Table showing results for February 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7LGM	23327	2024-02-15	2021-01-20	4.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10954	1438	4	0	2	0	0	logfile
✘	7BL2	12215	2024-02-21	2021-01-18	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7BiN	12192	2024-02-20	2021-01-12	3.2	1.68	3.08	3.1	0.010	0.90	0.0	0.05	15.16	0.01	1.043	16.06	0.04	9.8	90.1	0.1	-0.58	0.53	0.67	1.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	81721	10887	56	0	0	0	0	logfile
✘	7LC6	23269	2024-02-18	2021-01-09	3.7	4.12	3.73	3.9	0.010	1.12	0.0	0.06	12.51	0.01	2.211	5.74	1.51	7.4	92.6	0.0	-2.96	0.71	0.73	1.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21891	1440	7	0	3	4	11106	logfile
✘	7DR2	30823	2024-02-20	2020-12-25	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	89952	8588	76	0	438	0	0	logfile
✘	7L20	23121	2024-02-13	2020-12-15	3.15	3.39	—	3.4	0.007	0.87	0.0	0.05	20.07	0.01	0.505	10.97	0.84	7.3	92.2	0.5	-3.38	0.69	0.79	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	110234	9454	67	1583	171	0	0	logfile
✘	7L1S	23117	2024-02-19	2020-12-15	3.6	2.22	—	2.3	0.011	1.81	37.0	0.12	14.87	0.01	2.011	4.65	4.07	3.3	96.6	0.2	-0.43	0.62	0.68	1.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24176	3118	12	0	11	0	0	logfile
✘	7DNJ	30785	2024-02-15	2020-12-09	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.61	—	—	2.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10926	1369	12	0	0	0	0	logfile
✘	7B5P	12043	2024-02-18	2020-12-05	3.2	3.34	—	3.3	0.009	1.00	1.0	0.06	13.44	0.00	1.894	24.69	1.78	8.9	89.6	1.4	-2.84	0.70	0.83	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22527	3013	3	0	0	0	0	logfile
✘	7B5N	12041	2024-02-14	2020-12-05	3.6	3.39	3.52	3.7	0.007	0.79	0.0	0.05	15.39	0.00	1.998	13.46	0.09	9.3	90.7	0.0	-1.35	0.78	0.81	1.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9965	1229	9	0	10	0	0	logfile
✘	7KUX	23040	2024-02-22	2020-11-25	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35803	3259	40	0	215	45	0	logfile
✘	7B1D	11984	2024-02-15	2020-11-24	3.41	4.29	3.57	3.6	0.004	0.71	0.0	0.05	12.56	0.00	2.197	6.80	0.29	6.2	93.8	0.0	-1.47	0.88	0.82	4.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10967	1505	8	0	12	0	0	logfile
✘	7KSQ	23023	2024-02-23	2020-11-23	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36553	3347	42	0	219	45	0	logfile
✘	7KRR	23011	2024-02-20	2020-11-20	3.5	3.55	—	3.4	0.016	1.97	18.0	0.15	14.46	0.01	1.621	7.32	2.53	7.1	92.1	0.8	-2.17	0.81	0.80	3.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27192	3310	35	0	95	0	0	logfile
✘	7DGR	30674	2024-02-13	2020-11-12	4.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	107305	13811	102	0	37	0	0	logfile
✘	7DFZ	30668	2024-02-13	2020-11-10	3.58	3.82	—	3.8	0.010	0.99	0.0	0.06	15.65	0.03	2.157	18.62	0.00	7.1	92.9	0.0	-3.56	0.63	0.80	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7412	897	7	0	24	0	0	logfile
✘	7KKL	22910	2024-02-13	2020-10-27	2.85	3.36	2.85	3.2	0.020	1.69	0.0	0.12	9.89	0.01	2.377	0.94	0.41	1.5	98.5	0.0	0.96	0.80	0.84	4.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52461	3360	27	0	63	0	25437	logfile
✘	7DCo	30637	2024-02-18	2020-10-26	2.5	2.59	—	2.6	0.010	1.11	8.0	0.08	15.02	0.01	2.079	5.90	1.87	4.4	95.1	0.5	-3.91	0.53	0.65	3.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	129875	15294	91	556	24	1714	0	logfile
✘	7ARJ	11884	2024-02-14	2020-10-25	3.2	3.48	—	3.4	0.005	0.80	0.0	0.05	13.52	0.01	2.312	3.21	0.10	5.0	95.0	0.0	-5.75	0.66	0.74	1.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9601	1262	8	0	6	0	0	logfile
✘	7KiM	22887	2024-02-21	2020-10-23	3.38	4.28	—	3.9	0.008	0.88	1.0	0.05	18.44	0.01	1.482	7.47	7.44	7.3	92.6	0.1	-2.59	0.88	0.85	1.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29573	3572	13	90	4	0	0	logfile

• ← previous
• Page 28 of 46
• next →