Table showing results for June 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8P2S	17373	2024-06-26	2023-05-16	2.4	2.06	2.43	1.8	0.003	0.54	0.0	0.04	12.82	0.00	2.120	8.76	3.01	4.7	95.2	0.1	0.29	0.79	0.75	4.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9694	1201	4	0	6	0	0	logfile
✘	8SS7	40746	2024-06-29	2023-05-08	2.76	2.92	2.87	3.0	0.022	1.64	0.0	0.36	22.55	0.01	2.252	6.95	1.45	5.7	93.8	0.5	-5.34	0.68	0.77	4.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19437	2266	12	0	46	0	0	logfile
✘	8SS4	40743	2024-06-29	2023-05-08	3.3	3.54	3.39	3.5	0.009	1.23	0.0	0.06	10.77	0.01	2.238	3.21	0.36	8.5	91.2	0.4	-5.98	0.61	0.78	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17978	2278	7	0	1	0	0	logfile
✘	8JB5	36141	2024-06-29	2023-05-08	2.9	2.97	2.93	2.9	0.008	0.88	2.0	0.06	17.40	0.01	1.861	14.17	6.34	5.7	94.0	0.3	-1.73	0.68	0.81	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19027	2355	2	0	1	0	0	logfile
✘	8J9V	36116	2024-06-27	2023-05-05	2.71	3.58	2.71	3.1	0.003	0.59	0.0	0.04	15.16	0.00	2.053	8.83	0.00	4.1	95.9	0.0	0.57	0.90	0.87	3.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13918	1556	10	60	4	0	0	logfile
✘	8J8K	36072	2024-06-25	2023-05-01	3.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6489	855	6	0	3	0	0	logfile
✘	8J7Z	36054	2024-06-25	2023-04-28	2.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7088	543	6	0	57	0	0	logfile
✘	8So3	40646	2024-06-29	2023-04-28	3.61	3.84	3.58	3.8	0.005	0.85	1.0	0.05	13.96	0.01	1.803	10.38	0.68	6.5	93.4	0.2	-1.49	0.73	0.72	2.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16718	1205	8	0	4	0	7947	logfile
✘	8oUW	17204	2024-06-24	2023-04-25	3.75	3.90	3.25	3.5	0.006	0.91	0.0	0.05	14.71	0.01	2.008	0.19	0.38	2.0	98.0	0.0	0.31	0.81	0.65	1.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53754	6564	25	67	13	0	0	logfile
✘	8oUo	17197	2024-06-26	2023-04-24	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10749	1273	4	0	14	0	0	logfile
✘	8SL0	40570	2024-06-24	2023-04-20	3.3	4.17	3.09	3.8	0.003	0.62	0.0	0.05	16.00	0.00	2.201	7.96	0.00	8.4	91.2	0.4	-1.67	0.42	0.83	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1737	228	1	0	0	0	0	logfile
✘	8J4F	35975	2024-06-27	2023-04-19	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12419	1446	7	0	30	0	0	logfile
✘	8SGS	40466	2024-06-27	2023-04-13	3.15	3.84	3.19	3.6	0.082	3.74	0.0	0.04	15.17	0.02	1.737	12.86	1.41	1.1	98.9	0.0	1.80	0.85	0.81	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11720	1524	8	0	8	0	0	logfile
✘	8J1Q	35930	2024-06-24	2023-04-13	3.3	4.10	3.20	3.9	0.030	1.93	0.0	0.05	28.59	0.00	2.043	8.92	0.28	7.1	92.9	0.0	-1.02	0.73	0.64	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5447	427	5	90	1	0	0	logfile
✘	8J1B	35918	2024-06-29	2023-04-12	3.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19427	2388	8	0	5	0	0	logfile
✘	8SGi	40456	2024-06-25	2023-04-12	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7694	982	4	0	10	1	0	logfile
✘	8J0D	35899	2024-06-27	2023-04-10	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9105	711	8	0	74	0	0	logfile
✘	8iXL	35795	2024-06-26	2023-04-01	3.5	3.61	3.45	3.6	0.012	1.48	0.0	0.10	11.65	0.00	2.568	2.07	0.00	0.4	99.6	0.0	2.40	0.71	0.84	1.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10970	1455	35	0	0	0	0	logfile
✘	8iWY	35783	2024-06-25	2023-03-31	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8238	654	6	0	57	0	0	logfile
✘	8SA2	40262	2024-06-26	2023-03-31	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9268	0	4	420	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 5 of 36
• next →