Table showing results for November 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6NoG	0468	2024-11-19	2019-01-16	3.9	4.05	4.50	3.9	0.009	1.12	1.0	0.06	26.64	0.01	2.239	6.27	0.84	4.1	95.9	0.0	-1.83	0.84	0.81	0.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14929	1124	12	292	0	0	0	logfile
✘	6J51	0676	2024-11-18	2019-01-10	4.2	4.46	—	3.0	0.009	1.21	3.0	0.07	19.23	0.01	1.661	7.35	0.74	4.3	95.0	0.7	-1.68	0.74	0.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	47661	5122	36	337	11	0	0	logfile
✘	6NJP	9391	2024-11-19	2019-01-03	3.29	3.37	—	3.3	0.009	1.17	0.0	0.07	11.57	0.01	1.276	6.11	0.67	6.4	93.6	0.0	-4.04	0.81	0.83	3.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19607	2530	15	0	12	21	0	logfile
✘	6QCM	4508	2024-11-19	2018-12-28	4.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-6.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52697	6998	60	0	0	0	0	logfile
✘	6NDY	0443	2024-11-17	2018-12-14	3.6	3.70	—	3.6	0.005	0.89	0.0	0.05	14.71	0.01	2.037	4.67	0.00	5.9	94.1	0.0	-3.78	0.66	0.54	0.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12531	1596	12	0	20	0	0	logfile
✘	6N9U	0379	2024-11-15	2018-12-04	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8822	1063	7	18	4	0	0	logfile
✘	6N9V	0380	2024-11-20	2018-12-04	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21526	2651	15	33	14	0	0	logfile
✘	6N9W	0381	2024-11-19	2018-12-04	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19576	2410	15	30	12	0	0	logfile
✘	6N9X	0382	2024-11-19	2018-12-04	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19658	2419	14	31	12	0	0	logfile
✘	6N7W	0365	2024-11-15	2018-11-28	4.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7837	808	5	70	2	0	0	logfile
✘	6N7H	0356	2024-11-19	2018-11-27	3.6	3.75	—	3.7	0.010	1.32	0.0	0.07	14.94	0.01	2.008	8.78	1.35	12.3	87.1	0.6	-4.46	0.64	0.76	2.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17242	2153	8	0	23	0	0	logfile
✘	6iRS	9721	2024-11-14	2018-11-14	3.3	3.44	—	3.4	0.011	1.36	0.0	0.07	14.19	0.01	2.150	13.11	3.66	8.8	90.3	0.9	-5.69	0.62	0.77	2.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7337	926	7	0	10	0	0	logfile
✘	6ioL	9696	2024-11-18	2018-10-30	3.76	3.62	3.77	3.8	0.005	0.97	0.0	0.06	10.77	0.01	2.201	5.12	0.33	5.6	94.4	0.0	-4.06	0.63	0.80	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	49077	6450	12	0	0	0	0	logfile
✘	6MKS	9137	2024-11-20	2018-09-26	3.4	3.28	—	3.2	0.012	1.00	0.0	0.07	9.70	0.00	2.367	2.20	0.00	1.1	98.9	0.0	-1.30	0.74	0.83	1.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22754	2790	31	0	0	0	0	logfile
✘	6iFZ	9659	2024-11-19	2018-09-21	3.58	3.57	—	3.5	0.008	1.15	2.0	0.07	17.37	0.01	1.258	12.63	0.96	10.7	88.8	0.5	-5.16	0.72	0.80	2.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19185	2254	11	62	1	0	0	logfile
✘	6iFU	9657	2024-11-19	2018-09-21	3.05	3.12	—	3.1	0.012	1.40	0.0	0.08	14.86	0.01	2.207	7.65	1.42	13.9	85.4	0.7	-4.96	0.67	0.80	3.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18750	2201	10	62	0	0	0	logfile
✘	6iFK	9653	2024-11-19	2018-09-20	3.2	3.32	—	3.3	0.009	1.20	1.0	0.06	14.75	0.01	2.046	6.33	1.01	10.7	89.0	0.3	-4.87	0.74	0.82	3.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19448	2256	11	67	5	0	0	logfile
✘	6E0P	8949	2024-11-18	2018-07-06	2.6	2.80	2.51	2.7	0.007	0.85	0.0	0.05	25.47	0.01	2.253	2.30	0.00	4.8	95.2	0.0	-2.18	0.79	0.86	4.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15567	1220	12	290	0	0	0	logfile
✘	6GYU	0097	2024-11-19	2018-07-02	3.0	3.35	—	3.3	0.005	0.94	0.0	0.05	10.80	0.01	1.349	6.02	0.74	6.4	93.4	0.3	-4.30	0.70	0.73	3.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18159	2193	6	0	2	0	0	logfile
✘	6DMR	7965	2024-11-19	2018-06-05	3.9	4.25	—	4.2	0.005	0.91	0.0	0.05	10.34	0.01	2.280	3.75	0.00	4.2	95.8	0.0	-4.22	0.62	0.70	1.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19412	2424	4	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 35 of 38
• next →