Table showing results for February 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7MHS	23835	2024-02-18	2021-04-15	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21148	2652	11	0	48	0	0	logfile
✘	7MGW	23830	2024-02-13	2021-04-13	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6223	765	5	0	18	0	0	logfile
✘	7o4K	12721	2024-02-22	2021-04-06	3.6	3.32	3.45	3.2	0.002	0.46	0.0	0.04	14.04	0.00	2.001	3.39	0.00	2.0	98.0	0.0	1.05	0.64	0.72	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34264	4216	25	20	14	0	0	logfile
✘	7EK1	31165	2024-02-13	2021-04-03	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.75	—	—	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53500	6720	20	0	0	0	0	logfile
✘	7o3E	12705	2024-02-24	2021-04-01	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44039	5417	45	0	34	0	0	logfile
✘	7EJ1	31148	2024-02-18	2021-04-01	3.2	3.37	—	3.3	0.011	1.03	0.0	0.06	16.48	0.01	2.243	6.80	0.00	4.8	95.0	0.1	-5.79	0.83	0.86	3.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21236	2740	12	0	4	0	0	logfile
✘	7M6P	23703	2024-02-16	2021-03-26	3.28	3.97	3.27	3.8	0.008	1.27	5.0	0.08	12.69	0.01	2.293	5.19	0.00	3.1	96.9	0.0	0.26	0.78	0.79	1.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14650	1800	10	0	5	0	0	logfile
✘	7M6Q	23704	2024-02-16	2021-03-26	2.91	3.75	2.97	3.5	0.009	1.16	5.0	0.07	15.90	0.01	2.289	5.71	0.00	3.1	96.9	0.0	-0.39	0.82	0.82	2.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14725	1800	10	0	10	0	0	logfile
✘	7EG0	31103	2024-02-16	2021-03-23	3.4	3.09	—	3.3	0.009	0.78	0.0	0.05	14.94	0.00	1.975	20.60	0.12	13.9	86.0	0.1	-2.98	0.74	0.79	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15246	1878	8	0	8	0	0	logfile
✘	7EFD	31084	2024-02-13	2021-03-21	1.77	1.78	1.82	1.9	0.033	3.16	12.0	0.09	15.32	0.02	0.001	1.61	2.15	1.7	97.5	0.8	-0.54	0.74	0.82	5.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4004	480	4	0	4	156	0	logfile
✘	7M42	23662	2024-02-14	2021-03-19	3.3	3.66	—	3.6	0.002	0.56	0.0	0.04	13.90	0.00	2.128	6.83	1.22	3.5	96.4	0.1	-2.65	0.63	0.65	3.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8115	1070	6	0	3	0	0	logfile
✘	5BKJ	9406	2024-02-17	2021-03-19	3.5	3.68	—	3.7	0.006	0.81	0.0	0.06	15.41	0.00	2.251	5.00	1.09	4.1	95.9	0.0	-3.93	0.69	0.84	2.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16939	2156	16	0	7	4	0	logfile
✘	7M3N	23658	2024-02-13	2021-03-18	2.4	2.15	2.40	1.9	0.005	0.63	0.0	0.04	15.95	0.00	2.168	5.79	4.28	4.3	95.6	0.1	-2.53	0.43	0.82	4.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6004	759	3	0	0	0	0	logfile
✘	7M30	23640	2024-02-15	2021-03-17	3.81	2.76	3.80	2.1	0.005	1.15	0.0	0.07	13.64	0.01	1.711	9.02	0.89	5.3	94.7	0.0	-0.94	0.68	0.56	1.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9191	1167	12	0	2	0	0	logfile
✘	7NWL	12634	2024-02-16	2021-03-17	3.1	3.95	3.38	3.5	0.013	1.48	0.0	0.11	14.02	0.02	1.790	40.24	0.93	1.9	98.0	0.1	0.97	0.80	0.66	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13904	1747	17	0	40	0	0	logfile
✘	7EDA	31062	2024-02-18	2021-03-15	2.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22843	2567	32	0	67	16	0	logfile
✘	7NVL	12605	2024-02-16	2021-03-15	2.5	2.63	2.55	2.6	0.005	0.78	0.0	0.05	16.49	0.00	1.915	8.72	1.56	3.2	96.7	0.0	-2.02	0.60	0.73	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	66477	8626	50	0	48	27	0	logfile
✘	7NVo	12608	2024-02-22	2021-03-15	3.5	3.63	3.31	3.6	0.006	0.85	0.0	0.05	17.64	0.00	1.778	13.26	1.87	7.8	92.0	0.2	-4.70	0.69	0.83	1.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34246	4480	42	0	44	10	0	logfile
✘	7NUR	12600	2024-02-14	2021-03-13	3.125	3.29	—	3.3	0.007	0.77	0.0	0.05	14.31	0.01	2.174	5.26	0.11	7.7	92.0	0.3	-4.11	0.77	0.87	3.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8245	1044	1	0	0	0	0	logfile
✘	7LYA	23590	2024-02-17	2021-03-06	2.91	3.17	2.99	3.2	0.007	0.67	0.0	0.04	27.35	0.00	1.325	3.62	0.16	2.5	97.5	0.0	-1.91	0.70	0.84	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12098	767	10	293	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 26 of 46
• next →