cryo-EM Re-Refine

Table showing results for March 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8iE3	35375	2024-03-22	2023-02-15	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	145205	7863	48	3795	0	0	0	logfile
✘	8iES	35392	2024-03-11	2023-02-15	3.73	4.01	3.68	4.0	0.003	1.16	0.0	0.04	13.70	0.00	2.268	5.19	0.00	6.0	94.0	0.0	-3.84	0.60	0.66	0.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7965	1026	2	0	3	0	0	logfile
✘	8iDT	35370	2024-03-24	2023-02-14	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	147681	8155	54	3801	4	0	0	logfile
✘	8iDY	35371	2024-03-28	2023-02-14	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	155910	8949	56	3918	2	0	0	logfile
✘	8G5F	29741	2024-03-21	2023-02-13	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30938	1888	18	0	29	0	15176	logfile
✘	8G5G	29742	2024-03-16	2023-02-13	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15860	1887	19	0	41	0	0	logfile
✘	8G5H	29743	2024-03-16	2023-02-13	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15875	1887	19	0	42	0	0	logfile
✘	8G4N	29727	2024-03-17	2023-02-10	2.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18308	2120	21	0	82	0	0	logfile
✘	8G4X	29733	2024-03-21	2023-02-10	2.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31102	1895	19	0	38	0	15204	logfile
✘	8G4o	29728	2024-03-17	2023-02-10	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17353	2094	20	0	39	0	0	logfile
✘	8iBZ	35350	2024-03-15	2023-02-10	3.04	3.25	3.07	3.1	0.003	0.60	0.0	0.04	23.46	0.00	2.190	9.49	0.29	4.3	95.6	0.1	0.68	0.73	0.74	1.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10273	817	3	180	1	0	0	logfile
✘	8CGV	16652	2024-03-18	2023-02-06	1.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	87899	2819	67	2743	307	6570	0	logfile
✘	8i9G	35270	2024-03-11	2023-02-06	3.2	3.67	3.09	3.6	0.005	0.67	0.0	0.05	16.41	0.00	2.213	4.97	4.97	6.6	93.4	0.0	-3.28	0.72	0.83	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6507	778	9	0	13	0	0	logfile
✘	8CGi	16644	2024-03-17	2023-02-04	1.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17553	841	20	460	43	948	0	logfile
✘	8G1E	29668	2024-03-22	2023-02-02	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32649	4148	12	0	18	90	0	logfile
✘	8G1S	29676	2024-03-20	2023-02-02	3.7	4.04	3.83	3.9	0.003	0.58	0.0	0.04	16.07	0.00	2.004	17.34	1.07	8.3	91.6	0.1	-1.91	0.80	0.81	1.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26788	3172	9	95	1	0	0	logfile
✘	8G1F	29669	2024-03-22	2023-02-02	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32911	4148	12	0	22	253	0	logfile
✘	8G1A	29665	2024-03-16	2023-02-01	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13725	1574	7	0	37	0	0	logfile
✘	8CE7	16600	2024-03-15	2023-02-01	2.7	2.34	2.46	2.7	0.010	1.47	12.0	0.09	13.19	0.01	0.000	16.71	3.33	9.0	91.0	0.0	-3.63	0.44	0.73	6.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10512	1512	24	0	0	0	0	logfile
✘	8i79	35212	2024-03-19	2023-01-31	2.8	3.87	3.00	3.3	0.003	0.57	0.0	0.04	12.36	0.00	2.195	8.33	0.00	3.0	97.0	0.0	1.30	0.88	0.84	3.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16293	2198	10	0	0	0	0	logfile