cryo-EM Re-Refine

Table showing results for June 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8JR1	36590	2024-06-25	2023-06-15	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7089	949	17	0	7	0	0	logfile
✘	8JPo	36485	2024-06-27	2023-06-12	3.4	3.43	3.16	3.4	0.004	0.63	0.0	0.04	12.94	0.00	2.267	6.38	0.00	2.8	97.2	0.0	0.44	0.75	0.90	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11476	1466	4	0	8	0	0	logfile
✘	8JP3	36466	2024-06-26	2023-06-10	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7104	540	6	0	57	0	0	logfile
✘	8PBB	17583	2024-06-27	2023-06-09	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13334	1684	6	0	2	0	0	logfile
✘	8JP0	36465	2024-06-24	2023-06-09	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5671	719	2	0	1	0	0	logfile
✘	8T3L	41005	2024-06-30	2023-06-07	3.6	2.68	3.70	3.3	0.005	0.97	0.0	0.26	17.15	0.02	2.257	5.85	0.64	7.3	92.7	0.0	1.43	0.53	0.73	1.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20122	1197	8	0	6	0	10056	logfile
✘	8P97	17574	2024-06-25	2023-06-05	2.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7837	958	3	0	1	0	0	logfile
✘	8P98	17575	2024-06-25	2023-06-05	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7830	956	3	0	1	0	0	logfile
✘	8T1P	40974	2024-06-30	2023-06-02	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20551	1239	4	0	25	0	9964	logfile
✘	8T1E	40961	2024-06-30	2023-06-02	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22115	2516	12	0	43	36	0	logfile
✘	8JJR	36366	2024-06-25	2023-05-31	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55980	5073	49	0	323	0	0	logfile
✘	8P62	17458	2024-06-24	2023-05-25	3.9	3.96	3.95	3.6	0.002	0.54	0.0	0.04	14.34	0.00	1.945	7.04	0.00	4.1	95.8	0.0	0.16	0.84	0.77	0.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53042	6631	21	9	16	0	0	logfile
✘	8SY7	40864	2024-06-30	2023-05-24	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21159	2737	16	43	3	413	0	logfile
✘	8JHC	36262	2024-06-25	2023-05-23	3.3	2.39	3.35	2.1	0.004	0.70	0.0	0.05	14.17	0.01	2.227	5.42	0.00	5.7	94.3	0.0	-1.38	0.75	0.76	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7563	986	4	0	0	0	0	logfile
✘	8SXi	40853	2024-06-29	2023-05-22	4.5	4.37	4.48	4.3	0.006	1.00	0.0	0.06	14.40	0.01	1.987	5.43	0.05	6.2	93.4	0.4	-1.44	0.60	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19257	2439	12	0	0	0	0	logfile
✘	8SXA	40829	2024-06-29	2023-05-20	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18596	1153	1	0	0	0	9418	logfile
✘	8SX9	40828	2024-06-29	2023-05-20	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18596	1153	1	0	0	0	9418	logfile
✘	8SX3	40825	2024-06-24	2023-05-19	4.0	4.24	4.01	4.2	0.010	1.45	0.0	0.07	14.59	0.01	2.144	2.53	0.00	1.8	98.2	0.0	0.92	0.77	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4816	614	6	0	2	0	0	logfile
✘	8P2S	17373	2024-06-26	2023-05-16	2.4	2.06	2.43	1.8	0.003	0.54	0.0	0.04	12.82	0.00	2.120	8.76	3.01	4.7	95.2	0.1	0.29	0.79	0.75	4.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9694	1201	4	0	6	0	0	logfile
✘	8JF1	36206	2024-06-29	2023-05-16	2.85	2.80	2.83	3.0	0.015	1.88	0.0	0.08	14.78	0.01	0.001	6.41	0.71	2.6	97.4	0.0	-1.90	0.66	0.83	4.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16884	2052	8	0	32	8	0	logfile