Table showing results for February 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7PQ5	13587	2024-02-14	2021-09-16	3.17	3.58	3.09	3.4	0.005	0.85	0.0	0.05	15.55	0.01	2.255	3.50	2.82	4.5	95.3	0.2	-0.13	0.85	0.87	5.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8512	1047	1	0	0	0	0	logfile
✘	7S6J	24877	2024-02-21	2021-09-14	3.4	3.70	3.47	3.6	0.020	1.80	0.0	0.11	9.98	0.01	2.401	0.72	0.18	4.0	96.0	0.0	0.16	0.80	0.82	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30795	3894	21	0	33	0	0	logfile
✘	7VG2	31963	2024-02-14	2021-09-14	3.1	2.73	—	3.0	0.016	1.43	1.0	0.09	16.55	0.01	1.822	17.56	1.74	8.0	91.8	0.2	-3.84	0.72	0.79	3.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8203	845	4	71	3	0	0	logfile
✘	7S6K	24878	2024-02-21	2021-09-14	3.4	3.64	3.40	3.6	0.020	1.79	0.0	0.11	9.77	0.01	2.392	0.89	0.00	3.4	96.6	0.0	0.43	0.80	0.82	3.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30903	3885	24	0	45	0	0	logfile
✘	7S5V	24840	2024-02-15	2021-09-12	3.3	3.61	—	3.5	0.006	0.88	0.0	0.05	15.54	0.01	2.093	5.38	4.27	5.1	94.9	0.0	-4.70	0.72	0.85	2.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10964	1397	1	0	4	0	0	logfile
✘	7VF9	31948	2024-02-19	2021-09-10	4.04	4.13	—	4.1	0.001	0.38	0.0	0.04	9.65	0.00	2.176	3.71	0.05	1.5	98.5	0.0	-4.44	0.74	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24247	3425	7	0	3	0	0	logfile
✘	7S4L	24830	2024-02-23	2021-09-09	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21153	2556	21	0	36	3	0	logfile
✘	7VD6	31906	2024-02-19	2021-09-06	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23937	1916	31	0	196	13	0	logfile
✘	7VDD	31914	2024-02-15	2021-09-06	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11940	1044	10	0	0	0	3736	logfile
✘	7VD5	31905	2024-02-22	2021-09-06	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	100884	9450	143	0	670	52	0	logfile
✘	7PM8	13524	2024-02-14	2021-09-02	3.5	3.91	3.50	3.4	0.004	0.88	1.0	0.05	15.70	0.01	1.316	6.40	0.09	0.3	99.7	0.0	-1.60	0.90	0.83	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10149	1260	6	0	5	0	0	logfile
✘	7PMA	13526	2024-02-14	2021-09-02	3.6	4.07	3.61	3.5	0.004	0.88	1.0	0.05	15.93	0.01	1.317	6.45	0.09	0.2	99.8	0.0	-1.07	0.90	0.82	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10066	1249	6	0	5	0	0	logfile
✘	7PLS	13499	2024-02-16	2021-09-01	2.49	2.49	—	2.6	0.003	0.58	0.0	0.05	16.35	0.00	2.275	4.66	1.33	5.6	94.4	0.0	0.35	0.74	0.86	5.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14224	1724	12	0	4	52	0	logfile
✘	7PLU	13502	2024-02-19	2021-09-01	3.2	3.11	3.17	3.0	0.005	0.85	4.0	0.05	14.78	0.01	1.314	5.25	0.04	0.1	99.9	0.0	-1.57	0.89	0.82	3.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23288	2906	13	0	9	0	0	logfile
✘	7PM4	13520	2024-02-16	2021-09-01	2.49	2.26	—	2.5	0.003	0.56	0.0	0.04	16.86	0.00	2.237	4.75	1.06	4.9	95.1	0.0	0.76	0.79	0.88	5.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14288	1724	12	0	8	60	0	logfile
✘	7VC4	31888	2024-02-16	2021-09-01	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16311	1046	10	0	0	0	8079	logfile
✘	7VBB	31877	2024-02-22	2021-08-31	2.81	3.06	—	3.2	0.010	1.49	91.0	0.10	16.58	0.01	1.842	28.27	6.12	8.6	91.0	0.4	-3.42	0.59	0.68	1.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33151	4049	20	47	6	0	0	logfile
✘	7PiW	13455	2024-02-29	2021-08-23	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	151508	14859	161	0	703	0	0	logfile
✘	7V7N	31775	2024-02-19	2021-08-21	2.9	3.77	—	3.2	0.005	0.62	0.0	0.05	13.98	0.00	2.171	6.62	0.00	5.4	94.4	0.1	0.11	0.89	0.87	2.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25430	3101	42	0	85	0	0	logfile
✘	7PiJ	13438	2024-02-14	2021-08-20	3.78	4.14	—	4.1	0.015	1.17	0.0	0.05	13.54	0.01	1.166	13.45	0.11	10.6	89.3	0.1	-3.26	0.50	0.53	1.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8194	1068	8	0	0	16	0	logfile

• ← previous
• Page 22 of 46
• next →