Table showing results for February 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7SY0	25512	2024-02-13	2021-11-24	3.0	3.75	—	3.5	0.005	0.84	0.0	0.06	13.35	0.01	2.295	2.42	0.00	1.4	98.6	0.0	-0.49	0.80	0.83	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6553	797	4	0	7	0	0	logfile
✘	7W0M	32244	2024-02-15	2021-11-18	3.71	2.51	3.74	2.2	0.004	0.76	0.0	0.05	14.11	0.00	2.230	11.46	0.00	5.6	94.4	0.0	-1.90	0.73	0.74	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8929	1134	6	0	1	0	0	logfile
✘	7W02	32234	2024-02-15	2021-11-17	3.3	3.44	—	3.4	0.007	0.89	0.0	0.05	15.17	0.00	1.892	7.36	0.23	10.9	89.1	0.1	-3.18	0.68	0.87	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12326	1566	1	0	6	0	0	logfile
✘	7VYH	32205	2024-02-20	2021-11-14	2.9	3.02	—	3.1	0.007	0.74	0.0	0.05	14.62	0.01	2.198	8.58	0.00	3.6	96.3	0.1	0.11	0.75	0.86	3.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27933	3488	27	0	16	0	0	logfile
✘	7VX9	32172	2024-02-24	2021-11-12	4.0	4.30	—	4.2	0.002	0.37	0.0	0.04	7.20	0.00	2.022	12.52	0.00	4.1	95.8	0.1	-2.09	0.63	0.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	46098	3789	4	0	0	0	16250	logfile
✘	7SRR	25402	2024-02-14	2021-11-08	2.9	2.20	—	2.0	0.005	0.67	0.0	0.05	12.70	0.00	2.196	3.95	0.12	3.4	96.6	0.0	0.15	0.80	0.78	3.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8394	1119	5	0	1	0	0	logfile
✘	7SPC	24770	2024-02-21	2021-11-02	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7SPB	24769	2024-02-14	2021-11-02	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7SPi	24771	2024-02-14	2021-11-02	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7Q3L	13793	2024-02-18	2021-10-28	2.21	2.93	2.31	2.6	0.008	1.50	26.0	0.12	15.89	0.01	1.876	2.99	2.50	3.2	96.8	0.0	-1.25	0.81	0.86	3.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20470	2440	16	41	4	180	0	logfile
✘	7Q2Q	13780	2024-02-14	2021-10-26	4.3	3.37	—	3.6	0.010	1.40	0.0	0.08	12.77	0.01	1.166	18.08	0.00	8.5	90.7	0.8	-4.23	0.58	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62377	7497	98	147	0	0	0	logfile
✘	7SJ0	25149	2024-02-13	2021-10-15	3.36	3.33	3.46	3.7	0.003	0.66	0.0	0.05	12.81	0.00	2.225	4.12	0.00	5.9	94.1	0.0	-1.98	0.69	0.79	3.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3590	452	4	0	5	0	0	logfile
✘	7VoR	32058	2024-02-24	2021-10-14	2.74	2.87	—	2.8	0.007	0.96	0.0	0.04	15.58	0.00	2.138	8.41	0.37	1.8	98.2	0.0	2.88	0.76	0.85	3.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44980	4614	128	0	148	0	0	logfile
✘	7PXG	13702	2024-02-20	2021-10-08	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28664	3540	8	0	32	0	0	logfile
✘	7SH2	25122	2024-02-18	2021-10-07	3.23	3.55	—	3.5	0.002	0.56	0.0	0.04	15.29	0.00	2.135	7.83	0.04	4.4	95.6	0.0	0.45	0.69	0.68	1.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20933	2545	15	23	9	0	0	logfile
✘	7PW4	13674	2024-02-17	2021-10-06	3.27	3.69	—	3.5	0.003	0.62	0.0	0.15	14.41	0.00	2.030	4.58	0.00	2.8	97.2	0.0	1.69	0.79	0.82	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18965	2435	5	0	199	0	0	logfile
✘	7SCJ	25036	2024-02-14	2021-09-28	3.4	2.31	2.97	2.0	0.004	0.60	0.0	0.05	14.79	0.01	2.200	9.22	0.00	5.7	94.3	0.0	-0.25	0.75	0.72	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9336	1131	6	2	7	0	0	logfile
✘	7SBF	24978	2024-02-14	2021-09-24	2.9	3.28	—	3.2	0.005	0.65	0.0	0.05	12.82	0.00	2.200	7.87	0.23	3.8	96.1	0.1	-0.02	0.75	0.82	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8525	1119	5	0	1	0	0	logfile
✘	7VGY	31980	2024-02-15	2021-09-20	3.1	3.36	—	3.2	0.005	0.66	0.0	0.05	14.18	0.00	2.194	10.78	0.43	6.7	93.3	0.0	-0.74	0.73	0.81	2.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8748	1121	6	0	2	0	0	logfile
✘	7S8o	24899	2024-02-14	2021-09-18	2.58	2.12	2.59	1.9	0.007	0.72	0.0	0.05	13.52	0.00	2.102	3.18	0.00	5.8	94.2	0.0	0.31	0.81	0.80	4.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8331	1101	6	0	1	0	0	logfile

• ← previous
• Page 21 of 46
• next →