Table showing results for February 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7RWC	24714	2024-02-15	2021-08-19	3.8	4.08	3.75	4.0	0.004	0.60	0.0	0.04	12.87	0.00	2.175	8.83	0.09	5.6	94.4	0.1	0.33	0.71	0.72	1.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12110	1705	5	0	8	0	0	logfile
✘	7RWA	24712	2024-02-16	2021-08-19	4.7	5.66	4.89	4.6	0.003	0.89	0.0	0.05	5.84	0.00	1.914	2.65	0.00	5.8	93.7	0.5	-0.12	0.84	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16158	3244	10	0	0	0	0	logfile
✘	7Pi0	13429	2024-02-19	2021-08-19	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	77465	7442	133	0	354	1724	0	logfile
✘	7PHP	13424	2024-02-14	2021-08-18	3.47	3.48	—	3.6	0.017	0.90	0.0	0.05	14.25	0.01	2.182	6.60	0.11	7.0	93.0	0.0	-1.50	0.72	0.83	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8647	1134	8	0	0	21	0	logfile
✘	7RU5	24697	2024-02-20	2021-08-16	3.6	4.35	3.76	3.7	0.020	1.82	0.0	0.12	10.14	0.01	2.413	0.95	0.06	2.9	97.1	0.0	0.47	0.84	0.72	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28673	3611	20	0	40	0	0	logfile
✘	7V2Y	31670	2024-02-18	2021-08-10	3.4	3.56	—	3.5	0.005	0.96	0.0	0.05	16.29	0.01	2.276	3.85	0.34	7.5	92.4	0.1	-6.23	0.69	0.78	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23097	2846	6	0	0	0	0	logfile
✘	7RR8	24655	2024-02-19	2021-08-09	3.51	3.20	3.53	3.1	0.005	0.79	3.0	0.05	14.59	0.00	2.213	7.81	0.12	2.9	97.1	0.0	0.59	0.75	0.85	3.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23929	3075	6	0	26	0	0	logfile
✘	7PE7	13347	2024-02-14	2021-08-09	3.41	3.76	—	3.7	0.002	0.46	0.0	0.04	9.06	0.00	2.205	4.36	0.98	3.3	96.6	0.1	-0.02	0.78	0.80	1.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	58582	7664	16	0	6	0	0	logfile
✘	7PD3	13329	2024-02-13	2021-08-04	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	108076	9276	76	1522	125	0	0	logfile
✘	7PCQ	13325	2024-02-13	2021-08-03	3.62	4.96	3.71	4.1	0.013	1.55	0.0	0.10	13.62	0.01	2.557	1.30	0.78	2.8	97.2	0.0	1.72	0.91	0.78	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7350	911	9	0	4	0	0	logfile
✘	7RMP	24577	2024-02-22	2021-07-28	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32519	4128	12	0	19	41	0	logfile
✘	7RL5	24516	2024-02-18	2021-07-23	3.8	3.61	—	3.8	0.013	2.04	24.0	0.11	16.71	0.02	0.524	3.05	2.05	3.3	96.3	0.4	-1.86	0.40	0.52	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	106032	6708	24	0	24	0	52716	logfile
✘	7RKZ	24511	2024-02-22	2021-07-22	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32610	4126	12	0	16	162	0	logfile
✘	7RJE	24486	2024-02-14	2021-07-20	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57232	3818	24	0	10	0	27924	logfile
✘	7RiG	24479	2024-02-22	2021-07-19	2.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32804	4128	12	0	22	278	0	logfile
✘	7RH6	24456	2024-02-21	2021-07-16	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	90627	5901	42	0	60	0	43188	logfile
✘	7FDi	31544	2024-02-13	2021-07-16	3.12	3.24	—	3.2	0.005	0.64	0.0	0.05	15.54	0.00	2.109	15.52	0.15	3.7	96.3	0.0	-0.19	0.61	0.78	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6403	788	4	0	5	0	0	logfile
✘	7RH7	24457	2024-02-21	2021-07-16	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	93207	6072	44	0	64	0	44381	logfile
✘	7RH5	24455	2024-02-21	2021-07-16	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	93342	6072	44	0	66	0	44380	logfile
✘	7FD8	31536	2024-02-15	2021-07-16	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12152	1528	4	0	6	0	0	logfile

• ← previous
• Page 23 of 46
• next →