Table showing results for November 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	5o9G	3765	2024-11-19	2017-06-19	4.8	5.07	4.71	10.4	0.003	0.48	0.0	0.03	22.57	0.00	2.194	7.39	0.36	9.1	90.8	0.1	-4.25	0.51	0.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19681	1610	12	324	2	0	0	logfile
✘	5W65	8775	2024-11-17	2017-06-16	4.3	4.07	—	3.9	0.009	1.65	79.0	0.10	14.85	0.01	1.089	88.79	4.61	8.9	86.3	4.8	-3.52	0.74	0.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	47308	5599	26	105	60	0	0	logfile
✘	5o5J	3748	2024-11-18	2017-06-02	3.45	3.51	—	3.4	0.008	1.20	0.0	0.05	24.37	0.01	1.740	9.43	11.65	5.4	94.5	0.1	-3.62	0.65	0.87	1.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52163	2406	28	1536	219	0	0	logfile
✘	5NUG	3698	2024-11-17	2017-04-30	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	46232	5840	4	0	10	0	0	logfile
✘	5V4S	8633	2024-11-16	2017-03-10	4.2	7.95	—	4.2	0.012	1.56	20.0	0.14	8.80	0.01	2.352	3.29	0.00	6.6	93.1	0.3	-1.95	0.55	0.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10756	1548	4	0	0	0	0	logfile
✘	5X1G	6701	2024-11-13	2017-01-25	4.5	7.89	—	37.0	0.008	1.42	0.0	0.05	10.05	0.01	2.345	27.78	0.00	6.9	93.1	0.0	-2.75	0.00	0.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	155	31	1	0	0	0	0	logfile
✘	5U4J	8506	2024-11-16	2016-12-04	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11360	524	10	339	0	0	0	logfile
✘	5WQ7	6675	2024-11-20	2016-11-23	3.04	3.17	—	3.1	0.009	1.02	15.0	0.06	11.52	0.01	1.901	26.96	0.49	4.1	95.3	0.6	-2.95	0.70	0.83	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	54480	7080	15	0	0	0	0	logfile
✘	5M3L	3434	2024-11-19	2016-10-15	3.8	2.49	—	3.8	0.013	1.53	7.0	0.08	12.48	0.01	1.442	10.31	0.59	7.4	91.5	1.1	-4.86	0.32	0.76	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19007	2394	27	0	12	0	0	logfile
✘	5LMR	4077	2024-11-20	2016-08-01	4.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55662	2628	29	1609	4	0	0	logfile
✘	5LMU	4080	2024-11-20	2016-08-01	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55195	2550	29	1612	82	0	0	logfile
✘	5LMT	4079	2024-11-20	2016-08-01	4.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55776	2622	31	1612	88	0	0	logfile
✘	5LMQ	4076	2024-11-20	2016-08-01	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55841	2635	29	1612	66	0	0	logfile
✘	5Li4	4052	2024-11-19	2016-07-14	4.2	5.13	—	4.0	0.053	3.07	114.0	0.34	14.44	0.02	0.111	93.07	2.94	14.0	79.1	6.9	-4.32	0.24	0.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20070	2562	6	0	0	0	0	logfile
✘	5LC5	4032	2024-11-19	2016-06-19	4.35	4.47	4.28	4.3	0.009	1.47	18.0	1.11	14.69	0.01	1.587	6.08	3.67	8.6	87.7	3.7	-4.81	0.69	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	51718	5916	60	0	1988	0	0	logfile
✘	5G2X	3331	2024-11-19	2016-04-16	3.8	3.49	—	3.4	0.001	0.32	0.0	0.02	21.03	0.00	2.219	4.36	0.45	19.7	74.4	5.9	-5.72	0.51	0.30	-0.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19072	487	3	704	0	0	0	logfile
✘	3JCF	6551	2024-11-17	2015-12-11	3.8	4.02	—	3.9	0.004	1.03	0.0	0.04	6.81	0.00	2.057	8.41	0.00	4.6	95.4	0.0	-1.63	0.74	0.81	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14228	1745	10	0	13	0	0	logfile
✘	5A7U	3079	2024-11-13	2015-07-10	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	455	27	2	0	1	0	231	logfile
✘	3J9S	6272	2024-11-15	2015-02-19	2.6	3.83	—	3.5	0.020	1.80	0.0	0.12	18.55	0.01	0.216	25.10	6.86	1.3	98.0	0.8	1.97	0.68	0.76	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9813	1191	6	0	15	315	0	logfile
✘	3J5Q	5776	2024-11-19	2013-10-28	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18556	2448	12	0	44	0	292	logfile

• ← previous
• Page 37 of 38
• next →