Table showing results for June 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7SCJ	25036	2024-06-26	2021-09-28	3.4	2.31	2.97	2.0	0.004	0.60	0.0	0.05	14.79	0.01	2.200	9.22	0.00	5.7	94.3	0.0	-0.25	0.75	0.72	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9336	1131	6	2	7	0	0	logfile
✘	7SBF	24978	2024-06-25	2021-09-24	2.9	3.28	—	3.2	0.005	0.65	0.0	0.05	12.82	0.00	2.200	7.87	0.23	3.8	96.1	0.1	-0.02	0.75	0.82	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8525	1119	5	0	1	0	0	logfile
✘	7SA3	24943	2024-06-28	2021-09-22	2.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15960	1644	19	0	79	230	0	logfile
✘	7S9Y	24941	2024-06-25	2021-09-21	3.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7395	901	1	0	3	0	0	logfile
✘	7S9Z	24942	2024-06-25	2021-09-21	4.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7274	890	1	0	2	0	0	logfile
✘	7S8o	24899	2024-06-25	2021-09-18	2.58	2.12	2.59	1.9	0.007	0.72	0.0	0.05	13.52	0.00	2.102	3.18	0.00	5.8	94.2	0.0	0.31	0.81	0.80	4.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8331	1101	6	0	1	0	0	logfile
✘	7S8B	24892	2024-06-30	2021-09-17	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21124	2448	8	0	46	0	0	logfile
✘	7PQ5	13587	2024-06-25	2021-09-16	3.17	3.58	3.09	3.4	0.005	0.85	0.0	0.05	15.55	0.01	2.255	3.50	2.82	4.5	95.3	0.2	-0.13	0.85	0.87	5.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8512	1047	1	0	0	0	0	logfile
✘	7VG2	31963	2024-06-25	2021-09-14	3.1	2.73	—	3.0	0.016	1.43	1.0	0.09	16.55	0.01	1.822	17.56	1.74	8.0	91.8	0.2	-3.84	0.72	0.79	3.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8203	845	4	71	3	0	0	logfile
✘	7VFW	31961	2024-06-30	2021-09-13	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19746	2383	8	0	39	0	0	logfile
✘	7S6D	24875	2024-06-26	2021-09-13	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	46193	3112	8	0	1	0	22846	logfile
✘	7S6C	24868	2024-06-26	2021-09-13	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	47369	3190	10	0	2	0	23420	logfile
✘	7VFU	31959	2024-06-30	2021-09-13	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19946	2409	9	0	41	0	0	logfile
✘	7VFV	31960	2024-06-30	2021-09-13	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19776	2383	8	0	40	0	0	logfile
✘	7VFS	31958	2024-06-30	2021-09-13	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19764	2383	8	0	41	0	0	logfile
✘	7PNK	13548	2024-06-26	2021-09-07	3.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60673	6142	74	0	250	0	0	logfile
✘	7VDD	31914	2024-06-27	2021-09-06	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11940	1044	10	0	0	0	3736	logfile
✘	7PM8	13524	2024-06-26	2021-09-02	3.5	3.91	3.50	3.4	0.004	0.88	1.0	0.05	15.70	0.01	1.316	6.40	0.09	0.3	99.7	0.0	-1.60	0.90	0.83	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10149	1260	6	0	5	0	0	logfile
✘	7PMA	13526	2024-06-26	2021-09-02	3.6	4.07	3.61	3.5	0.004	0.88	1.0	0.05	15.93	0.01	1.317	6.45	0.09	0.2	99.8	0.0	-1.07	0.90	0.82	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10066	1249	6	0	5	0	0	logfile
✘	7PLS	13499	2024-06-28	2021-09-01	2.49	2.49	—	2.6	0.003	0.58	0.0	0.05	16.35	0.00	2.275	4.66	1.33	5.6	94.4	0.0	0.35	0.74	0.86	5.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14224	1724	12	0	4	52	0	logfile

• ← previous
• Page 21 of 36
• next →