Table showing results for June 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8B3o	15831	2024-06-30	2022-09-16	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8EEU	28058	2024-06-29	2022-09-07	3.5	2.35	3.42	2.2	0.012	0.94	0.0	0.05	9.27	0.01	1.997	4.04	0.05	10.9	88.9	0.2	-4.71	0.69	0.74	3.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19127	2471	8	0	0	0	0	logfile
✘	8AZS	15770	2024-06-26	2022-09-06	2.9	2.78	2.55	2.8	0.011	1.50	0.0	0.12	16.09	0.01	0.017	1346.55	0.00	3.1	96.9	0.0	-1.98	0.27	0.40	5.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9036	1224	36	0	0	0	0	logfile
✘	8AZT	15771	2024-06-24	2022-09-06	3.7	3.48	2.93	4.2	0.011	1.98	0.0	0.11	15.54	0.01	0.000	19.56	4.35	10.3	89.7	0.0	-6.12	0.40	0.59	5.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5424	744	24	0	0	0	0	logfile
✘	8AZ0	15728	2024-06-24	2022-09-05	3.4	3.10	3.36	3.6	0.006	0.74	0.0	0.05	8.05	0.01	2.611	0.94	0.00	7.7	92.3	0.0	-4.46	0.50	0.87	5.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2180	280	10	0	10	0	0	logfile
✘	8GRX	34216	2024-06-25	2022-09-02	3.0	3.20	2.99	3.2	0.007	1.26	0.0	0.05	12.30	0.00	2.373	6.41	0.22	3.5	96.2	0.4	-0.43	0.72	0.81	3.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8328	1056	4	0	0	0	0	logfile
✘	8EAo	27792	2024-06-30	2022-08-29	3.2	4.04	3.15	20.0	0.003	0.60	0.0	0.05	14.09	0.00	2.197	10.56	0.10	3.6	96.4	0.0	1.03	0.18	0.04	-0.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	71628	8964	24	0	0	0	0	logfile
✘	8EA0	27970	2024-06-24	2022-08-27	2.56	2.05	2.66	1.9	0.003	0.55	0.0	0.04	13.66	0.00	2.237	8.88	0.00	4.3	95.7	0.0	-0.24	0.72	0.77	2.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2286	285	1	0	2	0	0	logfile
✘	8E97	27958	2024-06-30	2022-08-26	4.19	3.55	4.21	3.4	0.007	1.06	6.0	0.07	14.17	0.01	1.822	12.52	1.35	13.4	85.9	0.7	-5.58	0.60	0.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20374	3074	10	0	15	0	0	logfile
✘	8E6W	27928	2024-06-30	2022-08-23	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21145	2502	13	58	18	0	53	logfile
✘	8E70	27932	2024-06-30	2022-08-23	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21097	2502	13	61	18	0	63	logfile
✘	8E5L	27914	2024-06-30	2022-08-22	4.2	8.91	5.82	7.6	0.003	0.64	0.0	0.04	11.89	0.00	1.299	26.62	1.63	1.3	98.4	0.3	-0.83	0.63	0.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20058	2502	13	9	18	0	0	logfile
✘	7YVU	34138	2024-06-26	2022-08-19	3.2	2.47	3.22	2.2	0.004	0.64	0.0	0.05	14.81	0.01	2.103	6.82	0.29	5.5	94.0	0.5	-0.60	0.76	0.80	3.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6456	791	4	0	4	0	0	logfile
✘	7YUH	34107	2024-06-27	2022-08-17	3.7	3.99	3.78	3.8	0.010	1.18	0.0	0.07	10.78	0.01	2.253	6.61	0.15	10.9	88.9	0.1	-4.68	0.80	0.77	1.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12432	1596	3	0	0	0	0	logfile
✘	7YQ5	34020	2024-06-28	2022-08-05	4.27	4.54	4.30	4.4	0.014	1.25	0.0	0.07	17.99	0.02	2.256	5.39	0.59	9.3	90.7	0.0	-4.10	0.74	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14067	1673	5	24	0	0	0	logfile
✘	8AN3	15531	2024-06-25	2022-08-04	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8AN2	15530	2024-06-25	2022-08-04	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8DWU	27760	2024-06-29	2022-08-02	3.4	4.26	3.39	3.3	0.005	1.26	5.0	0.06	14.46	0.01	2.223	5.38	0.14	7.2	92.3	0.5	-1.91	0.71	0.59	1.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19690	2506	13	0	0	8	0	logfile
✘	8ALZ	15521	2024-06-28	2022-08-01	3.4	4.20	3.41	3.8	0.003	0.72	0.0	0.04	16.77	0.01	2.204	15.40	0.39	4.5	95.4	0.0	-0.91	0.90	0.78	0.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16409	2041	3	0	2	0	0	logfile
✘	8DW3	27750	2024-06-26	2022-07-30	4.26	4.66	4.43	4.4	0.013	0.95	0.0	0.05	17.59	0.01	1.895	15.23	0.10	5.7	94.2	0.1	-0.89	0.75	0.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9351	1223	7	0	3	0	0	logfile

• ← previous
• Page 7 of 21
• next →