cryo-EM Re-Refine

Table showing results for July 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8JMN	36424	2024-07-20	2023-06-05	2.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10491	1251	6	0	11	373	0	logfile
✘	8JLZ	36409	2024-07-19	2023-06-04	3.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7730	1015	6	0	1	0	0	logfile
✘	8JLR	36405	2024-07-19	2023-06-02	3.0	3.35	3.14	3.3	0.003	0.61	0.0	0.04	14.18	0.00	2.200	15.48	0.21	4.3	95.7	0.0	-0.20	0.64	0.75	2.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8934	1130	6	0	1	0	0	logfile
✘	8T1K	40970	2024-07-19	2023-06-02	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6973	840	5	0	5	0	0	logfile
✘	8JKZ	36384	2024-07-19	2023-06-02	3.6	3.43	3.51	3.4	0.007	0.74	0.0	0.04	17.97	0.00	2.219	10.00	1.00	10.0	89.9	0.1	-1.21	0.72	0.84	2.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8444	1053	3	0	1	0	0	logfile
✘	8JLQ	36404	2024-07-19	2023-06-02	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9033	1140	6	0	1	0	0	logfile
✘	8T1J	40969	2024-07-19	2023-06-02	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6973	840	5	0	5	0	0	logfile
✘	8T0K	40942	2024-07-28	2023-06-01	3.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	45218	2784	12	4	4	0	22674	logfile
✘	8T0R	40946	2024-07-28	2023-06-01	3.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	45214	2784	12	4	4	0	22670	logfile
✘	8P7D	17530	2024-07-20	2023-05-30	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9686	1008	6	83	3	1	0	logfile
✘	8P7C	17529	2024-07-21	2023-05-30	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14275	1383	12	166	6	2	0	logfile
✘	8P7B	17528	2024-07-20	2023-05-30	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12363	1143	10	161	6	2	0	logfile
✘	8JJ3	36339	2024-07-21	2023-05-29	2.6476	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14635	1560	15	0	50	265	0	logfile
✘	8SZi	40917	2024-07-22	2023-05-29	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17868	2249	10	0	18	0	0	logfile
✘	8SZG	40915	2024-07-22	2023-05-29	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17571	2237	10	0	22	1	0	logfile
✘	8SZH	40916	2024-07-22	2023-05-29	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18062	2267	10	0	24	1	0	logfile
✘	8SZF	40914	2024-07-21	2023-05-29	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12813	1602	9	0	20	0	0	logfile
✘	8SZ8	40903	2024-07-28	2023-05-27	3.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	45268	2783	12	4	4	0	22728	logfile
✘	8JiL	36317	2024-07-19	2023-05-26	3.5	2.27	—	3.1	0.006	0.88	0.0	0.05	13.68	0.00	2.209	13.85	0.10	4.9	95.1	0.0	-1.81	0.73	0.72	2.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9028	1141	6	0	2	1	0	logfile
✘	8JHY	36300	2024-07-19	2023-05-25	2.87	2.15	—	2.8	0.007	0.96	0.0	0.05	13.90	0.01	2.078	10.20	0.00	5.7	94.3	0.0	-2.25	0.75	0.77	3.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9073	1144	6	0	2	0	0	logfile