	4.2	0.008	0.98	1.0	0.05	27.10	0.01	2.204	7.71	0.00	8.0	92.0	0.0	-2.88	0.65	0.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15266	1164	12	289	0	0	0	logfile
✘	6Qi9	4553	2024-11-17	2019-01-18	4.63	4.71	—	4.6	0.007	1.09	0.0	0.06	17.10	0.01	1.993	10.33	0.39	9.0	91.0	0.0	-4.28	0.82	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14559	1879	11	0	5	0	0	logfile

• ← previous
• Page 34 of 38
• next →