Table showing results for February 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7XE4	33154	2024-02-15	2022-03-29	3.4	3.88	—	3.8	0.006	0.86	0.0	0.04	15.21	0.01	2.199	8.78	0.45	10.0	89.6	0.4	-2.45	0.71	0.84	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12529	1503	3	0	27	0	0	logfile
✘	7XDL	33151	2024-02-23	2022-03-27	3.08	3.34	3.14	3.3	0.005	0.75	0.0	0.06	13.53	0.00	2.195	7.74	0.56	5.1	94.9	0.1	-0.28	0.77	0.83	3.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38987	4972	30	0	36	0	0	logfile
✘	7UHG	26514	2024-02-18	2022-03-26	3.0	3.13	—	3.1	0.004	0.58	0.0	0.05	16.29	0.00	2.167	7.48	0.09	4.4	95.5	0.1	-1.09	0.60	0.83	2.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20414	2502	11	0	23	0	0	logfile
✘	7UFT	26480	2024-02-21	2022-03-23	2.9	3.31	—	3.2	0.007	0.74	0.0	0.05	13.89	0.00	1.910	6.47	0.94	8.9	91.1	0.0	-3.81	0.74	0.88	3.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32324	4128	8	0	4	0	0	logfile
✘	7UFi	26476	2024-02-17	2022-03-22	3.4	2.59	3.36	3.1	0.013	1.83	0.0	0.08	20.09	0.00	1.645	3.99	11.94	9.1	90.4	0.5	-3.89	0.66	0.70	1.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18319	2177	16	42	7	0	0	logfile
✘	7UEB	26471	2024-02-23	2022-03-21	3.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37570	4006	25	0	106	0	0	logfile
✘	7UEA	26469	2024-02-20	2022-03-21	3.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26313	2793	16	0	77	0	0	logfile
✘	7Z8V	14564	2024-02-17	2022-03-18	2.7	2.20	2.73	1.9	0.003	0.51	0.0	0.04	13.97	0.00	1.989	4.21	0.00	1.7	98.3	0.0	1.51	0.80	0.81	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18313	2417	6	0	3	0	0	logfile
✘	7Z6Q	14528	2024-02-23	2022-03-14	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36557	3956	28	0	91	10	0	logfile
✘	7UB5	26435	2024-02-19	2022-03-14	3.35	3.64	3.34	3.5	0.004	0.67	0.0	0.05	13.35	0.01	2.287	3.61	0.00	3.5	96.5	0.0	-0.85	0.85	0.87	3.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24923	3104	16	0	47	0	0	logfile
✘	7X8A	33056	2024-02-16	2022-03-11	2.8	3.34	2.83	3.2	0.003	0.53	0.0	0.04	15.01	0.00	2.145	9.18	0.00	5.5	94.4	0.1	0.22	0.79	0.83	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16031	1940	4	33	4	0	0	logfile
✘	7Z5J	14522	2024-02-25	2022-03-09	2.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25576	3234	24	0	54	0	0	logfile
✘	7X76	33033	2024-02-15	2022-03-09	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64334	3793	18	168	15	0	31436	logfile
✘	7X6Q	33025	2024-02-15	2022-03-08	4.5	4.41	4.61	4.3	0.009	0.73	0.0	0.06	9.96	0.00	2.197	0.93	0.01	3.2	96.7	0.2	-0.87	0.78	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64472	8440	16	0	0	0	0	logfile
✘	7X6S	33026	2024-02-15	2022-03-08	3.4	4.06	3.56	3.9	0.010	1.44	31.0	0.10	14.71	0.01	1.947	14.25	0.18	15.8	83.8	0.4	-3.97	0.75	0.76	2.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10987	1453	2	0	1	0	0	logfile
✘	7U6V	26381	2024-02-16	2022-03-06	4.1	3.17	4.21	6.8	0.002	0.52	0.0	0.04	13.79	0.00	1.948	13.74	1.57	4.7	95.3	0.0	-0.16	0.64	0.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9997	637	14	0	0	23	4901	logfile
✘	7Z37	14472	2024-02-16	2022-03-01	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7Z2Z	14468	2024-02-24	2022-03-01	3.07	2.65	3.05	2.8	0.006	0.70	0.0	0.05	18.27	0.01	2.161	10.37	1.29	8.7	91.3	0.0	-1.50	0.67	0.78	2.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41670	5116	27	44	32	0	0	logfile
✘	7Z17	14443	2024-02-23	2022-02-24	2.57	2.96	2.68	2.9	0.005	0.53	0.0	0.04	10.98	0.00	1.726	6.80	0.84	2.9	97.1	0.0	1.01	0.72	0.77	3.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37592	2432	14	0	5	0	18669	logfile
✘	7Z18	14444	2024-02-23	2022-02-24	1.98	2.40	2.04	2.3	0.008	0.94	0.0	0.06	15.45	0.01	1.726	3.36	1.19	1.9	98.1	0.0	1.45	0.79	0.82	5.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37659	2432	18	0	10	2	18660	logfile

• ← previous
• Page 17 of 46
• next →