cryo-EM Re-Refine

Table showing results for June 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8ENo	28275	2024-06-28	2022-09-30	2.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16485	2047	9	0	9	0	0	logfile
✘	8ENM	28273	2024-06-29	2022-09-30	2.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17722	1999	12	0	8	1693	0	logfile
✘	8ENN	28274	2024-06-29	2022-09-30	2.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16749	1974	12	0	9	858	0	logfile
✘	8GY3	34369	2024-06-26	2022-09-21	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10320	1326	6	0	7	0	0	logfile
✘	8B4o	15851	2024-06-25	2022-09-20	2.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6156	772	2	0	3	0	0	logfile
✘	8B3o	15831	2024-06-30	2022-09-16	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8EEU	28058	2024-06-29	2022-09-07	3.5	2.35	3.42	2.2	0.012	0.94	0.0	0.05	9.27	0.01	1.997	4.04	0.05	10.9	88.9	0.2	-4.71	0.69	0.74	3.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19127	2471	8	0	0	0	0	logfile
✘	8AZS	15770	2024-06-26	2022-09-06	2.9	2.78	2.55	2.8	0.011	1.50	0.0	0.12	16.09	0.01	0.017	1346.55	0.00	3.1	96.9	0.0	-1.98	0.27	0.40	5.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9036	1224	36	0	0	0	0	logfile
✘	8EE6	28047	2024-06-28	2022-09-06	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14475	1808	5	0	37	0	0	logfile
✘	8AZT	15771	2024-06-24	2022-09-06	3.7	3.48	2.93	4.2	0.011	1.98	0.0	0.11	15.54	0.01	0.000	19.56	4.35	10.3	89.7	0.0	-6.12	0.40	0.59	5.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5424	744	24	0	0	0	0	logfile
✘	8EDW	28041	2024-06-28	2022-09-06	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14321	1804	4	0	28	0	0	logfile
✘	8AZ0	15728	2024-06-24	2022-09-05	3.4	3.10	3.36	3.6	0.006	0.74	0.0	0.05	8.05	0.01	2.611	0.94	0.00	7.7	92.3	0.0	-4.46	0.50	0.87	5.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2180	280	10	0	10	0	0	logfile
✘	8GRX	34216	2024-06-25	2022-09-02	3.0	3.20	2.99	3.2	0.007	1.26	0.0	0.05	12.30	0.00	2.373	6.41	0.22	3.5	96.2	0.4	-0.43	0.72	0.81	3.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8328	1056	4	0	0	0	0	logfile
✘	8EAo	27792	2024-06-30	2022-08-29	3.2	4.04	3.15	20.0	0.003	0.60	0.0	0.05	14.09	0.00	2.197	10.56	0.10	3.6	96.4	0.0	1.03	0.18	0.04	-0.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	71628	8964	24	0	0	0	0	logfile
✘	8EA0	27970	2024-06-24	2022-08-27	2.56	2.05	2.66	1.9	0.003	0.55	0.0	0.04	13.66	0.00	2.237	8.88	0.00	4.3	95.7	0.0	-0.24	0.72	0.77	2.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2286	285	1	0	2	0	0	logfile
✘	8E97	27958	2024-06-30	2022-08-26	4.19	3.55	4.21	3.4	0.007	1.06	6.0	0.07	14.17	0.01	1.822	12.52	1.35	13.4	85.9	0.7	-5.58	0.60	0.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20374	3074	10	0	15	0	0	logfile
✘	8Go3	34171	2024-06-26	2022-08-24	3.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9739	1203	6	0	6	0	0	logfile
✘	8E7S	27940	2024-06-26	2022-08-24	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62847	7618	64	0	63	0	0	logfile
✘	8E6W	27928	2024-06-30	2022-08-23	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21145	2502	13	58	18	0	53	logfile
✘	8E70	27932	2024-06-30	2022-08-23	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21097	2502	13	61	18	0	63	logfile