Table showing results for February 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7WFE	32463	2024-02-22	2021-12-26	3.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35123	3216	30	0	205	0	0	logfile
✘	7TBG	25798	2024-02-20	2021-12-22	2.5	2.10	2.44	1.8	0.006	0.76	0.0	0.05	13.03	0.01	2.268	1.89	0.57	3.2	96.8	0.0	0.60	0.75	0.79	4.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19679	1190	6	0	5	20	9858	logfile
✘	7WD7	32433	2024-02-22	2021-12-21	3.5	3.71	—	3.6	0.002	0.60	0.0	0.04	8.23	0.00	2.158	7.78	0.03	4.5	95.4	0.1	-1.98	0.62	0.55	0.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35322	4530	9	0	0	0	0	logfile
✘	7TB8	25794	2024-02-22	2021-12-21	2.83	3.55	2.90	3.1	0.004	0.64	0.0	0.05	13.88	0.00	2.099	7.47	0.03	6.9	92.8	0.3	-1.54	0.82	0.80	2.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33230	4189	23	0	43	0	0	logfile
✘	7WCU	32429	2024-02-13	2021-12-20	3.09	3.27	—	3.2	0.009	1.15	0.0	0.06	13.76	0.01	2.289	6.61	0.29	7.8	92.2	0.0	-2.63	0.61	0.82	3.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3248	416	3	0	0	0	0	logfile
✘	7T9M	25762	2024-02-16	2021-12-19	3.1	4.03	3.21	3.4	0.005	0.88	2.0	0.06	12.80	0.01	2.079	5.13	0.91	4.0	96.0	0.0	0.15	0.70	0.76	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15546	995	5	0	5	0	7719	logfile
✘	7T92	25750	2024-02-18	2021-12-17	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18777	1159	8	0	25	0	9156	logfile
✘	7QiX	14002	2024-02-20	2021-12-16	2.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	83517	2911	42	1110	81	570	35777	logfile
✘	7T6X	25730	2024-02-14	2021-12-14	3.83	4.14	3.83	4.0	0.022	1.97	0.0	0.13	15.96	0.02	1.505	3.89	0.00	3.8	96.1	0.1	-0.16	0.77	0.82	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9217	1140	19	0	37	0	0	logfile
✘	7T6L	25718	2024-02-17	2021-12-14	3.7	4.01	—	3.9	0.007	1.18	0.0	0.07	15.11	0.01	2.245	5.37	0.00	4.8	95.2	0.0	-4.03	0.68	0.82	1.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19412	2424	4	0	0	0	0	logfile
✘	7QHM	13976	2024-02-22	2021-12-13	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	94633	5886	67	0	88	416	45103	logfile
✘	7QHo	13977	2024-02-21	2021-12-13	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	93446	5870	54	0	78	10	44952	logfile
✘	7W7F	32343	2024-02-15	2021-12-04	3.35	3.74	—	3.7	0.015	1.03	0.0	0.07	18.83	0.01	2.144	13.75	0.31	8.1	91.6	0.3	-1.42	0.42	0.74	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11987	1424	7	0	29	0	0	logfile
✘	7W5B	32321	2024-02-13	2021-11-29	4.3	4.80	—	4.3	0.012	1.56	60.0	0.10	16.06	0.01	1.346	16.34	2.51	5.8	93.5	0.7	-3.06	0.65	0.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	106538	14610	62	416	19	0	0	logfile
✘	7W5A	32319	2024-02-21	2021-11-29	3.6	3.89	—	3.6	0.012	1.64	129.0	0.11	16.70	0.01	1.346	18.76	3.67	6.0	93.3	0.8	-2.96	0.66	0.62	1.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	96822	12633	61	416	19	0	0	logfile
✘	7W59	32317	2024-02-21	2021-11-29	3.6	3.96	—	3.6	0.013	1.67	139.0	0.11	16.71	0.01	1.346	16.10	3.80	5.6	93.7	0.7	-2.96	0.66	0.63	1.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	92315	12086	56	416	18	0	0	logfile
✘	7SXW	25508	2024-02-19	2021-11-24	2.85	3.59	—	2.9	0.005	0.76	0.0	0.05	12.80	0.01	2.290	2.27	0.00	2.8	97.2	0.0	-0.63	0.83	0.80	2.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25242	3120	24	0	60	0	0	logfile
✘	7SXU	25506	2024-02-19	2021-11-24	3.0	3.77	—	3.3	0.005	0.76	0.0	0.05	12.88	0.01	2.284	2.37	0.00	2.8	97.2	0.0	-0.63	0.82	0.80	2.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25248	3120	24	0	60	0	0	logfile
✘	7SY3	25515	2024-02-20	2021-11-24	2.95	3.95	—	3.2	0.005	0.82	0.0	0.06	13.04	0.01	2.278	2.67	0.00	1.9	98.1	0.0	-0.06	0.84	0.82	2.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27001	3321	26	0	62	0	0	logfile
✘	7SXR	25503	2024-02-19	2021-11-24	3.0	3.85	—	3.2	0.005	0.79	0.0	0.06	12.75	0.01	2.287	3.36	0.00	1.9	98.1	0.0	-0.27	0.87	0.84	2.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25236	3120	24	0	60	0	0	logfile

• ← previous
• Page 20 of 46
• next →