Table showing results for November 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6DBU	7850	2024-11-18	2018-05-03	3.9	4.03	—	3.9	0.007	1.20	8.0	0.05	22.11	0.01	1.769	23.39	0.13	8.8	90.9	0.2	-4.17	0.80	0.81	1.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17010	1788	10	136	6	0	0	logfile
✘	6GC7	4382	2024-11-19	2018-04-17	4.3	4.85	—	4.4	0.003	0.67	0.0	0.03	22.57	0.00	2.251	5.08	0.28	5.9	93.9	0.1	-4.27	0.76	0.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	54410	1738	17	1901	0	0	0	logfile
✘	6CUD	7620	2024-11-20	2018-03-25	3.3	3.61	—	3.5	0.007	1.13	0.0	0.06	14.71	0.02	2.049	6.98	1.47	4.4	95.5	0.1	-3.04	0.71	0.83	1.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21028	2816	8	0	12	0	0	logfile
✘	6CoY	7544	2024-11-14	2018-03-13	3.36	3.52	3.38	3.6	0.020	1.43	0.0	0.09	10.54	0.01	2.242	1.72	0.00	2.8	96.7	0.4	-0.30	0.70	0.86	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7156	930	4	0	4	0	0	logfile
✘	6CNo	7539	2024-11-18	2018-03-08	4.7	4.91	—	4.8	0.006	1.03	0.0	0.05	9.24	0.01	1.936	5.57	0.26	3.5	96.5	0.0	-2.70	0.64	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15428	2024	12	0	12	0	0	logfile
✘	6CNA	7529	2024-11-20	2018-03-07	4.6	5.89	—	5.8	0.007	0.93	0.0	0.05	13.75	0.01	2.021	26.55	0.00	9.7	90.1	0.3	-4.80	0.57	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21426	3160	14	0	22	0	0	logfile
✘	5ZCS	6913	2024-11-18	2018-02-20	4.9	5.50	—	6.9	0.003	0.77	0.0	0.05	9.66	0.01	2.281	3.31	0.05	5.6	94.3	0.1	-5.28	0.85	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	49176	6644	10	0	278	0	0	logfile
✘	6C4H	7340	2024-11-18	2018-01-12	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15326	184	8	648	34	0	0	logfile
✘	5YW8	6848	2024-11-19	2017-11-29	4.4	4.51	4.37	4.4	0.005	0.80	4.0	0.05	13.79	0.01	2.030	19.10	8.11	4.4	95.1	0.4	-2.46	0.64	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	50524	6520	16	0	8	0	0	logfile
✘	6BoB	7123	2024-11-19	2017-11-18	3.9	3.98	—	3.9	0.007	1.20	0.0	0.06	11.84	0.01	2.259	7.24	0.76	11.1	88.5	0.3	-4.96	0.58	0.65	1.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19340	2412	4	0	0	0	0	logfile
✘	6BNP	7116	2024-11-20	2017-11-17	4.6	4.61	3.78	4.4	0.015	2.10	24.0	0.11	16.18	0.02	1.814	0.55	1.80	8.3	90.3	1.3	-3.94	0.48	0.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56792	7160	22	0	16	0	0	logfile
✘	5YKG	6833	2024-11-19	2017-10-14	4.57	4.68	4.39	4.4	0.005	0.71	4.0	0.04	13.81	0.01	2.031	13.33	7.90	4.2	95.6	0.1	-2.42	0.73	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	50868	6536	16	0	12	0	0	logfile
✘	6B5V	7058	2024-11-19	2017-09-29	4.8	4.85	—	4.8	0.008	1.23	0.0	0.06	14.29	0.01	2.333	9.06	3.55	5.9	94.1	0.0	-4.79	0.61	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18933	2356	8	0	5	0	0	logfile
✘	6B40	7046	2024-11-18	2017-09-25	4.3	4.48	—	4.4	0.007	1.13	0.0	0.06	16.85	0.01	2.269	8.08	0.00	18.8	81.0	0.2	-5.22	0.76	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16202	1800	14	100	42	0	0	logfile
✘	6B46	7050	2024-11-19	2017-09-25	3.1	3.16	—	3.1	0.006	0.87	0.0	0.05	14.10	0.01	2.296	4.10	0.18	8.5	91.5	0.0	-3.95	0.69	0.82	3.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18344	2308	10	60	0	0	0	logfile
✘	6B45	7049	2024-11-20	2017-09-25	3.5	3.59	—	3.6	0.006	1.05	0.0	0.06	14.88	0.01	2.240	6.43	0.65	12.3	87.6	0.1	-5.05	0.62	0.71	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21547	2879	10	60	0	0	0	logfile
✘	5oYB	3860	2024-11-16	2017-09-08	3.75	3.87	3.90	3.8	0.007	1.18	8.0	0.10	12.85	0.01	1.771	8.87	3.12	7.6	92.4	0.0	-3.98	0.65	0.84	2.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11770	1436	4	0	4	0	0	logfile
✘	5WPV	8883	2024-11-17	2017-08-07	3.59	3.68	—	3.7	0.007	0.91	0.0	0.05	11.02	0.01	2.329	2.66	0.18	3.7	96.3	0.0	-4.61	0.62	0.81	2.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14889	1816	9	0	9	0	0	logfile
✘	5oAF	3773	2024-11-19	2017-06-21	4.06	4.15	—	4.1	0.001	0.47	0.0	0.04	9.13	0.00	2.165	12.39	0.28	2.4	97.6	0.0	-2.75	0.69	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19748	2538	12	0	6	0	0	logfile
✘	5o9G	3765	2024-11-19	2017-06-19	4.8	5.07	4.71	10.4	0.003	0.48	0.0	0.03	22.57	0.00	2.194	7.39	0.36	9.1	90.8	0.1	-4.25	0.51	0.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19681	1610	12	324	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 36 of 38
• next →