Table showing results for June 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8io3	35606	2024-06-27	2023-03-10	3.02	3.99	3.07	3.4	0.015	1.00	0.0	0.05	9.71	0.01	2.369	3.20	0.58	3.6	96.4	0.0	-2.78	0.62	0.85	3.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13620	1728	8	0	4	0	0	logfile
✘	8GGT	40020	2024-06-24	2023-03-08	3.5	3.61	3.44	3.7	0.004	0.70	0.0	0.04	13.41	0.00	2.240	4.15	0.00	2.5	97.5	0.0	1.88	0.49	0.81	2.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2105	281	2	0	1	0	0	logfile
✘	8iN8	35592	2024-06-25	2023-03-08	3.0	3.19	3.04	3.2	0.003	0.62	0.0	0.04	21.50	0.01	1.950	10.16	3.63	6.1	93.7	0.1	-0.30	0.71	0.75	1.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6663	724	5	47	1	0	0	logfile
✘	8iMX	35575	2024-06-30	2023-03-07	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19779	2402	15	0	31	0	0	logfile
✘	8iMY	35576	2024-06-30	2023-03-07	3.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19986	2393	13	0	39	0	0	logfile
✘	8GED	29966	2024-06-25	2023-03-06	3.5	3.89	3.70	3.9	0.003	0.48	0.0	0.04	12.40	0.00	2.251	7.07	0.00	1.4	98.6	0.0	1.82	0.71	0.78	2.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6505	946	5	0	1	0	0	logfile
✘	8iLR	35543	2024-06-26	2023-03-04	3.05	3.24	3.08	3.3	0.003	0.45	1.0	0.04	15.95	0.00	1.967	27.72	0.35	4.5	95.5	0.1	0.10	0.73	0.82	2.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10374	1253	3	0	1	7	0	logfile
✘	8GCE	29932	2024-06-27	2023-03-01	3.12	3.35	3.13	3.5	0.007	1.15	15.0	0.08	16.74	0.02	1.584	31.98	3.38	9.6	88.8	1.6	-2.30	0.63	0.57	1.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12343	1588	7	0	17	0	0	logfile
✘	8iJB	35484	2024-06-25	2023-02-27	3.23	3.78	1.14	3.6	0.006	1.54	20.0	0.11	19.14	0.02	1.921	16.10	8.31	8.3	91.4	0.3	-1.26	0.65	0.80	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8842	1136	6	0	1	0	0	logfile
✘	8GA8	29892	2024-06-30	2023-02-22	3.5	3.70	3.49	3.7	0.003	0.54	0.0	0.04	17.43	0.00	2.028	11.33	0.33	2.6	97.4	0.0	0.98	0.70	0.69	0.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22011	2675	12	0	2	0	0	logfile
✘	8G7N	29817	2024-06-27	2023-02-16	2.7	2.83	2.69	2.8	0.003	0.57	0.0	0.05	13.36	0.00	2.109	2.56	0.20	1.0	99.0	0.0	1.66	0.77	0.85	3.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	66108	8778	42	0	42	0	0	logfile
✘	8iES	35392	2024-06-25	2023-02-15	3.73	4.01	3.68	4.0	0.003	1.16	0.0	0.04	13.70	0.00	2.268	5.19	0.00	6.0	94.0	0.0	-3.84	0.60	0.66	0.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7965	1026	2	0	3	0	0	logfile
✘	8G5G	29742	2024-06-28	2023-02-13	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15860	1887	19	0	41	0	0	logfile
✘	8G5H	29743	2024-06-28	2023-02-13	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15875	1887	19	0	42	0	0	logfile
✘	8iBZ	35350	2024-06-26	2023-02-10	3.04	3.25	3.07	3.1	0.003	0.60	0.0	0.04	23.46	0.00	2.190	9.49	0.29	4.3	95.6	0.1	0.68	0.73	0.74	1.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10273	817	3	180	1	0	0	logfile
✘	8G4N	29727	2024-06-29	2023-02-10	2.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18308	2120	21	0	82	0	0	logfile
✘	8G4o	29728	2024-06-29	2023-02-10	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17353	2094	20	0	39	0	0	logfile
✘	8iAM	35310	2024-06-30	2023-02-08	3.1	3.24	3.09	3.2	0.004	0.72	0.0	0.05	13.96	0.00	2.098	5.51	0.27	5.6	94.1	0.3	-0.12	0.72	0.86	2.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20192	2536	12	0	4	0	0	logfile
✘	8i9G	35270	2024-06-25	2023-02-06	3.2	3.67	3.09	3.6	0.005	0.67	0.0	0.05	16.41	0.00	2.213	4.97	4.97	6.6	93.4	0.0	-3.28	0.72	0.83	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6507	778	9	0	13	0	0	logfile
✘	8CGi	16644	2024-06-29	2023-02-04	1.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17553	841	20	460	43	948	0	logfile

• ← previous
• Page 7 of 36
• next →