cryo-EM Re-Refine

Table showing results for June 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	Logfile
✘	8iX2	35787	2024-06-25	2023-03-31	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8238	654	6	0	57	0	logfile
✘	8iWX	35782	2024-06-25	2023-03-31	2.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8238	654	6	0	57	0	logfile
✘	8SA4	40264	2024-06-24	2023-03-31	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5193	0	3	236	1	0	logfile
✘	8iWY	35783	2024-06-25	2023-03-31	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8238	654	6	0	57	0	logfile
✘	8oMo	16973	2024-06-26	2023-03-31	3.43	2.51	3.47	3.2	0.007	1.36	2.0	0.09	17.68	0.00	1.488	21.48	4.68	8.0	92.0	0.0	-3.82	0.75	0.80	1.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10290	1288	4	0	4	0	logfile
✘	8iX0	35785	2024-06-25	2023-03-31	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8238	654	6	0	57	0	logfile
✘	8SA3	40263	2024-06-26	2023-03-31	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9268	0	4	420	2	0	logfile
✘	8iX1	35786	2024-06-25	2023-03-31	2.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7896	654	6	0	57	0	logfile
✘	8iWZ	35784	2024-06-25	2023-03-31	2.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8238	654	6	0	57	0	logfile
✘	8S9C	40239	2024-06-27	2023-03-27	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13534	1565	10	0	33	20	logfile
✘	8S90	40233	2024-06-28	2023-03-27	4.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15323	2096	9	0	1	0	logfile
✘	8S8Z	40232	2024-06-28	2023-03-27	3.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15707	2096	16	0	9	0	logfile
✘	8S9B	40238	2024-06-27	2023-03-27	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13409	1565	10	0	29	30	logfile
✘	8oJ7	16907	2024-06-27	2023-03-24	2.46	1.79	—	2.5	0.011	1.42	1.0	0.08	18.84	0.02	1.665	4.05	0.00	3.1	96.8	0.1	-1.25	0.83	0.86	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12026	1355	5	67	3	0	logfile
✘	8oiP	16895	2024-06-30	2023-03-23	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72369	6162	47	1041	144	3	logfile
✘	8oiS	16898	2024-06-30	2023-03-23	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72671	6150	48	1034	173	3	logfile
✘	8GL6	40191	2024-06-30	2023-03-21	3.2	3.19	3.01	3.1	0.003	0.50	0.0	0.04	11.30	0.00	2.084	6.55	0.87	4.1	95.9	0.0	-0.30	0.77	0.83	4.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21896	2762	5	0	1	0	logfile
✘	8GKG	40183	2024-06-29	2023-03-18	4.38	3.94	4.39	4.9	0.002	0.54	0.0	0.04	12.43	0.00	2.293	5.72	0.00	16.3	83.5	0.2	-2.00	0.45	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17160	2700	5	0	0	0	logfile
✘	8iP9	35635	2024-06-30	2023-03-14	3.0	2.70	2.96	2.9	0.007	0.91	0.0	0.05	23.99	0.02	1.852	15.32	3.10	7.3	92.6	0.1	-2.21	0.62	0.83	2.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	73028	4393	41	1773	86	0	logfile
✘	8Gi1	40059	2024-06-26	2023-03-13	3.65	3.39	3.63	3.8	0.017	1.44	12.0	0.10	11.69	0.01	1.301	10.30	0.86	4.1	95.9	0.0	1.00	0.61	0.69	2.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9704	1152	8	0	0	0	logfile