Table showing results for June 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7W9K	32368	2024-06-28	2021-12-09	2.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14933	1705	9	0	43	9	0	logfile
✘	7W7F	32343	2024-06-27	2021-12-04	3.35	3.74	—	3.7	0.015	1.03	0.0	0.07	18.83	0.01	2.144	13.75	0.31	8.1	91.6	0.3	-1.42	0.42	0.74	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11987	1424	7	0	29	0	0	logfile
✘	7W77	32341	2024-06-27	2021-12-03	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12051	1424	7	0	30	0	0	logfile
✘	7W4L	32307	2024-06-27	2021-11-28	3.1	3.14	—	3.1	0.007	0.82	2.0	0.05	17.47	0.01	2.198	8.90	0.28	4.2	95.6	0.1	0.78	0.79	0.88	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	66469	8140	65	0	36	0	0	logfile
✘	7SY0	25512	2024-06-25	2021-11-24	3.0	3.75	—	3.5	0.005	0.84	0.0	0.06	13.35	0.01	2.295	2.42	0.00	1.4	98.6	0.0	-0.49	0.80	0.83	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6553	797	4	0	7	0	0	logfile
✘	7W0M	32244	2024-06-26	2021-11-18	3.71	2.51	3.74	2.2	0.004	0.76	0.0	0.05	14.11	0.00	2.230	11.46	0.00	5.6	94.4	0.0	-1.90	0.73	0.74	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8929	1134	6	0	1	0	0	logfile
✘	7W02	32234	2024-06-27	2021-11-17	3.3	3.44	—	3.4	0.007	0.89	0.0	0.05	15.17	0.00	1.892	7.36	0.23	10.9	89.1	0.1	-3.18	0.68	0.87	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12326	1566	1	0	6	0	0	logfile
✘	7VZR	32229	2024-06-30	2021-11-16	2.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21354	2266	22	0	117	6	0	logfile
✘	7VZG	32228	2024-06-30	2021-11-16	2.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22458	2402	25	0	119	6	0	logfile
✘	7VZB	32224	2024-06-26	2021-11-15	3.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9524	1170	4	0	4	0	0	logfile
✘	7SRR	25402	2024-06-26	2021-11-08	2.9	2.20	—	2.0	0.005	0.67	0.0	0.05	12.70	0.00	2.196	3.95	0.12	3.4	96.6	0.0	0.15	0.80	0.78	3.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8394	1119	5	0	1	0	0	logfile
✘	7SQ7	25378	2024-06-28	2021-11-04	2.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15305	1852	16	0	13	8	0	logfile
✘	7SQ9	25380	2024-06-28	2021-11-04	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15810	1876	16	0	18	16	0	logfile
✘	7SPi	24771	2024-06-25	2021-11-02	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7SPB	24769	2024-06-25	2021-11-02	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7Q3L	13793	2024-06-30	2021-10-28	2.21	2.93	2.31	2.6	0.008	1.50	26.0	0.12	15.89	0.01	1.876	2.99	2.50	3.2	96.8	0.0	-1.25	0.81	0.86	3.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20470	2440	16	41	4	180	0	logfile
✘	7SJ0	25149	2024-06-24	2021-10-15	3.36	3.33	3.46	3.7	0.003	0.66	0.0	0.05	12.81	0.00	2.225	4.12	0.00	5.9	94.1	0.0	-1.98	0.69	0.79	3.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3590	452	4	0	5	0	0	logfile
✘	7SH2	25122	2024-06-30	2021-10-07	3.23	3.55	—	3.5	0.002	0.56	0.0	0.04	15.29	0.00	2.135	7.83	0.04	4.4	95.6	0.0	0.45	0.69	0.68	1.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20933	2545	15	23	9	0	0	logfile
✘	7PW4	13674	2024-06-29	2021-10-06	3.27	3.69	—	3.5	0.003	0.62	0.0	0.15	14.41	0.00	2.030	4.58	0.00	2.8	97.2	0.0	1.69	0.79	0.82	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18965	2435	5	0	199	0	0	logfile
✘	7VKT	32018	2024-06-26	2021-10-01	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9100	1143	6	0	6	7	0	logfile

• ← previous
• Page 20 of 36
• next →