Table showing results for March 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8i5X	35197	2024-03-16	2023-01-26	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13590	1565	8	0	35	0	0	logfile
✘	8i5Y	35198	2024-03-16	2023-01-26	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13617	1565	9	0	39	6	0	logfile
✘	8FYi	29579	2024-03-16	2023-01-26	3.4	3.73	3.49	3.7	0.005	0.68	0.0	0.05	16.64	0.00	2.200	10.41	0.18	3.2	96.8	0.0	-1.26	0.74	0.87	1.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15364	1844	19	0	56	0	0	logfile
✘	8CBN	16546	2024-03-16	2023-01-25	3.34	3.92	3.27	3.7	0.008	0.72	0.0	0.04	25.79	0.01	0.876	6.35	2.28	4.8	95.2	0.0	-5.72	0.71	0.78	1.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13669	939	12	300	0	0	0	logfile
✘	8i5G	35194	2024-03-16	2023-01-25	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13389	1565	8	0	29	5	0	logfile
✘	8CAM	16530	2024-03-18	2023-01-24	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	86648	2767	65	2724	322	6113	0	logfile
✘	8i5B	35193	2024-03-16	2023-01-24	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13440	1563	8	0	30	0	0	logfile
✘	8CAN	16531	2024-03-15	2023-01-24	1.93	1.75	1.93	1.9	0.002	0.40	0.0	0.04	9.00	0.00	2.041	2.66	0.16	0.9	99.1	0.0	1.63	0.70	0.81	6.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	71225	4104	21	0	27	3170	33930	logfile
✘	8FWK	29511	2024-03-14	2023-01-22	3.5	4.25	3.71	4.0	0.005	1.07	2.0	0.06	12.40	0.01	2.289	13.87	1.29	11.6	87.2	1.2	-4.60	0.66	0.72	0.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9462	1194	2	0	0	0	0	logfile
✘	8C8Q	16491	2024-03-16	2023-01-20	3.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14787	1798	17	0	37	0	0	logfile
✘	8C8H	16476	2024-03-24	2023-01-20	3.84	4.03	3.97	3.9	0.002	0.56	0.0	0.04	14.85	0.01	2.105	7.26	4.29	6.6	93.4	0.0	-3.34	0.82	0.73	1.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41296	4915	27	63	5	61	0	logfile
✘	8BQV	16188	2024-03-11	2023-01-18	2.0	1.96	1.89	1.9	0.008	1.01	0.0	0.07	8.75	0.00	0.000	15.01	0.00	6.8	93.2	0.0	-2.59	0.54	0.77	8.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8595	1155	45	0	105	120	0	logfile
✘	8BQW	16189	2024-03-17	2023-01-18	2.3	2.12	2.14	2.2	0.008	1.14	0.0	0.07	8.96	0.00	0.052	12.77	0.00	9.6	90.4	0.0	-3.78	0.46	0.75	7.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17385	2310	90	0	270	135	0	logfile
✘	8FU6	29453	2024-03-11	2023-01-16	2.9	3.13	2.94	3.2	0.002	0.60	0.0	0.04	12.46	0.00	2.199	3.83	0.00	2.6	97.4	0.0	0.07	0.58	0.80	3.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8834	1112	6	0	0	0	0	logfile
✘	8FRZ	29411	2024-03-17	2023-01-09	2.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16480	1955	10	0	20	0	0	logfile
✘	8FSB	29418	2024-03-17	2023-01-09	2.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16640	1975	10	0	20	0	0	logfile
✘	8HZN	35089	2024-03-15	2023-01-09	3.25	2.62	3.24	3.1	0.002	0.49	0.0	0.04	8.51	0.00	2.182	6.40	3.12	5.2	94.7	0.1	-3.99	0.78	0.77	2.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10200	1330	4	0	2	0	0	logfile
✘	8HZC	35088	2024-03-10	2023-01-08	3.2	3.16	2.79	3.3	0.002	0.51	0.0	0.05	13.53	0.00	2.497	11.14	0.00	11.3	88.7	0.0	-5.03	0.39	0.85	4.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3108	450	6	0	0	0	0	logfile
✘	8C4T	16428	2024-03-15	2023-01-04	3.23	3.32	3.18	3.3	0.003	0.58	2.0	0.05	16.97	0.00	2.148	8.51	0.36	2.9	97.1	0.0	0.76	0.79	0.84	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10459	1268	3	12	1	0	0	logfile
✘	8Foi	29350	2024-03-23	2022-12-30	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35120	2120	21	0	81	0	16834	logfile

• ← previous
• Page 8 of 60
• next →