Table showing results for June 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8E5L	27914	2024-06-30	2022-08-22	4.2	8.91	5.82	7.6	0.003	0.64	0.0	0.04	11.89	0.00	1.299	26.62	1.63	1.3	98.4	0.3	-0.83	0.63	0.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20058	2502	13	9	18	0	0	logfile
✘	7YVU	34138	2024-06-26	2022-08-19	3.2	2.47	3.22	2.2	0.004	0.64	0.0	0.05	14.81	0.01	2.103	6.82	0.29	5.5	94.0	0.5	-0.60	0.76	0.80	3.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6456	791	4	0	4	0	0	logfile
✘	8E4L	27891	2024-06-25	2022-08-18	3.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	54556	3592	8	0	16	0	26580	logfile
✘	7YUD	34104	2024-06-25	2022-08-17	2.98	3.24	3.03	3.3	0.008	0.95	0.0	0.06	13.24	0.01	2.303	2.09	0.00	4.9	95.1	0.0	-0.42	0.62	0.78	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8441	1105	6	0	1	0	0	logfile
✘	7YUH	34107	2024-06-27	2022-08-17	3.7	3.99	3.78	3.8	0.010	1.18	0.0	0.07	10.78	0.01	2.253	6.61	0.15	10.9	88.9	0.1	-4.68	0.80	0.77	1.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12432	1596	3	0	0	0	0	logfile
✘	7YRQ	34064	2024-06-26	2022-08-10	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9812	1247	4	0	2	0	0	logfile
✘	7YQ5	34020	2024-06-28	2022-08-05	4.27	4.54	4.30	4.4	0.014	1.25	0.0	0.07	17.99	0.02	2.256	5.39	0.59	9.3	90.7	0.0	-4.10	0.74	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14067	1673	5	24	0	0	0	logfile
✘	8AN2	15530	2024-06-25	2022-08-04	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8AN3	15531	2024-06-25	2022-08-04	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8DWU	27760	2024-06-29	2022-08-02	3.4	4.26	3.39	3.3	0.005	1.26	5.0	0.06	14.46	0.01	2.223	5.38	0.14	7.2	92.3	0.5	-1.91	0.71	0.59	1.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19690	2506	13	0	0	8	0	logfile
✘	8ALZ	15521	2024-06-28	2022-08-01	3.4	4.20	3.41	3.8	0.003	0.72	0.0	0.04	16.77	0.01	2.204	15.40	0.39	4.5	95.4	0.0	-0.91	0.90	0.78	0.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16409	2041	3	0	2	0	0	logfile
✘	8DW3	27750	2024-06-26	2022-07-30	4.26	4.66	4.43	4.4	0.013	0.95	0.0	0.05	17.59	0.01	1.895	15.23	0.10	5.7	94.2	0.1	-0.89	0.75	0.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9351	1223	7	0	3	0	0	logfile
✘	7YNF	33960	2024-06-24	2022-07-30	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2988	378	9	0	8	0	0	logfile
✘	7YMi	33929	2024-06-29	2022-07-28	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	68428	6610	60	0	394	0	0	logfile
✘	8DUL	27722	2024-06-28	2022-07-27	4.17	4.34	4.24	4.7	0.005	1.04	0.0	0.07	13.09	0.02	2.317	6.11	0.06	5.3	94.7	0.0	-2.03	0.56	0.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14203	1802	15	0	10	0	0	logfile
✘	8DTB	27695	2024-06-27	2022-07-25	3.14	3.27	3.11	3.2	0.003	0.62	0.0	0.04	18.08	0.00	2.175	9.05	0.99	1.9	98.1	0.0	1.18	0.66	0.74	0.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13724	1765	9	0	7	0	0	logfile
✘	8DRK	27677	2024-06-28	2022-07-21	2.95	3.45	3.10	3.4	0.006	0.84	0.0	0.05	19.55	0.01	2.212	5.78	0.28	2.0	98.0	0.0	0.83	0.62	0.81	1.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16443	1901	18	0	21	6	0	logfile
✘	7YJK	33873	2024-06-29	2022-07-20	3.2	3.33	3.18	3.3	0.008	0.89	0.0	0.05	14.22	0.01	2.223	8.05	0.21	7.1	92.1	0.7	-3.10	0.72	0.86	3.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17658	2236	10	0	4	0	0	logfile
✘	8AG4	15415	2024-06-26	2022-07-19	2.46	2.04	2.48	1.7	0.003	0.49	0.0	0.04	13.59	0.00	2.170	5.34	0.00	3.9	96.1	0.0	0.77	0.82	0.83	4.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11155	1384	4	0	0	0	0	logfile
✘	8DQ0	27645	2024-06-30	2022-07-18	3.74	3.61	3.79	3.6	0.008	0.98	0.0	0.05	16.04	0.01	2.203	6.20	1.20	4.9	95.1	0.0	-1.54	0.53	0.72	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17129	1075	6	0	2	0	8445	logfile

• ← previous
• Page 13 of 36
• next →